Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga04g01325.N1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 748
Length: 1247
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.21, T:0.38
Found at i:193 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 132--819 Score: 636
Period size: 46 Copynumber: 15.0 Consensus size: 46
122 TTGAGGTTTA
* * *
132 TAAATGTTATTAATTG-AGATGTTAAAGTGCAGCAAATTGAAGTGTT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
*
178 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-T
1 TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
223 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
269 TAAAAGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAGTTGAAGTGTT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * ** * * *
315 TAGTTGCTCG-AAATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTA
1 TAAATG-TTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
360 TAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTG-T
1 TAAATGTTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
405 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGTAGTGTT
1 TAAA-TGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* *
452 TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * ** * * *
498 TAATTGCTGGAAATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTA
1 TAAATGTTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
543 TAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGTAAATTGAAGTGTT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * *
589 TAAATGTTGTAAATTGGAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
** * * * * * * * *
635 TAGTTGCTGGAAATTG-AGATGTTTTAA-CGCTG-TAATTGAGGAGTA
1 TAAATGTTGTAAATTGAAG-TG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
*
680 TAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
*
726 TAAATGTTGTAAATTAAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
* * * *
772 TAAATGTTGTAAATTGAAGTTTTTAAGTACTGCAAATTGAATTGTT
1 TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
818 TA
1 TA
820 GTTGCTGAAA
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 93, Indels: 48
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
44 6 0.01
45 144 0.27
46 357 0.68
47 18 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (46 bp):
TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
Found at i:463 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 166--819 Score: 750
Period size: 183 Copynumber: 3.6 Consensus size: 182
156 AAGTGCAGCA
* * * * *
166 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTAAATGCT
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTAAATGCT
* *
231 GTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAAAGTTGTAAATTGAAGTGTTTAA
66 GTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAAGTTGTAAATTGAAGTGTTTAA
* *
295 GTACTGCAAGTTGAAGTGTTTAGTTGCTCGAAATTGAGATGTTTTATCGCTGT
130 GTACTGCAAATTGAAGTGTTTAATTGCTCGAAATTGAGATGTTTTATCGCTGT
348 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTAAA-TG
* * *
412 CTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGTAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTA
64 CTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAAGTTGTAAATTGAAGTGTTTA
*
477 AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAATTGCTGGAAATTGAGATGTTTTATCGCTGT
129 AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAATTGCTCGAAATTGAGATGTTTTATCGCTGT
*
531 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATG
* * * * *** * *
595 TTGTAAATTGGAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTG-AGATGTTT
64 CTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAAGTTGTAAATTGAAG-TG-TT
* * * * * * * ** *
659 TAACG--CTG-TAATTGAGGAGTATAAATG-TTGTTAATTGAGATGTTAAAGT-GCTGCA
127 TAA-GTACTGCAAATTGAAGTGTTTAATTGCTCG-AAATTGAGATGTTTTA-TCGCTG-T
* * * * * *
714 AATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTAAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGT
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGC
* * * *
779 TGTAAATTGAAGTTTTTAAGTACTGCAAATTGAATTGTTTA
65 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTA
820 GTTGCTGAAA
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 43, Indels: 25
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 4 0.01
182 96 0.23
183 298 0.72
184 17 0.04
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGTAAATTGAAGTGTTAAATGCT
GTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAAGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAG
TACTGCAAATTGAAGTGTTTAATTGCTCGAAATTGAGATGTTTTATCGCTGT
Found at i:466 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 119--788 Score: 718
Period size: 137 Copynumber: 4.9 Consensus size: 137
109 ATTGAGATGT
* * * * *
119 TAATTGAGGTTTATAAATGTTATTAATTG-AGATGTTAAAGTGCAGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
1 TAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
* * * *
183 GCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTT
65 GTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TGTT
246 TAAATGCTG
129 TAAATGCTG
* * * * **
255 TAAATTGAAGTGCT-TAAAAGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAGTTGAAGTGTTTAGT
1 T-AATTGAAGTG-TATAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
* * * * * * * **
319 TGCTCG-AAATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGAT
64 TG-TTGTAAATTGAAG-TGTTTAAGT-ACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGAT
380 G-TTAAAGTGCTG
126 GTTTAAA-TGCTG
* * *
392 TAAATTGAAGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGTAGTGTTTAAA
1 T-AATTGAAGTGTATAAA-TGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
*
456 TGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAATTGCTGGAAATTGAGATGTT
64 TGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTT
*
521 T-TATCGCTG
129 TAAAT-GCTG
* * * *
530 TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAAT
1 TAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
* **
594 GTTGTAAATTGGAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTT
65 GTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTT
* *
659 TAACGCTG
130 AAATGCTG
* * *
667 TAATTGAGGAGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
1 TAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
* * * * *
731 GTTGTAAATTAAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGA
65 GTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGA
789 AGTTTTTAAG
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 62, Indels: 41
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
136 32 0.07
137 366 0.81
138 51 0.11
139 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (137 bp):
TAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATG
TTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTTA
AATGCTG
Found at i:819 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 143--831 Score: 478
Period size: 23 Copynumber: 30.2 Consensus size: 23
133 AAATGTTATT
* *
143 AATTG-AGATGTTAAAGTGCAGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAGTGCTGCA
* *
166 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
*
189 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* *
212 AATTGAAGTG-TTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* *
234 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* ** * *
257 AATTGAAGTGCTTAAAAGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
*
280 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
*
303 AGTTGAAGTGTTT-AGTTGCT-CGA
1 AATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGC-A
* *
326 AATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGCA
* * * * **
348 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* *
371 AATTG-AGATGTTAAAGTGCTGTA
1 AATTGAAG-TGTTTAAGTGCTGCA
*
394 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
*
417 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* * * *
440 AATTGTAGTGTTTAAATGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
*
463 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* *
486 AATTGAAGTGTTTAATTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* *
509 AATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGCA
* * * * **
531 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* * *
554 AATTGAAGTGTTTAAATGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* * *
577 AATTGAAGTGTTTAAATGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* *
600 AATTGGAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
*
623 AATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGCA
* *
646 AATTG-AGATGTTTTAA-CGCTG-T
1 AATTGAAG-TG-TTTAAGTGCTGCA
* * * * * **
668 AATTGAGGAGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
*
691 AATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAGTGCTGCA
* * *
714 AATTGAAGTGTTTAAATGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* *
737 AATTAAAGTGTTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* * *
760 AATTGAAGTGTTTAAATGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
* *
783 AATTGAAGTTTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
*
806 AATTGAATTGTTT-AGTTGCTG-A
1 AATTGAAGTGTTTAAG-TGCTGCA
828 AATT
1 AATT
832 TAGTTTATGT
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 101, Indels: 57
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.01
22 76 0.14
23 446 0.83
24 10 0.02
25 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCA
Done.