Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga06g00371.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4007
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.35


Found at i:3810 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 3797--3926  Score: 59
    Period size: 3  Copynumber: 43.3  Consensus size: 3

       3787 TATTCTTTTC

                 *              *         * *       *      *            
       3797 ATT AAT ATT ATT ATT GTT ATT ATC CTT ATT GTT ATAC ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT-T ATT ATT ATT

                  * *    *      *            *      *        *              
       3843 ATT ATC GTT ACT ATT TTT ATT ATT -GT ATT CTT A-T ACT ATT ATT -TAT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT-T

               *  *       *   *                               
       3889 ATGC AGT ATT AGT ACT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A
          1 AT-T ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A

       3927 GTTTACCATT


Statistics
Matches: 89,  Mismatches: 33, Indels: 10
        0.67            0.25        0.08

Matches are distributed among these distances:
   2    4  0.04
   3   81  0.91
   4    4  0.04

ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.05, T:0.58


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.