Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga06g01862.M13

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4710
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.22, T:0.30


Found at i:876 original size:369 final size:365

Alignment explanation


    Indices: 193--1618  Score: 2156
    Period size: 369  Copynumber: 3.9  Consensus size: 365

        183 GAATTATATT

                                                 *             *             
        193 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTT
          1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT

                 *       *         *                                * *      
        258 CCCTTTCCCAAAATTGGTTCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT
         66 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGAT

                                           *                *                
        323 TTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACT
        131 TTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACT

                                              * *       *        *        *  
        388 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAAT
        196 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGAT

                                                    *                        
        453 GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
        261 GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA

              *                                      
        518 GACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC
        326 GATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GC

                  *                                                          
        559 AGATGATTCCTAAATGTGATGGTACTTCAC-AAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCT
          1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAG-TGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCT

                                        *           *                        
        623 TCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGA
         65 TCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGA

               *             *                            *      *           
        688 TTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCC
        130 TTTTAGTTTAC---AGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCC

                   *     *                         *                         
        753 AACTTTTATGCACGGGAGCAT-GTTAATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTT
        192 AACTTTTGTGCACAGGAGC-TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTT

                         *                *                                  
        817 CTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCA
        256 CTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCA

                                                         
        882 ACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGC
        321 ACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGC

                                                                             
        927 AAGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCT
          1 -AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCT

                                                *       *               *    
        992 TCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGA
         65 TCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGA

             *   *         *                  *             *                
       1057 TCTTAATTTACAGGATGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAAC
        130 TTTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAAC

                                                                 *           
       1122 TTTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTCGTTAGTTCTGA
        195 TTTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGA

               *                      *                     *                
       1187 TGCGCTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAA
        260 TGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAA

                                  *    *            * 
       1252 AGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCC
        325 AGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAAC-TTGC

            *                   *           **                         *     
       1294 GGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTT
          1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT

                     *               *  *          *                         
       1359 CCCTTACCCGAAACTGGTTCTCAGCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGAT
         66 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGAT

                                 *                      *           *        
       1424 TTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCA
        131 TTTAGTTTAC---AGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCA

                              *                   * *                        
       1489 ACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCT
        193 ACTTTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCT

                **                                  *   *              *     
       1554 GATGTGCTTTCAGAGGCAGTTATGG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGCAA
        258 GATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAG-CAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAA

             
       1618 C
        322 C

       1619 TGTTAGAGCT


Statistics
Matches: 965,  Mismatches: 82, Indels: 23
        0.90            0.08        0.02

Matches are distributed among these distances:
 365    4  0.00
 366  455  0.47
 367    3  0.00
 368    3  0.00
 369  496  0.51
 370    4  0.00

ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30


Consensus pattern (365 bp):   
AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGAT
TTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACT
TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGAT
GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
GATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGC

Found at i:1604 original size:735 final size:735

Alignment explanation


    Indices: 193--1618  Score: 2280
    Period size: 735  Copynumber: 1.9  Consensus size: 735

        183 GAATTATATT

                                                 *             *             
        193 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTT
          1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT

                 *       *                     *       *                     
        258 CCCTTTCCCAAAATTGGTTCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT
         66 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT

            *   *                          * *             **                
        323 TTTAGTTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACT
        131 CTTAATTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACT

                                              * *       *                    
        388 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAAT
        196 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAAT

                                                    *                        
        453 GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
        261 GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA

                                 *    *            *       *             *   
        518 GACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTGATGGTA
        326 GACTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTA

                    *                          *                             
        583 CTTCACAAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAG
        391 CTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAG

                                                                     *    *  
        648 CAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAA
        456 CAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAA

                                        *   *                    *      *    
        713 ACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAGCATGTTA
        521 ACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTA

                         ** *                                   *            
        778 ATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTATG
        586 ATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATG

                *          *                                                 
        843 GAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGAT
        651 GAGCAAAAGGGAGTTCCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGAT

                                
        908 GTCTGGTAATGAAACTTGCA
        716 GTCTGGTAATGAAACTTGCA

                                                                             
        928 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
          1 AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT

                                   *                                * **     
        993 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGAT
         66 CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT

                          *                                                  
       1058 CTTAATTTACAGGATGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACT
        131 CTTAATTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACT

                                                                           * 
       1123 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTG-TCGTTAGTTCTGA
        196 TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTC-TTAGTTCTAA

               *                      *                     *                
       1187 TGCGCTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAA
        260 TGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAA

               *                                   *  *                      
       1252 AGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTGATAGT
        325 AGACTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGT

                                                               *             
       1317 ACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGTTCTCA
        390 ACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCA

              * **                                      *                    
       1382 GCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAA
        455 GCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAA

                                 **                         *           *    
       1447 AACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTT
        520 AACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTT

                                                          **                 
       1512 AATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCAGTTAT
        585 AATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTAT

                                 *              *      
       1577 GG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGCAAC
        650 GGAG-CAAAAGGGAGTTCCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAAC

       1619 TGTTAGAGCT


Statistics
Matches: 629,  Mismatches: 60, Indels: 4
        0.91            0.09        0.01

Matches are distributed among these distances:
 734    3  0.00
 735  626  1.00

ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30


Consensus pattern (735 bp):   
AGATGACTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTT
CCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGAT
CTTAATTTACAGGAGGAAGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACT
TTTGTGCACAGGAGCTGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAAT
GCACTTTCAGAGGCAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAA
GACTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTA
CTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAG
CAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAA
ACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTA
ATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATG
GAGCAAAAGGGAGTTCCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGAT
GTCTGGTAATGAAACTTGCA
Done.