Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga05g03497.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 594

Length: 990
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.24, T:0.33


Found at i:918 original size:89 final size:91

Alignment explanation


    Indices: 766--990  Score: 364
    Period size: 90  Copynumber: 2.5  Consensus size: 91

        756 TGCTAATAAC

                            *    *     *       *                             
        766 TATGTTTCTTAAATAAGCGGGTACTTAGTTGTGCCGTGGATGGTGATTTGATATTTGTTTTG-TT
          1 TATGTTTCTTAAATAAACGGGCACTTAATTGTGCCTTGGATGGTGATTTGATATTTGTTTTGTTT

                                      
        830 TAAGGAGTGGAATTAATTATAATTTT
         66 TAAGGAGTGGAATTAATTATAATTTT

                             *                                               
        856 TATGTTTCTTAAATAAATGGGCACTTAATTGTG-CTTGGATGGTGATTTGATATTTGTTTTGTTT
          1 TATGTTTCTTAAATAAACGGGCACTTAATTGTGCCTTGGATGGTGATTTGATATTTGTTTTGTTT

                 *            *       
        920 TAAGGTGTGGAATTAATTGTAATTTT
         66 TAAGGAGTGGAATTAATTATAATTTT

                              *                          
        946 TATGTTTCTTAAATAAACCGGCACTTAATTGTGCCTTGGATGGTG
          1 TATGTTTCTTAAATAAACGGGCACTTAATTGTGCCTTGGATGGTG


Statistics
Matches: 124,  Mismatches: 9, Indels: 3
        0.91            0.07        0.02

Matches are distributed among these distances:
  89   27  0.22
  90   86  0.69
  91   11  0.09

ACGTcount: A:0.24, C:0.07, G:0.23, T:0.45


Consensus pattern (91 bp):   
TATGTTTCTTAAATAAACGGGCACTTAATTGTGCCTTGGATGGTGATTTGATATTTGTTTTGTTT
TAAGGAGTGGAATTAATTATAATTTT
Done.