Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga06g00157.N18

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3473
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.17, T:0.39


Found at i:3057 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 3030--3255  Score: 219
    Period size: 23  Copynumber: 9.9  Consensus size: 23

       3020 TGGATGCTGT

                         *     *   
       3030 TGTTTAAATGCTGCAAATTAAAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                                   
       3053 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                      *         *  
       3076 TGTTTAAATGTTGTAAATTGCAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                      *            
       3099 TGTTTAAATGTTGTAAATTGAAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                  **     *         
       3122 TGTTTAGTTGCTGGAAATTG-AG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                  * *               
       3144 ATGTTTTATTGCTGT-AATTG-AG
          1 -TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                *      *   *        
       3166 TTGTATAAATGTTGTTAATTG-AG
          1 -TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                *          *         
       3189 ATG-ATAAAGTGCTGCAAATTGAAG
          1 -TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG

                        *          
       3213 TGTTTAAATGCTATAAATTGAAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

              *       *         
       3236 TGCTTAAATGTTGTAAATTG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTG

       3256 GCATCTGTTT


Statistics
Matches: 171,  Mismatches: 27, Indels: 10
        0.82            0.13        0.05

Matches are distributed among these distances:
  22   24  0.14
  23  141  0.82
  24    6  0.04

ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.22, T:0.41


Consensus pattern (23 bp):   
TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

Done.