Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga06g01862.C3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4893
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.22, T:0.31
Found at i:1059 original size:369 final size:365
Alignment explanation
Indices: 376--1801 Score: 2156
Period size: 369 Copynumber: 3.9 Consensus size: 365
366 GAATTATATT
* *
376 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTT
1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
* * * * *
441 CCCTTTCCCAAAATTGGTTCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT
66 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGAT
* *
506 TTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACT
131 TTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACT
* * * * *
571 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAAT
196 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGAT
*
636 GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
261 GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
*
701 GACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC
326 GATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GC
*
742 AGATGATTCCTAAATGTGATGGTACTTCAC-AAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCT
1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAG-TGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCT
* *
806 TCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGA
65 TCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGA
* * * *
871 TTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCC
130 TTTTAGTTTAC---AGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCC
* * *
936 AACTTTTATGCACGGGAGCAT-GTTAATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTT
192 AACTTTTGTGCACAGGAGC-TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTT
* *
1000 CTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCA
256 CTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCA
1065 ACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGC
321 ACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGC
1110 AAGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCT
1 -AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCT
* * *
1175 TCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGA
65 TCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGA
* * * * *
1240 TCTTAATTTACAGGATGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAAC
130 TTTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAAC
*
1305 TTTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTCGTTAGTTCTGA
195 TTTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGA
* * *
1370 TGCGCTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAA
260 TGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAA
* * *
1435 AGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCC
325 AGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAAC-TTGC
* * ** *
1477 GGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTT
1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
* * * *
1542 CCCTTACCCGAAACTGGTTCTCAGCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGAT
66 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGAT
* * *
1607 TTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCA
131 TTTAGTTTAC---AGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCA
* * *
1672 ACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCT
193 ACTTTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCT
** * * *
1737 GATGTGCTTTCAGAGGCAGTTATGG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGCAA
258 GATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAG-CAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAA
1801 C
322 C
1802 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 82, Indels: 23
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
365 4 0.00
366 455 0.47
367 3 0.00
368 3 0.00
369 496 0.51
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (365 bp):
AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGAT
TTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACT
TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGAT
GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
GATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGC
Found at i:1787 original size:735 final size:735
Alignment explanation
Indices: 376--1801 Score: 2280
Period size: 735 Copynumber: 1.9 Consensus size: 735
366 GAATTATATT
* *
376 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTT
1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
* * * *
441 CCCTTTCCCAAAATTGGTTCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT
66 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT
* * * * **
506 TTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACT
131 CTTAATTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACT
* * *
571 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAAT
196 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAAT
*
636 GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
261 GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
* * * * *
701 GACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTGATGGTA
326 GACTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTA
* *
766 CTTCACAAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAG
391 CTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAG
* *
831 CAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAA
456 CAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAA
* * * *
896 ACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAGCATGTTA
521 ACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTA
** * *
961 ATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTATG
586 ATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATG
* *
1026 GAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGAT
651 GAGCAAAAGGGAGTTCCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGAT
1091 GTCTGGTAATGAAACTTGCA
716 GTCTGGTAATGAAACTTGCA
1111 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
* * **
1176 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGAT
66 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT
*
1241 CTTAATTTACAGGATGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACT
131 CTTAATTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACT
*
1306 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTG-TCGTTAGTTCTGA
196 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTC-TTAGTTCTAA
* * *
1370 TGCGCTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAA
260 TGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAA
* * *
1435 AGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTGATAGT
325 AGACTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGT
*
1500 ACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGTTCTCA
390 ACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCA
* ** *
1565 GCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAA
455 GCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAA
** * *
1630 AACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTT
520 AACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTT
**
1695 AATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCAGTTAT
585 AATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTAT
* *
1760 GG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGCAAC
650 GGAG-CAAAAGGGAGTTCCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAAC
1802 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 60, Indels: 4
0.91 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
734 3 0.00
735 626 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (735 bp):
AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT
CTTAATTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACT
TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAAT
GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
GACTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTA
CTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAG
CAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAA
ACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTA
ATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATG
GAGCAAAAGGGAGTTCCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGAT
GTCTGGTAATGAAACTTGCA
Done.