Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga05g01114.N1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1965
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.22, T:0.29


Found at i:653 original size:355 final size:356

Alignment explanation


    Indices: 1--675  Score: 1334
    Period size: 355  Copynumber: 1.9  Consensus size: 356

                                                                             
          1 TGTGAATGACTCAACTTCATGAATTGAAAGTTTTTAGAATTACCAAGTTATCCAATAGTCGACTG
          1 TGTGAATGACTCAACTTCATGAATTGAAAGTTTTTAGAATTACCAAGTTATCCAATAGTCGACTG

                                                                             
         66 GTTTTATGGGGGTAATTTGGTGTTTTCAGTGGGTTAAGGTTAAGCAAAGGGCATATTAAACTTGA
         66 GTTTTATGGGGGTAATTTGGTGTTTTCAGTGGGTTAAGGTTAAGCAAAGGGCATATTAAACTTGA

                                                                             
        131 GTTTTGCTTAAAACTACCAAAAAGCCAGTAACGGCTGGAACAATGTGAACTCCATATATGGTAAT
        131 GTTTTGCTTAAAACTACCAAAAAGCCAGTAACGGCTGGAACAATGTGAACTCCATATATGGTAAT

                                                                             
        196 TAATATGGTTTTTCAGTATAAATAGACAGCTAAGGAAGCCTCTTAATCACACACAAGTTAAATCA
        196 TAATATGGTTTTTCAGTATAAATAGACAGCTAAGGAAGCCTCTTAATCACACACAAGTTAAATCA

                                                                             
        261 TTAAAGGGTTAGTTTGAGTAGGTATTAGTGCAAGTCTTCTTGTAAGGTTTCAGTTCCCCATTAAA
        261 TTAAAGGGTTAGTTTGAGTAGGTATTAGTGCAAGTCTTCTTGTAAGGTTTCAGTTCCCCATTAAA

                                           
        326 TTAGAAGGGTATTATTTACCTTTTTTAGAGA
        326 TTAGAAGGGTATTATTTACCTTTTTTAGAGA

                                                                             
        357 TGTGAATGACTCAACTTCATGAATTGAAAGTTTTTAGAATTACCAAGTTATCCAATAGTCGACTG
          1 TGTGAATGACTCAACTTCATGAATTGAAAGTTTTTAGAATTACCAAGTTATCCAATAGTCGACTG

                                                                             
        422 GTTTTAT-GGGGTAATTTGGTGTTTTCAGTGGGTTAAGGTTAAGCAAAGGGCATATTAAACTTGA
         66 GTTTTATGGGGGTAATTTGGTGTTTTCAGTGGGTTAAGGTTAAGCAAAGGGCATATTAAACTTGA

                                                                             
        486 GTTTTGCTTAAAACTACCAAAAAGCCAGTAACGGCTGGAACAATGTGAACTCCATATATGGTAAT
        131 GTTTTGCTTAAAACTACCAAAAAGCCAGTAACGGCTGGAACAATGTGAACTCCATATATGGTAAT

                                                                             
        551 TAATATGGTTTTTCAGTATAAATAGACAGCTAAGGAAGCCTCTTAATCACACACAAGTTAAATCA
        196 TAATATGGTTTTTCAGTATAAATAGACAGCTAAGGAAGCCTCTTAATCACACACAAGTTAAATCA

               *                                                        
        616 TTACAGGGTTAGTTTGAGTAGGTATTAGTGCAAGTCTTCTTGTAAGGTTTCAGTTCCCCA
        261 TTAAAGGGTTAGTTTGAGTAGGTATTAGTGCAAGTCTTCTTGTAAGGTTTCAGTTCCCCA

        676 CTAATAAACT


Statistics
Matches: 318,  Mismatches: 1, Indels: 1
        0.99            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
 355  246  0.77
 356   72  0.23

ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.21, T:0.33


Consensus pattern (356 bp):   
TGTGAATGACTCAACTTCATGAATTGAAAGTTTTTAGAATTACCAAGTTATCCAATAGTCGACTG
GTTTTATGGGGGTAATTTGGTGTTTTCAGTGGGTTAAGGTTAAGCAAAGGGCATATTAAACTTGA
GTTTTGCTTAAAACTACCAAAAAGCCAGTAACGGCTGGAACAATGTGAACTCCATATATGGTAAT
TAATATGGTTTTTCAGTATAAATAGACAGCTAAGGAAGCCTCTTAATCACACACAAGTTAAATCA
TTAAAGGGTTAGTTTGAGTAGGTATTAGTGCAAGTCTTCTTGTAAGGTTTCAGTTCCCCATTAAA
TTAGAAGGGTATTATTTACCTTTTTTAGAGA
Done.