Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga01g00815.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 5137
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.26, T:0.27


Found at i:1002 original size:120 final size:120

Alignment explanation


    Indices: 798--1748  Score: 990
    Period size: 120  Copynumber: 7.9  Consensus size: 120

        788 CCTTGATTTT

                                   *                                *        
        798 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCCGAAAT-AGCTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAGTGGAGATG
          1 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGA-CTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATGGAGATG

                  * *  *      *   *   *    *       * *     *      * 
        862 GTTTAGTTTATTATAGTGTTGAAGCCCCTGTTTCTGAAGGTGATGTTCTTGATTTC
         65 GTTTAGCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTTATTGATTCC

                         *    *    *        *                      *         
        918 AGGTCAAAAGAGAGTGAGTGCTCCGAAATGACAGTAGCTGATGATGGTGATTGCAGTGGAGATGG
          1 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATGGAGATGG

                **           *       *    *              ** **   * 
        983 TTTAATTAATGATAGTGTTGAGGCCCCTGTTTCTGAAGCTAATGTGCTCAATTTC
         66 TTTAGCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTTATTGATTCC

                            *    **       *         *      *    *            
       1038 AGGTCAAAAGAGAATGGGGGCAATGAAATGGCTGTAGCTGGTGATGGAGATTTCAATGGAGATGG
          1 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATGGAGATGG

               *         *    *      *     *       *  *    *      * 
       1103 TTTTG-TCAATGACAGTGTTGAGGCAACTGTTTCTGAAGATACTGTTCTTGATTTC
         66 TTTAGCT-AATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTTATTGATTCC

                       *                  *       *                          
       1158 AGGTCAAAAGATAATGAGGGCTCTGAAATGGCTGTAGCCGATGATGGTGATTGCAATGGAGATGG
          1 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATGGAGATGG

                          *                        *  *     **     
       1223 TTTAGCTAATGATAATGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCCAACGTTATCAATTCC
         66 TTTAGCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTTATTGATTCC

                                   **    *                     *          ***
       1278 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCCAAAATAACTGTAGCTGATGATGGTGATAGCAATGGAGACAA
          1 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATGGAGATGG

                               *  *    *           * **            
       1343 TTTAGCTAATGATAGTGCTAAGACCACAGTCTCTGAAGCCAGCGTTATTGATTCC
         66 TTTAGCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTTATTGATTCC

            *               *             *            *               *     
       1398 TGGTCAAAAGAGAATGCGGGCTCTGAAATGGCTGTAGCTGATGGTGGTGATTGCAATGCCA-ATG
          1 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATG-GAGATG

                 *                            *     *               
       1462 GTTTATCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCCGAAGCCAATGTTATTGATTCC
         65 GTTTAGCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTTATTGATTCC

                  *       *     *    * *  * *       *                        
       1518 AGGTCAGAAGAGAAAGAGGGTTCTGGAGTGGCCGTAGCTGCTGATGGTGATTGCAATGGAGATGG
          1 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATGGAGATGG

                              ** *    *          *                 
       1583 TTTAGCTAATGATAGTGCAAACGCCATTGTCTCTGAAACTAATGTTATTGATTCC
         66 TTTAGCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTTATTGATTCC

                  *       *                         *           * * *        
       1638 AGGTCAGAAGAGAAAGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGCTGATGGTGATTACGACGGAGATGG
          1 AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATGGAGATGG

                *              *               *   *      
       1703 TTTACCTAATGATAGTGCTAAGGCCACTGTCTCTGGAGCCAATGTT
         66 TTTAGCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTT

       1749 GAGGAATCTG


Statistics
Matches: 700,  Mismatches: 126, Indels: 10
        0.84            0.15        0.01

Matches are distributed among these distances:
 119    2  0.00
 120  695  0.99
 121    3  0.00

ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.29, T:0.28


Consensus pattern (120 bp):   
AGGTCAAAAGAGAATGAGGGCTCTGAAATGACTGTAGCTGATGATGGTGATTGCAATGGAGATGG
TTTAGCTAATGATAGTGCTGAGGCCACTGTCTCTGAAGCTAATGTTATTGATTCC

Done.