Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga01g01461.F3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3800
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.20, T:0.33
Found at i:3240 original size:265 final size:260
Alignment explanation
Indices: 2765--3255 Score: 646
Period size: 265 Copynumber: 1.9 Consensus size: 260
2755 TCCCATTTAT
* * *
2765 TAGAGGTGGATTTTGTATTATCTGTTTTCTCTCTGTTGCTTAATTAATTATGGATATATGTGATG
1 TAGAGGTGGATTTTGCATTATCAGTTTTCTCTCTGTTGCTTAATTAATCATGGATATATGTGATG
* * * * *
2830 ACCTAAGAACTTTGCAACTTTAAAGGCTTTCCTCACTTCTCGTTCTCTATATGCCCCAAGAATAC
66 AACTAAGAACTTTGCAACTTTAAAGACTGTCCTCACTACTAGTTCTCTATATGCCCCAAGAATAC
* * * * * *
2895 TTTTATTTTGCCTTGTTTGTAGGGTTCCTAAAATCTAGGCTTCATTAATTTCACGAAATCTATAA
131 CTCTATTTGGCCTTGTTTGGAGAGTTCCTAAAATCTAGGCTTCATTAATTTCACAAAATCTATAA
* * *
2960 TATTGACATGTTGCTTAAAAATGATCATTGAGTTGGATTTATAATTGTGTTCCAGTGCCATCTGC
196 TATTGACACGTTGCTTAAAAATAATAATTGAGTTGGATTTATAATTGTGTTCCAGTGCCATCTGC
* *
3025 TAGAGGTGGATTTTGCATTATCAGTTTTCTCTCTGTTGCTTTATT-ATCATGGATTTATGTGACA
1 TAGAGGTGGATTTTGCATTATCAGTTTTCTCTCTGTTGCTTAATTAATCATGGATATATGT----
** * *
3089 GTCTATGAACTTCGCAA-TTTGCAAC-TTAAAGACTGTCCTCACTACTAGTTCTCTGTATGCCTC
62 G---ATGAACTAAG-AACTTTGCAACTTTAAAGACTGTCCTCACTACTAGTTCTCTATATGCCCC
*
3152 AAGAATACCTCTATTTGGCCTTGTTTGGATAGTTCCTAAAATCTAGGCTTCATTAATTTCACAAA
123 AAGAATACCTCTATTTGGCCTTGTTTGGAGAGTTCCTAAAATCTAGGCTTCATTAATTTCACAAA
* * *
3217 ATCTATAATTTTGATACGTTGCTTGAAAATAATAATTGA
188 ATCTATAATATTGACACGTTGCTTAAAAATAATAATTGA
3256 AAATTGTGAG
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 27, Indels: 11
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
259 13 0.07
260 42 0.21
263 1 0.01
265 123 0.63
266 15 0.08
267 2 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.16, T:0.41
Consensus pattern (260 bp):
TAGAGGTGGATTTTGCATTATCAGTTTTCTCTCTGTTGCTTAATTAATCATGGATATATGTGATG
AACTAAGAACTTTGCAACTTTAAAGACTGTCCTCACTACTAGTTCTCTATATGCCCCAAGAATAC
CTCTATTTGGCCTTGTTTGGAGAGTTCCTAAAATCTAGGCTTCATTAATTTCACAAAATCTATAA
TATTGACACGTTGCTTAAAAATAATAATTGAGTTGGATTTATAATTGTGTTCCAGTGCCATCTGC
Done.