Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga06g01862.M7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4886
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.22, T:0.30
Found at i:205 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 138--248 Score: 213
Period size: 56 Copynumber: 2.0 Consensus size: 56
128 TGCAATTCCA
138 GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTT
1 GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTT
*
194 GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATT
1 GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATT
249 AGGTGAGATT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 54 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
GGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTT
Found at i:1084 original size:369 final size:366
Alignment explanation
Indices: 322--1794 Score: 2252
Period size: 366 Copynumber: 4.0 Consensus size: 366
312 GAATGCAGGA
322 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
387 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
452 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
* *
517 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * * * *
582 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
647 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGC
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* *
688 AACAAAGACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
753 ATGGTACTTCAC-AAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
66 ATGGTACTTCACAAAG-TGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * *
817 TTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGG
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGA
* * * *
882 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAG
192 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAG
* *
947 CAT-GTTAATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGG
257 C-TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGG
*
1011 CAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
321 CAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1057 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
1121 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * * * *
1186 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGA
* *
1251 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1316 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAGT
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGT
* *
1381 TATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGC
325 TATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* * ** *
1423 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* ** * *
1488 ATAGTACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
1553 TCTCAGCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAG
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGAG
* * *
1618 GAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
193 GAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
* * * **
1683 CGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCA
258 TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCA
* * *
1748 GTTATGG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGC
323 GTTATGGAG-CAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1792 AAC
1 AAC
1795 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 83, Indels: 23
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
365 4 0.00
366 503 0.50
367 1 0.00
368 3 0.00
369 496 0.49
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (366 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
Found at i:1732 original size:735 final size:735
Alignment explanation
Indices: 322--1794 Score: 2358
Period size: 735 Copynumber: 2.0 Consensus size: 735
312 GAATGCAGGA
322 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
387 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * * *
452 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
* * **
517 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * *
582 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
647 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
* * * * * *
712 GATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAGCTGGATGTA
391 GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
*
777 AAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
456 AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
* *
842 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
521 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
* * * * ** *
907 CAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAGCATGTTAATTCAAAGAGAAGGGCGG
586 CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
* * *
972 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTAT-GGAGCGAAAGGGAGTTTC
651 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGA-CAAAAGGGAGTTCC
1036 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
715 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
1057 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
1121 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * ** *
1186 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGA
1251 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1316 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTG-TCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAG
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTC-TTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAG
* * *
1380 TTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGAT
324 TTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGAT
* *
1445 TGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
389 TGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
* * **
1510 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGTTCTCAGCGGTTATCTGTGAGTG
454 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTG
*
1575 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
519 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
** * *
1640 AGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
584 AGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
**
1705 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
649 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
* *
1770 CTCGAGTTGAACATGAAATTGC
714 CTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1792 AAC
1 AAC
1795 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 60, Indels: 6
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
734 4 0.01
735 668 0.99
736 3 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (735 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTCCT
CAAGTTGAACATGAAACTGC
Done.