Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga04g00872.F7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4691
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.20, T:0.35
Found at i:1556 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1539--1563 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
1529 GTTAGGGTGA
1539 GAATTTGATGTT
1 GAATTTGATGTT
1551 GAATTTGATGTT
1 GAATTTGATGTT
1563 G
1 G
1564 TTATAGAACA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.28, T:0.48
Consensus pattern (12 bp):
GAATTTGATGTT
Found at i:2325 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 2237--2593 Score: 249
Period size: 48 Copynumber: 7.9 Consensus size: 48
2227 TACCATCGTT
* * * * ** *
2237 ATACGTGTAATGTGGTGGTAAGTGAATATACCACGATTACACATATTG
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACATATTG
* * *
2285 ATACATGTAACGTGGTGTTAAGTGGATATGTTACGGTTACATATATTG
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACATATTG
* * *
2333 ATTCAT-TAAAGTGGTGCTAAGTGG--A--T-A----TAC-CATCGTT-
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACAT-ATTG
* * ** * *
2370 ATACGTGTAATGTGGTGCTAAGTGGATATACCATGATTACACATATTG
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACATATTG
* * *
2418 ATACATGTAACGTCGTGCTAGGTGGATATGTCACGGTTACATATATTG
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACATATTG
* **
2466 ATTCAT-TAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGG-T-----TA---
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACATATTG
* *
2504 A-ACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATCG
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACATATTG
* * ** *
2551 ATTCAT-TAACGTGGTGCTAAGTGGGTATACCACGGTTAAACAT
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACAT
2594 GCAACGCGGT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 42, Indels: 49
0.73 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
37 9 0.04
38 50 0.21
39 1 0.00
40 1 0.00
41 2 0.01
42 1 0.00
43 2 0.01
44 2 0.01
45 1 0.00
46 1 0.00
47 79 0.33
48 94 0.39
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (48 bp):
ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACACATATTG
Found at i:2410 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 2285--2446 Score: 200
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
2275 ACACATATTG
* *** * * * *
2285 ATACATGTAACGTGGTGTTAAGTGGATATGTTACGGTTACATATATTGATTCAT-TAAAGTGGTG
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATTACACATATTGATACATGTAAAGTCGTG
2349 CTAAGTGGATATACCATCGTT
66 CTAAGTGGATATACCATCGTT
* * * *
2370 ATACGTGTAATGTGGTGCTAAGTGGATATACCATGATTACACATATTGATACATGTAACGTCGTG
1 ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATTACACATATTGATACATGTAAAGTCGTG
*
2435 CTAGGTGGATAT
66 CTAAGTGGATAT
2447 GTCACGGTTA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 13, Indels: 1
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 44 0.70
86 19 0.30
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.24, T:0.35
Consensus pattern (86 bp):
ATACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATTACACATATTGATACATGTAAAGTCGTG
CTAAGTGGATATACCATCGTT
Found at i:2448 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 2210--2588 Score: 546
Period size: 133 Copynumber: 2.9 Consensus size: 133
2200 TGAAAAAAAT
* *
2210 GTGGTGCTAAGTGGATATACCATCGTTATACGTGTAATGTGGTGGTAAGTGAATATACCACGATT
1 GTGGTGCTAAGTGGATATACCATCGTTATACGTGTAATGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATT
* * *
2275 ACACATATTGATACATGTAACGTGGTGTTAAGTGGATATGTTACGGTTACATATATTGATTCATT
66 ACACATATTGATACATGTAACGTCGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATTGATTCATT
2340 AAA
131 AAA
*
2343 GTGGTGCTAAGTGGATATACCATCGTTATACGTGTAATGTGGTGCTAAGTGGATATACCATGATT
1 GTGGTGCTAAGTGGATATACCATCGTTATACGTGTAATGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATT
*
2408 ACACATATTGATACATGTAACGTCGTGCTAGGTGGATATGTCACGGTTACATATATTGATTCATT
66 ACACATATTGATACATGTAACGTCGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATTGATTCATT
*
2473 AAC
131 AAA
* * * ** *
2476 GTGGTGCTAAGTGGATATACCA-CGGTTAAACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGT
1 GTGGTGCTAAGTGGATATACCATC-GTTATACGTGTAATGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGAT
* * * * * **
2540 TACATATATCGATTCAT-TAACGTGGTGCTAAGTGGGTATACCACGGTTA
65 TACACATATTGATACATGTAACGTCGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTA
2589 AACATGCAAC
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 23, Indels: 3
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
132 28 0.13
133 194 0.87
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (133 bp):
GTGGTGCTAAGTGGATATACCATCGTTATACGTGTAATGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGATT
ACACATATTGATACATGTAACGTCGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATTGATTCATT
AAA
Found at i:2522 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 2420--2617 Score: 342
Period size: 85 Copynumber: 2.3 Consensus size: 85
2410 ACATATTGAT
* * *
2420 ACATGTAACGTCGTGCTAGGTGGATATGTCACGGTTACATATATTGATTCATTAACGTGGTGCTA
1 ACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATCGATTCATTAACGTGGTGCTA
2485 AGTGGATATACCACGGTTAA
66 AGTGGATATACCACGGTTAA
2505 ACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATCGATTCATTAACGTGGTGCTA
1 ACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATCGATTCATTAACGTGGTGCTA
*
2570 AGTGGGTATACCACGGTTAA
66 AGTGGATATACCACGGTTAA
* *
2590 ACATGCAACGCGGTGCTAAGTGGATATG
1 ACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATG
2618 CCATAGTTAT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 6, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 107 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (85 bp):
ACATGTAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATCGATTCATTAACGTGGTGCTA
AGTGGATATACCACGGTTAA
Found at i:2523 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 2472--2616 Score: 155
Period size: 38 Copynumber: 3.6 Consensus size: 38
2462 ATTGATTCAT
2472 TAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGGTTAAACATG
1 TAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGGTTAAACATG
** *
2510 TAACGTGGTGCTAAGTGGATATGTCACGGTTACATATATCGATTCAT
1 TAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGGTT--A-A-A-C-A-T--G
*
2557 TAACGTGGTGCTAAGTGGGTATACCACGGTTAAACATG
1 TAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGGTTAAACATG
* *
2595 CAACGCGGTGCTAAGTGGATAT
1 TAACGTGGTGCTAAGTGGATAT
2617 GCCATAGTTA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 10, Indels: 18
0.76 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
38 48 0.55
40 2 0.02
41 2 0.02
42 2 0.02
43 2 0.02
44 2 0.02
45 2 0.02
47 28 0.32
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.27, T:0.28
Consensus pattern (38 bp):
TAACGTGGTGCTAAGTGGATATACCACGGTTAAACATG
Found at i:2632 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 2558--2632 Score: 96
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
2548 TCGATTCATT
* * *
2558 AACGTGGTGCTAAGTGGGTATACCACGGTTAAACATGC
1 AACGCGGTGCTAAGTGGATATACCACAGTTAAACATGC
* * *
2596 AACGCGGTGCTAAGTGGATATGCCATAGTTATACATG
1 AACGCGGTGCTAAGTGGATATACCACAGTTAAACATG
2633 TTAATTTAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 31 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.28, T:0.25
Consensus pattern (38 bp):
AACGCGGTGCTAAGTGGATATACCACAGTTAAACATGC
Done.