Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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Indices: 212--954 Score: 827
Period size: 48 Copynumber: 14.9 Consensus size: 51
202 CTACTCCCAC
* * * * * *
212 CACCACCCAAGGAGCCTTACAAGTATAAGTCTCCACCACCTCCTCCACCAGT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCA-T
** * * * *
264 GCATTATCCACCA-CCCCCTTACGAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCGCCAT
1 -CACCA-CC-CAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
*
317 CACCACCTAAGCACCCTTACAAGTACAAG--T-CTCCACCACCCCCACCAT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
* * * *
365 CACCACCCAAGCATCCC-TATAAGTACAAGTCTCCACCTCCACCTCCACCAT
1 CACCACCCAAGCA-CCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
*
416 CACCACCCAAGCACCCTTACACGTACAAG--T-CTCCACCACCCCCACCAT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
* *
464 CACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCTCCACCAT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
* *
515 CACCACCCAAGCACCCCTACAAGTATAAG--T-CTCCACCACCCCCACCAT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
* *
563 CACCACCCAAGCATCCTTACAAGTACAAG--T-CTCCACCACCACCACCAT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
*
611 CACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCT---CCACCCCCACCAT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
* * *
659 CACCACCCAAGCATCCTTACAAGTACAAGTCTCCACCACCACCTCCACCAT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
*
710 CACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAG--T-CT---CCACCCCCACCAT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
* *
755 CACCACCCAAGCATCCC-TACAAGTACAAGTCTCCACCCCACCCCCACCCCCACCCT
1 CACCACCCAAGCA-CCCTTACAAGTACAAGTCT-C-CTCCA---CCACCCCCACCAT
* * * * * *
811 CTCCACCCAAGCACCCGTACAAGTACAAGTCTCCACCGCC-GCCCCACCCT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
* * * *
861 CACCGCCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCACC-CCACCCCCACCCT
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
*
911 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCCCCACCACCC
1 CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCC
955 ACTCCAGTCT
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 62, Indels: 66
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
45 37 0.06
46 3 0.01
47 1 0.00
48 215 0.36
49 9 0.02
50 94 0.16
51 150 0.25
52 3 0.01
53 4 0.01
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55 6 0.01
56 39 0.07
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Consensus pattern (51 bp):
CACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCACCAT
Found at i:428 original size:99 final size:98
Alignment explanation
Indices: 287--956 Score: 954
Period size: 99 Copynumber: 6.8 Consensus size: 98
277 CCCCCTTACG
* * * *
287 AGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCGCCATCACCACCTAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCA
1 AGTACAAGTCTCCACC-CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCA
*
352 CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTATA
65 CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACA
* * *
386 AGTACAAGTCTCCACCTCCACCTCCACCATCACCACCCAAGCACCCTTACACGTACAAGTCTCCA
1 AGTACAAGTCTCCACC-CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCA
*
451 CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACA
65 CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACA
* * *
485 AGTACAAGTCTCCTCCACCACCTCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTATAAGTCTCCA
1 AGTACAAGTCTCCACC-CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCA
*
550 CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCTTACA
65 CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACA
* *
584 AGTACAAGTCTCCA--CCACCACCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCTC
1 AGTACAAGTCTCCACCCCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCAC
*
647 CACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCTTACA
66 CACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACA
*
680 AGTACAAGTCTCCACCACCACCTCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCT---
1 AGTACAAGTCTCCACC-CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCA
742 CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACA
65 CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACA
* *
776 AGTACAAGTCTCCACCCCACCCCCACCCCCACCCTCTCCACCCAAGCACCCGTACAAGTACAAGT
1 AGTACAAGTCTCCACCCCACCCCCA---CCA---TCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGT
* * * *
841 CTCCACCGCCGCCCCACCCTCACCGCCCAAGCACCCCTACA
60 CTCCACC-AC-CCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACA
* * *
882 AGTACAAGTCTCCACCCCACCCCCACCCTCACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAAGTCTCCCC
1 AGTACAAGTCTCCACCCCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCAC
947 CACCACCCAC
66 CACC-CCCAC
957 TCCAGTCTAC
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 33, Indels: 30
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
95 8 0.02
96 142 0.27
98 4 0.01
99 246 0.47
100 35 0.07
101 31 0.06
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Consensus pattern (98 bp):
AGTACAAGTCTCCACCCCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCTCCAC
CACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACA
Found at i:469 original size:147 final size:146
Alignment explanation
Indices: 212--956 Score: 903
Period size: 147 Copynumber: 5.0 Consensus size: 146
202 CTACTCCCAC
* * * * * ** * *
212 CACCACCCAAGGAGCCTTACAAGTATAAGTCTCCACCACCTCCTCCACCAGTGCATTATCC-ACC
1 CACCACCCAAGCATCCCTACAAGTACAAGTCTCCACC-CCACCTCCACCA-T-CACCACCCAAGC
* * * *
276 ACCCCCTTACGAGTACAAGTCTCCTCCACCACCCCCGCCATCACCACCTAAGCACCCTTACAAGT
63 A-CCCC-TACAAGTACAAG--T-CTCCACCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGT
341 ACAAGTCTCCACCACCCCCACCAT
123 ACAAGTCTCCACCACCCCCACCAT
*
365 CACCACCCAAGCATCCCTATAAGTACAAGTCTCCACCTCCACCTCCACCATCACCACCCAAGCAC
1 CACCACCCAAGCATCCCTACAAGTACAAGTCTCCACC-CCACCTCCACCATCACCACCCAAGCAC
* *
430 CCTTACACGTACAAGTCTCCACCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTC
65 CCCTACAAGTACAAGTCTCCACCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAG--
*
495 TCCTCCACCACCTCCACCAT
128 T-CTCCACCACCCCCACCAT
* * * *
515 CACCACCCAAGCACCCCTACAAGTATAAGTCTCCA--CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATC
1 CACCACCCAAGCATCCCTACAAGTACAAGTCTCCACCCCACCTCCACCATCACCACCCAAGCACC
* *
578 CTTACAAGTACAAGTCTCCACCACCACCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCT
66 CCTACAAGTACAAGTCTCCACCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCT
*
643 CCTCCACCCCCACCAT
131 CCACCACCCCCACCAT
*
659 CACCACCCAAGCATCCTTACAAGTACAAGTCTCCACCACCACCTCCACCATCACCACCCAAGCAC
1 CACCACCCAAGCATCCCTACAAGTACAAGTCTCCACC-CCACCTCCACCATCACCACCCAAGCAC
*
724 CCCTACAAGTACAAGTCT---CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCATCCCTACAAGTACAAGTC
65 CCCTACAAGTACAAGTCTCCACCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTC
786 TCCACCCCACCCCCACCCCCACCCT
130 TCCA--CCACCCCCA---CCA---T
* * * *
811 CTCCACCCAAGCA-CCCGTACAAGTACAAGTCTCCACCGCCGCC-CCACCCTCACCGCCCAAGCA
1 CACCACCCAAGCATCCC-TACAAGTACAAGTCTCCACC-CCACCTCCACCATCACCACCCAAGCA
* *
874 CCCCTACAAGTACAAGTCTCCACCCCACCCCCACCCTCACCACCCAAGCACCCTTACAAGTACAA
64 CCCCTACAAGTACAAGTCTCCA--CCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAA
*
939 GTCTCCCCCACCACCCAC
127 GTCTCCACCACC-CCCAC
957 TCCAGTCTAC
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 46, Indels: 45
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
144 93 0.18
145 1 0.00
146 9 0.02
147 172 0.33
148 1 0.00
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150 59 0.11
151 47 0.09
152 42 0.08
153 43 0.08
154 5 0.01
155 4 0.01
156 44 0.08
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Consensus pattern (146 bp):
CACCACCCAAGCATCCCTACAAGTACAAGTCTCCACCCCACCTCCACCATCACCACCCAAGCACC
CCTACAAGTACAAGTCTCCACCACCCCCACCATCACCACCCAAGCACCCCTACAAGTACAAGTCT
CCACCACCCCCACCAT
Done.