Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga06g01862.F11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3018
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.25, T:0.29
Found at i:959 original size:369 final size:366
Alignment explanation
Indices: 197--1669 Score: 2252
Period size: 366 Copynumber: 4.0 Consensus size: 366
187 GCAAAAGGGA
197 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
262 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
327 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
* *
392 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * * * *
457 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
522 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGC
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* *
563 AACAAAGACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
628 ATGGTACTTCAC-AAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
66 ATGGTACTTCACAAAG-TGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * *
692 TTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGG
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGA
* * * *
757 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAG
192 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAG
* *
822 CAT-GTTAATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGG
257 C-TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGG
*
886 CAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
321 CAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
932 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
996 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * * * *
1061 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGA
* *
1126 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1191 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAGT
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGT
* *
1256 TATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGC
325 TATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* * ** *
1298 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* ** * *
1363 ATAGTACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
1428 TCTCAGCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAG
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGAG
* * *
1493 GAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
193 GAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
* * * **
1558 CGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCA
258 TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCA
* * *
1623 GTTATGG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGC
323 GTTATGGAG-CAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1667 AAC
1 AAC
1670 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 83, Indels: 23
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
365 4 0.00
366 503 0.50
367 1 0.00
368 3 0.00
369 496 0.49
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (366 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
Found at i:1607 original size:735 final size:735
Alignment explanation
Indices: 197--1669 Score: 2358
Period size: 735 Copynumber: 2.0 Consensus size: 735
187 GCAAAAGGGA
197 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
262 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * * *
327 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
* * **
392 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * *
457 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
522 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
* * * * * *
587 GATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAGCTGGATGTA
391 GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
*
652 AAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
456 AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
* *
717 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
521 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
* * * * ** *
782 CAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAGCATGTTAATTCAAAGAGAAGGGCGG
586 CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
* * *
847 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTAT-GGAGCGAAAGGGAGTTTC
651 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGA-CAAAAGGGAGTTCC
911 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
715 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
932 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
996 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * ** *
1061 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGA
1126 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1191 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTG-TCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAG
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTC-TTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAG
* * *
1255 TTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGAT
324 TTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGAT
* *
1320 TGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
389 TGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
* * **
1385 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGTTCTCAGCGGTTATCTGTGAGTG
454 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTG
*
1450 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
519 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
** * *
1515 AGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
584 AGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
**
1580 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
649 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
* *
1645 CTCGAGTTGAACATGAAATTGC
714 CTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1667 AAC
1 AAC
1670 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 60, Indels: 6
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
734 4 0.01
735 668 0.99
736 3 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (735 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTCCT
CAAGTTGAACATGAAACTGC
Done.