Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga07g00767.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 667

Length: 1112
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.28, T:0.28


Found at i:467 original size:18 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 444--497  Score: 57
    Period size: 18  Copynumber: 3.3  Consensus size: 18

        434 TAACTTTGGA

                              
        444 GGTGGCGGCTATGGCGGT
          1 GGTGGCGGCTATGGCGGT

                              
        462 GGT---GGCTA---CGGT
          1 GGTGGCGGCTATGGCGGT

                 *            
        474 GGTGGTGGCTATGGCGGT
          1 GGTGGCGGCTATGGCGGT

                  
        492 GGTGGC
          1 GGTGGC

        498 TACGGTGGTG


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 1, Indels: 12
        0.69            0.02        0.29

Matches are distributed among these distances:
  12    7  0.24
  15   10  0.34
  18   12  0.41

ACGTcount: A:0.06, C:0.15, G:0.56, T:0.24


Consensus pattern (18 bp):   
GGTGGCGGCTATGGCGGT

Found at i:468 original size:15 final size:15

Alignment explanation


    Indices: 444--529  Score: 127
    Period size: 15  Copynumber: 5.7  Consensus size: 15

        434 TAACTTTGGA

                 *     *   
        444 GGTGGCGGCTATGGC
          1 GGTGGTGGCTACGGC

                          *
        459 GGTGGTGGCTACGGT
          1 GGTGGTGGCTACGGC

                       *   
        474 GGTGGTGGCTATGGC
          1 GGTGGTGGCTACGGC

                          *
        489 GGTGGTGGCTACGGT
          1 GGTGGTGGCTACGGC

                           
        504 GGTGGTGGCTACGGC
          1 GGTGGTGGCTACGGC

                       
        519 GGTGGTGGCTA
          1 GGTGGTGGCTA

        530 TGGAAGTGGT


Statistics
Matches: 63,  Mismatches: 8, Indels: 0
        0.89            0.11        0.00

Matches are distributed among these distances:
  15   63  1.00

ACGTcount: A:0.07, C:0.15, G:0.53, T:0.24


Consensus pattern (15 bp):   
GGTGGTGGCTACGGC

Found at i:478 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 444--529  Score: 154
    Period size: 30  Copynumber: 2.9  Consensus size: 30

        434 TAACTTTGGA

                 *                        
        444 GGTGGCGGCTATGGCGGTGGTGGCTACGGT
          1 GGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACGGT

                                          
        474 GGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACGGT
          1 GGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACGGT

                       *              
        504 GGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTA
          1 GGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTA

        530 TGGAAGTGGT


Statistics
Matches: 54,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.96            0.04        0.00

Matches are distributed among these distances:
  30   54  1.00

ACGTcount: A:0.07, C:0.15, G:0.53, T:0.24


Consensus pattern (30 bp):   
GGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACGGT

Found at i:508 original size:45 final size:45

Alignment explanation


    Indices: 440--542  Score: 152
    Period size: 45  Copynumber: 2.3  Consensus size: 45

        430 CTCGTAACTT

                     *     *                 *           
        440 TGGAGGTGGCGGCTATGGCGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGCTA
          1 TGGAGGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTA

               *              *                          
        485 TGGCGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTA
          1 TGGAGGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTA

                *        
        530 TGGAAGTGGTGGC
          1 TGGAGGTGGTGGC

        543 GGTGGCTATG


Statistics
Matches: 51,  Mismatches: 7, Indels: 0
        0.88            0.12        0.00

Matches are distributed among these distances:
  45   51  1.00

ACGTcount: A:0.09, C:0.14, G:0.53, T:0.24


Consensus pattern (45 bp):   
TGGAGGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTA

Found at i:538 original size:15 final size:15

Alignment explanation


    Indices: 444--542  Score: 126
    Period size: 15  Copynumber: 6.6  Consensus size: 15

        434 TAACTTTGGA

                 *         
        444 GGTGGCGGCTATGGC
          1 GGTGGTGGCTATGGC

                       *  *
        459 GGTGGTGGCTACGGT
          1 GGTGGTGGCTATGGC

                           
        474 GGTGGTGGCTATGGC
          1 GGTGGTGGCTATGGC

                       *  *
        489 GGTGGTGGCTACGGT
          1 GGTGGTGGCTATGGC

                       *   
        504 GGTGGTGGCTACGGC
          1 GGTGGTGGCTATGGC

                          *
        519 GGTGGTGGCTATGGA
          1 GGTGGTGGCTATGGC

            *        
        534 AGTGGTGGC
          1 GGTGGTGGC

        543 GGTGGCTATG


Statistics
Matches: 73,  Mismatches: 11, Indels: 0
        0.87            0.13        0.00

Matches are distributed among these distances:
  15   73  1.00

ACGTcount: A:0.08, C:0.14, G:0.54, T:0.24


Consensus pattern (15 bp):   
GGTGGTGGCTATGGC

Found at i:539 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 441--542  Score: 150
    Period size: 30  Copynumber: 3.4  Consensus size: 30

        431 TCGTAACTTT

                    *                     
        441 GGAGGTGGCGGCTATGGCGGTGGTGGCTAC
          1 GGAGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTAC

              *                           
        471 GGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTAC
          1 GGAGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTAC

              *           *              *
        501 GGTGGTGGTGGCTACGGCGGTGGTGGCTAT
          1 GGAGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTAC

               *        
        531 GGAAGTGGTGGC
          1 GGAGGTGGTGGC

        543 GGTGGCTATG


Statistics
Matches: 66,  Mismatches: 6, Indels: 0
        0.92            0.08        0.00

Matches are distributed among these distances:
  30   66  1.00

ACGTcount: A:0.09, C:0.14, G:0.54, T:0.24


Consensus pattern (30 bp):   
GGAGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTAC
Done.