Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga05g01494.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3549
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.21, T:0.32


Found at i:3281 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 3273--3315  Score: 50
    Period size: 3  Copynumber: 14.3  Consensus size: 3

       3263 GTAGGAACAC

                             *            *   *       *              
       3273 ATT ATT ATT ATT ACT ATT ATT ATC ATC ATT ATC ATT ATT ATT A
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A

       3316 GGAAGTATGC


Statistics
Matches: 34,  Mismatches: 6, Indels: 0
        0.85            0.15        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   34  1.00

ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.00, T:0.56


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.