Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga06g00157.N25

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3499
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.17, T:0.39


Found at i:3083 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 3056--3281  Score: 219
    Period size: 23  Copynumber: 9.9  Consensus size: 23

       3046 TGGATGCTGT

                         *     *   
       3056 TGTTTAAATGCTGCAAATTAAAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                                   
       3079 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                      *         *  
       3102 TGTTTAAATGTTGTAAATTGCAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                      *            
       3125 TGTTTAAATGTTGTAAATTGAAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                  **     *         
       3148 TGTTTAGTTGCTGGAAATTG-AG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                  * *               
       3170 ATGTTTTATTGCTGT-AATTG-AG
          1 -TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                *      *   *        
       3192 TTGTATAAATGTTGTTAATTG-AG
          1 -TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

                *          *         
       3215 ATG-ATAAAGTGCTGCAAATTGAAG
          1 -TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG

                        *          
       3239 TGTTTAAATGCTATAAATTGAAG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

              *       *         
       3262 TGCTTAAATGTTGTAAATTG
          1 TGTTTAAATGCTGTAAATTG

       3282 GCATCTGTTT


Statistics
Matches: 171,  Mismatches: 27, Indels: 10
        0.82            0.13        0.05

Matches are distributed among these distances:
  22   24  0.14
  23  141  0.82
  24    6  0.04

ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.22, T:0.41


Consensus pattern (23 bp):   
TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG

Done.