Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga06g01862.M2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5013
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.22, T:0.31
Found at i:345 original size:127 final size:125
Alignment explanation
Indices: 194--461 Score: 455
Period size: 127 Copynumber: 2.1 Consensus size: 125
184 CTTGCAAAAG
*
194 GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTTGGTGAGATT
1 GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATT
* * * *
259 TAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAGTTAAAACAGTCTTATTTTATTTGTTTGAATGCA
66 TAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAATTAAAACAATCCTA--TTATGTGTTTGAATGCA
*
321 GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATT
1 GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATT
*
386 TAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAATTGAAACAATCCTATTATGTGTTTGAATGCA
66 TAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAATTAAAACAATCCTATTATGTGTTTGAATGCA
446 GGAAACAAAGATTTCT
1 GGAAACAAAGATTTCT
462 TTATGTGATT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 7, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
125 32 0.24
127 102 0.76
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (125 bp):
GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATT
TAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAATTAAAACAATCCTATTATGTGTTTGAATGCA
Found at i:1211 original size:369 final size:366
Alignment explanation
Indices: 449--1921 Score: 2252
Period size: 366 Copynumber: 4.0 Consensus size: 366
439 GAATGCAGGA
449 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
514 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
579 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
* *
644 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * * * *
709 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
774 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGC
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* *
815 AACAAAGACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
880 ATGGTACTTCAC-AAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
66 ATGGTACTTCACAAAG-TGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * *
944 TTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGG
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGA
* * * *
1009 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAG
192 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAG
* *
1074 CAT-GTTAATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGG
257 C-TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGG
*
1138 CAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
321 CAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1184 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
1248 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * * * *
1313 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGA
* *
1378 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1443 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAGT
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGT
* *
1508 TATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGC
325 TATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* * ** *
1550 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* ** * *
1615 ATAGTACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
1680 TCTCAGCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAG
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGAG
* * *
1745 GAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
193 GAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
* * * **
1810 CGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCA
258 TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCA
* * *
1875 GTTATGG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGC
323 GTTATGGAG-CAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1919 AAC
1 AAC
1922 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 83, Indels: 23
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
365 4 0.00
366 503 0.50
367 1 0.00
368 3 0.00
369 496 0.49
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (366 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
Found at i:1859 original size:735 final size:735
Alignment explanation
Indices: 449--1921 Score: 2358
Period size: 735 Copynumber: 2.0 Consensus size: 735
439 GAATGCAGGA
449 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
514 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * * *
579 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
* * **
644 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * *
709 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
774 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
* * * * * *
839 GATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAGCTGGATGTA
391 GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
*
904 AAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
456 AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
* *
969 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
521 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
* * * * ** *
1034 CAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAGCATGTTAATTCAAAGAGAAGGGCGG
586 CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
* * *
1099 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTAT-GGAGCGAAAGGGAGTTTC
651 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGA-CAAAAGGGAGTTCC
1163 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
715 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
1184 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
1248 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * ** *
1313 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGA
1378 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1443 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTG-TCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAG
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTC-TTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAG
* * *
1507 TTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGAT
324 TTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGAT
* *
1572 TGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
389 TGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
* * **
1637 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGTTCTCAGCGGTTATCTGTGAGTG
454 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTG
*
1702 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
519 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
** * *
1767 AGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
584 AGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
**
1832 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
649 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
* *
1897 CTCGAGTTGAACATGAAATTGC
714 CTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1919 AAC
1 AAC
1922 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 60, Indels: 6
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
734 4 0.01
735 668 0.99
736 3 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (735 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTCCT
CAAGTTGAACATGAAACTGC
Done.