Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga06g01862.F16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3214
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.24, T:0.29
Found at i:366 original size:127 final size:125
Alignment explanation
Indices: 136--405 Score: 459
Period size: 127 Copynumber: 2.1 Consensus size: 125
126 ATTGCAATTC
*
136 CAGGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTTGGTGAGA
1 CAGGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGA
* * * *
201 TTTAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAGTTAAAACAGTCTTATTTTATTTGTTTGAATG
66 TTTAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAATTAAAACAATCCTA--TTATGTGTTTGAATG
*
263 CAGGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACCCTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGA
1 CAGGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGA
*
328 TTTAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAATTGAAACAATCCTATTATGTGTTTGAATG
66 TTTAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAATTAAAACAATCCTATTATGTGTTTGAATG
388 CAGGAAACAAAGATTTCT
1 CAGGAAACAAAGATTTCT
406 TTATGTGATT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 7, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
125 32 0.24
127 104 0.76
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (125 bp):
CAGGAAACAAAGATTTCTAAGAGAGAAACACTGATTTTGTGTTTGTTGAATTATATTAGGTGAGA
TTTAGATTGGGACTTCAAATTTCTAGTTCAATTAAAACAATCCTATTATGTGTTTGAATG
Found at i:1155 original size:369 final size:366
Alignment explanation
Indices: 393--1865 Score: 2252
Period size: 366 Copynumber: 4.0 Consensus size: 366
383 GAATGCAGGA
393 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
458 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
523 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
* *
588 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * * * *
653 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
718 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGC
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* *
759 AACAAAGACTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
824 ATGGTACTTCAC-AAGCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
66 ATGGTACTTCACAAAG-TGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * *
888 TTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGG
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGA
* * * *
953 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAG
192 GGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAG
* *
1018 CAT-GTTAATTCAAAGAGAAGGGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGG
257 C-TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGG
*
1082 CAGTTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
321 CAGTTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1128 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
1192 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * * * * *
1257 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGA
* *
1322 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1387 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAGT
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGT
* *
1452 TATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGC
325 TATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
* * ** *
1494 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* ** * *
1559 ATAGTACTTCACAACCTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * *
1624 TCTCAGCGGTTATCTGTGAGTGTGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAG
131 TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTAC---AGGAG
* * *
1689 GAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
193 GAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGC
* * * **
1754 CGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCA
258 TGGTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCA
* * *
1819 GTTATGG-GACAAAAGGGAGTTCCTCGAGTTGAACATGAAATTGC
323 GTTATGGAG-CAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1863 AAC
1 AAC
1866 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 83, Indels: 23
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
365 4 0.00
366 503 0.50
367 1 0.00
368 3 0.00
369 496 0.49
370 4 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (366 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAGCAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGCAGCAGCAGTGCTAGCGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGC
Found at i:1803 original size:735 final size:735
Alignment explanation
Indices: 393--1865 Score: 2358
Period size: 735 Copynumber: 2.0 Consensus size: 735
383 GAATGCAGGA
393 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
* * * *
458 ATGGTACTTCACAAAGTGGTTGTAAAGAGGCTGGGGATTCATGCCTTCCCTTTCCCAAAATTGGT
66 ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
* * * *
523 TCTCAACAGTCATCTGTGAGTATGATGTTTGAAAGTCCAACGCCGATTTTAGTTTACAGGAGGAA
131 TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
* * **
588 GAAACGGTGGGGCTGCAGCAGCAGTGCTAGTGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
196 GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
* * *
653 TTAATTCAAAGAGAAGTGTGGATTGTTTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
261 TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
*
718 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCGAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
326 ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
* * * * * *
783 GATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGATTCCTAAATGTGATGGTACTTCACAAGCTGGATGTA
391 GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
*
848 AAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
456 AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
* *
913 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGGGGAAGAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
521 ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
* * * * ** *
978 CAGCGCTAGCTCTGTTGTTGCCAACTTTTATGCACGGGAGCATGTTAATTCAAAGAGAAGGGCGG
586 CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
* * *
1043 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCGGAGGCAGTTAT-GGAGCGAAAGGGAGTTTC
651 ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGA-CAAAAGGGAGTTCC
1107 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
715 TCAAGTTGAACATGAAACTGC
1128 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTT-GCAAGATGACTCCTAAATGT
1 AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGC-AGATGACTCCTAAATGT
1192 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
65 GATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGG
* * ** *
1257 TTCTCAGCAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCTATTCCGATCTTAATTTACAGGATGA
130 TTCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGA
1322 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
195 AGAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTG
* *
1387 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTG-TCGTTAGTTCTGATGCGCTTTCAGAGGCAG
260 GTTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTC-TTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAG
* * *
1451 TTATGGAGCGAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGATCATGAAACTGCAACAAAGATTTCTTTATGTGAT
324 TTATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGAT
* *
1516 TGGATATCTGATAATGAAACTTTCCGGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
389 TGGATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATG
* * **
1581 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCGAAACTGGTTCTCAGCGGTTATCTGTGAGTG
454 TAAAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTG
*
1646 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTTAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
519 TGATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGC
** * *
1711 AGCATTGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCCGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
584 AGCAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCAC
**
1776 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGTGCTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
649 AGATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTC
* *
1841 CTCGAGTTGAACATGAAATTGC
714 CTCAAGTTGAACATGAAACTGC
1863 AAC
1 AAC
1866 TGTTAGAGCT
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 60, Indels: 6
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
734 4 0.01
735 668 0.99
736 3 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.26, T:0.30
Consensus pattern (735 bp):
AACAAAGATTTCTTTATGTGATTGGATGTCTGGTAATGAAACTTGGCAGATGACTCCTAAATGTG
ATGGTACTTCACAAAGTGGATGTAAAGAGGCTGAGGATTCATGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGT
TCTCAACAGTCATCTGTAAGTATGAGGTTTGAAAGTCCAACGCCGATCTTAATTTACAGGAGGAA
GAAACGGTGGGGCAGAAGCAGCAGTGCTAACGCTGTTGTTGCCAACTTTTGTGCACAGGAGCTGG
TTAATTCAAAGAGAAGCGCGGATTGTCTTTCTGTTCTTAGTTCTAATGCACTTTCAGAGGCAGTT
ATGGAGCAAAAGGGAGTTTCTCAAGTTGAACATGAAACTGCAACAAAGACTTCTTTATGTGATTG
GATATCTGATAATGAAACTTGCCAGATGACTCCTAAATGTGATAGTACTTCACAACCTGGATGTA
AAGAGGCTGAGGATTCACGCCTTCCCTTACCCAAAACTGGTTCTCAGCAGCCATCTGTGAGTGTG
ATGTTTGAAAGTCCTATGCCGATTTCAGTTTACAGTAGGAGGAAAAAACGGTGGGGCAGCAGCAG
CAGCGCTAGCGCTGCTGTTGCCAACTTTTATGCACAGGAGCAGGTTAATTCAAAGAGAAGCACAG
ATTGTCTTTCTGTTGTTAGTTCTGATGCACTTTCAGAGGCAGTTATGGGACAAAAGGGAGTTCCT
CAAGTTGAACATGAAACTGC
Done.