Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga06g01862.M9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.22, T:0.31
Found at i:546 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 393--814 Score: 745
Period size: 127 Copynumber: 3.3 Consensus size: 127
383 GGTGGAAGTT
393 AGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATTTAGATTGGGACTTCAAA
1 AGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATTTAGATTGGGACTTCAAA
* * *
458 TTTCTAGTTCAATTGAAACAGTCCTATTTTATGTGTTTGACTGCAGGAAACAAAGATTTCTA
66 TTTCTAGTTCAATTAAAACAGTCTTATTTTATGTGTTTGAATGCAGGAAACAAAGATTTCTA
* * *
520 AGAGAGAAACGCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTTGTTGAGATTTAGATTGGGACTTCAAA
1 AGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATTTAGATTGGGACTTCAAA
*
585 TTTCTAGTTCAATTTAAACAGTCTTATTTTATGTGTTTGAATGCAGGAAACAAAGATTTCTA
66 TTTCTAGTTCAATTAAAACAGTCTTATTTTATGTGTTTGAATGCAGGAAACAAAGATTTCTA
* *
647 AGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTTGGTGAGATTTAGATTGGGACTTCAAA
1 AGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATTTAGATTGGGACTTCAAA
* *
712 TTTCTAGTTCAGTTAAAACAGTCTTATTTTATTTGTTTGAATGCAGGAAACAAAGATTTCTA
66 TTTCTAGTTCAATTAAAACAGTCTTATTTTATGTGTTTGAATGCAGGAAACAAAGATTTCTA
774 AGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGG
1 AGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGG
815 AAACAAAGAT
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 13, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
127 282 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (127 bp):
AGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGATTTAGATTGGGACTTCAAA
TTTCTAGTTCAATTAAAACAGTCTTATTTTATGTGTTTGAATGCAGGAAACAAAGATTTCTA
Found at i:1578 original size:369 final size:366
Alignment explanation
Indices: 816--2288 Score: 2252
Period size: 366 Copynumber: 4.0 Consensus size: 366
806 TATATTAGGA
816 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
881 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
946 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
* *
1011 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * * * *
1076 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
1141 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGC
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* *
1182 AACAAAGACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1247 ATGGTACTTCAC-AAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
66 ATGGTACTTCACAAAG-TGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * *
1311 TTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGG
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGA
* * * *
1376 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAG
192 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAG
* *
1441 CAT-GTTAATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGG
257 C-TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGG
*
1505 CAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
321 CAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1551 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
1615 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * * * *
1680 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGA
* *
1745 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1810 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAGT
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGT
* *
1875 TATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGC
325 TATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* * ** *
1917 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* ** * *
1982 ATAGTACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
2047 TCTCAGCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAG
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGAG
* * *
2112 GAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
193 GAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
* * * **
2177 CGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCA
258 TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCA
* * *
2242 GTTATGG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGC
323 GTTATGGAG-CAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
2286 AAC
1 AAC
2289 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 83, Indels: 23
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
365 4 0.00
366 503 0.50
367 1 0.00
368 3 0.00
369 496 0.49
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (366 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
Found at i:2226 original size:735 final size:735
Alignment explanation
Indices: 816--2288 Score: 2358
Period size: 735 Copynumber: 2.0 Consensus size: 735
806 TATATTAGGA
816 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
881 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * * *
946 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
* * **
1011 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * *
1076 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
1141 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
* * * * * *
1206 GATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAGCTGGATGTA
391 GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
*
1271 AAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
456 AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
* *
1336 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
521 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
* * * * ** *
1401 CAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAGCATGTTAATTCAAAGAGAAGGGCGG
586 CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
* * *
1466 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTAT-GGAGCGAAAGGGAGTTTC
651 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGA-CAAAAGGGAGTTCC
1530 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
715 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
1551 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
1615 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * ** *
1680 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGA
1745 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1810 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTG-TCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAG
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTC-TTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAG
* * *
1874 TTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGAT
324 TTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGAT
* *
1939 TGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
389 TGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
* * **
2004 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGTTCTCAGCGGTTATCTGTGAGTG
454 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTG
*
2069 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
519 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
** * *
2134 AGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
584 AGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
**
2199 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
649 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
* *
2264 CTCGAGTTGAACATGAAATTGC
714 CTCAAGTTGAACATGAAACTGC
2286 AAC
1 AAC
2289 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 60, Indels: 6
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
734 4 0.01
735 668 0.99
736 3 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (735 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTCCT
CAAGTTGAACATGAAACTGC
Done.