Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga07g01479.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3307
ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.22, T:0.39
Found at i:1583 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1550--2939 Score: 1068
Period size: 23 Copynumber: 60.7 Consensus size: 23
1540 AAATATTGTT
* *
1550 AATTGAGGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTA
* *
1573 AACTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
1596 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
1619 AATTGAAGTGTCTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * * *
1642 AATTGATGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
** *
1665 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * *
1688 CATTG-AGATGTTT-TATCGTTGT-
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTA
* * * *
1710 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
1733 AATT-AAGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTA
*
1756 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
1779 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTA
*
1802 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1825 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * **
1848 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCC
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* ** *
1871 AATTGAAGTGTTTAAGTATTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
** *
1894 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* *
1917 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTA
* * * *
1939 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
1962 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTA
*
1985 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
2008 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTA
*
2031 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
2054 AATTGAAGTGTCTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * * *
2077 AATTGATGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
** *
2100 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* *
2123 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTA
* * * *
2145 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
2168 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTA
*
2191 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
2214 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTA
*
2237 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
2260 AATTGAAGTGTCTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * * *
2283 AATTGATGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * * *
2306 AATTAAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
** *
2329 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* *
2352 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTA
* * * *
2374 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* *
2397 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTA
*
2420 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
2443 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTA
* *
2466 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
2489 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * *
2512 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * *
2535 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* ** *
2558 AATCGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * *
2581 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTAT-
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTA
* * * *
2603 AATTGAGGTATTTAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* *
2626 AATTG-AGATGTTAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTA
*
2650 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTA
* * *
2673 ATTTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
2696 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * *
2719 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* ** *
2742 AATTGAAGTGTTTAAGTATTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
** *
2765 AATTGAAGTGTTTATTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * *
2788 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTAT-
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTA
* * *
2810 AATTGAGGTGTTTAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
2833 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGTA
* *
2856 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
*
2879 AATTGAAGTGTTTAAATGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
* * *
2902 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
2925 AATTGAAGTGTTTAA
1 AATTGAAGTGTTTAA
2940 GTACTTATTT
Statistics
Matches: 1099, Mismatches: 205, Indels: 126
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 138 0.13
23 890 0.81
24 69 0.06
25 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
Found at i:1829 original size:206 final size:204
Alignment explanation
Indices: 1546--2938 Score: 1010
Period size: 206 Copynumber: 6.8 Consensus size: 204
1536 GAATAAATAT
* * * * *
1546 TGTTAATTGAGGTGTTAAAGTGCTGCAAACTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTGA
1 TGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAA
* * *
1611 ATGCTGTAAATTGAAGTGTCTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGT
65 ATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGT
** * * * * * * * * *
1676 TTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGTTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAATT
129 TTAAATGTTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TATATCGCTG-TAATT
*
1737 AAGATGT-TAAAGTGC
190 GAGATGTATAAA-TGC
** * *
1752 TGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTT
1 TGTTAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TT
* * *
1815 GAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCCAATTGAAGT
63 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGT
* * *
1880 GTTTAAGTATTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGA
127 GTTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTATATCGCTGTAATTGA
* *
1945 GGTGTATAAATGT
192 GATGTATAAATGC
1958 TGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAA
1 TGTTAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAA
* * * *
2022 AGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTCTAAATGCTGTAAATTGATGTG
65 A-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAGTG
* *
2087 CTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAG
128 TTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTATATCGCTGTAATTGAG
* *
2152 GTGTATAAATGT
193 ATGTATAAATGC
2164 TGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAA
1 TGTTAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAA
* * * *
2228 AGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTCTAAATGCTGTAAATTGATGTG
65 A-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGT-TAAATGCTGCAAATTGAAGTG
* * * * * * *
2293 CTTAAATGTTGCAAATTAAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATTGA-AGTGTT-TAGTTGCTGGACAT
128 TTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTGAGA-TGTTATA-TCGCTGTA-AT
**
2355 TGAGATGT-TTTATCGC
189 TGAGATGTATAAAT-GC
* * ** * *
2371 TG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
1 TGTTAATTGAAGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-T
* *
2432 TAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAA
62 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAA
* * * ** * * * * *
2496 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTT-TAAGT-ACTGCA
125 GTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGA-TGTTAT-A-TCGCTG-T
* * **
2558 AATCGA-AGTGTTTAGTTGC
186 AATTGAGA-TGTATAAATGC
* ** * ** * *
2577 TG-GACATTG-AGATGTTTTA-T-C-GCTATAATTGAGGTATTTAAATGTTGTTAATTG-AGATG
1 TGTTA-ATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGC-A-AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TG
* * * *
2636 TTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAATTTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATT
61 TT-AAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATT
* * * ** * * * *
2700 GAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGTATTGC
122 GAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGA-TG-TT-A-TATCGC
* * **
2764 --AAATTGA-AGTGTTTATTTGC
183 TGTAATTGAGA-TGTATAAATGC
* ** * * * *
2784 TG-GACATTG-AGATGTTTTA-T-C-GCTATAATTGAGGTGTTTAAATGTTGTTAATTG-AGATG
1 TGTTA-ATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGC-A-AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TG
* * * * *
2843 TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGA
61 TTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGA
*
2908 AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
124 AGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
2939 AGTACTTATT
Statistics
Matches: 1039, Mismatches: 104, Indels: 88
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
204 1 0.00
205 39 0.04
206 733 0.71
207 260 0.25
208 2 0.00
209 1 0.00
210 2 0.00
211 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (204 bp):
TGTTAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAA
TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT
AAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTATATCGCTGTAATTGAGATG
TATAAATGC
Found at i:1958 original size:229 final size:227
Alignment explanation
Indices: 1550--2939 Score: 1369
Period size: 229 Copynumber: 6.1 Consensus size: 227
1540 AAATATTGTT
* * * *
1550 AATTGAGGTG-TTAAAGTGCTGCAAACTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTGAATG
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * * * * * *
1614 CTGTAAATTGAAGTG-TCTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGT-TGCAAATTGA-A-GTG
65 CTGCAAATTGAAGTGCT-TAAATGCTGCAAATTGAAGTG-TTTAGT-TCTGGACATTGAGATGT-
* * * * * * **
1675 TTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGTTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATT-
126 TTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTTTAAT-GTTGTTAATTGAGATGTATAAAGTGCTGCAAATTG
*
1737 AAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
188 AAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCA
*
1779 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * * * *
1843 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCCAATTGAAGTGTTTAAGTAT-TGCAAATTGA-A-GTGT
65 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AGT-TCTGGACATTGAGATGT-T
* * * * * * * **
1905 TTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTG-
127 TTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTTTAAT-GTTGTTAATTGAGATGTATAAAGTGCTGCAAATTGA
*
1967 AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
189 AG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCA
* *
2008 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTCTAAATG
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * *
2072 CTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTT
65 CTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTT-CTGGACATTGAGATGTTTT
*
2137 ATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
129 ATCGCTGTAATTGAGGTGT-TTAATGTTGTTAATTGAGATGTATAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
*
2201 CTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCA
193 -TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCA
* * * * * *
2237 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTCTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGC
* * * *
2302 TGCAAATTAAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTA
66 TGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTT-CTGGACATTGAGATGTTTTA
*
2367 TCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGC
130 TCGCTGTAATTGAGGTGT-TTAATGTTGTTAATTGAGATGTATAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-
*
2431 TTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCA
193 TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCA
* * *
2466 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGC
* * * *
2531 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATCGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTA
66 TGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTT-CTGGACATTGAGATGTTTTA
* *
2596 TCGCTATAATTGAGGTATTTAAATGTTGTTAATTGAGATGT-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
130 TCGCTGTAATTGAGGTGTTT-AATGTTGTTAATTGAGATGTAT-AAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
* *
2660 TTAAAGTGCTGCAATTTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
193 TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCA
* * * * * **
2696 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGC
* ** * * * ** *
2761 TGCAAATTGAAGTGTTTATTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTATA-ATTGAGGTGTTT
66 TGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGT-TCTGGACATTGAGATGTTT
* * * * * ** * *
2823 AAAT-GTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGA
128 -TATCGCTG-TAATTGAGGTGTTTAA-TGTTGTTAATTGAGA-TGTATAAAGTGCTGCAAATTGA
* * *
2885 AGTGTTTAAA-TGTTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
189 AGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCA
2925 AATTGAAGTGTTTAA
1 AATTGAAGTGTTTAA
2940 GTACTTATTT
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 88, Indels: 58
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
227 1 0.00
228 27 0.03
229 823 0.79
230 182 0.17
231 11 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (227 bp):
AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGC
TGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTCTGGACATTGAGATGTTTTAT
CGCTGTAATTGAGGTGTTTAATGTTGTTAATTGAGATGTATAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTA
AAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTAAATGCTGCA
Found at i:2907 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 1779--2907 Score: 388
Period size: 114 Copynumber: 9.9 Consensus size: 114
1769 AAATGCTGTA
* * * * * *
1779 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATG
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTA
* * * ** *
1843 CTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCCAATTGA-AGTGTTTAAGTATTGC-A-
65 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TGTTT---TATCGCTAT
** * * ** * * * *
1894 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATG-TTTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAAT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAAT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGT
** ** * ** *
1956 GTTGTTAATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAAT-GCTGT
64 ACTGCAAATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGGAAATTGAGA-TG-TTTTATCGCTAT
* * * * * *
2007 AAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTCTAAAT
1 -AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGT
* * * * * * * **
2071 GCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-A-GTGTTTAGTTGCTGG
64 ACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGT-TTTA-TCGCTAT
* * * ** *
2122 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAA
1 A-ATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTA
* * * **
2182 AGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGT-GCTGCA-
61 AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TGTTTTA-TCGCT--AT
* * * * * *
2237 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTG-TCTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATG
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTA
* * * * * * **
2301 TTGCAAATTAAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGA-A-GTGTTTAGTTGCTGG
65 CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGT-TTTA-TCGCTAT
* * * ** **
2351 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAA
1 A-ATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTTTA
* * * **
2411 AGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTAAAGT-GCTGCA-
61 AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TGTTTTA-TCGCT--AT
* * * * * * **
2466 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
* * * * * **
2531 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATCGA-A-GTGTTTAGTTGCTGG
66 TGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGT-TTTA-TCGCTAT
* * * ** * ** *
2580 ACATTG-AGATGTTT-TATCGCTAT-AATTGAGGTATTTAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAA
1 A-ATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGTT-TA
* * * *
2641 AGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAATTTGA-AGTGTTTGAAT-GCTGCA-
61 AGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGGAAATTGAGA-TGTTT-TATCGCT--AT
* *
2696 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
** *
2761 TGCAAATTGAAGTGTTTATTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTAT
66 TGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTTTATCGCTAT
* * *
2810 AATTGAGGTGTTTAAATGTTGTTAATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGCTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTT-AAG
* * *
2872 TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGA
63 TACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGA
2908 AGTGCTTAAA
Statistics
Matches: 794, Mismatches: 147, Indels: 147
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
111 2 0.00
112 3 0.00
113 31 0.04
114 356 0.45
115 339 0.43
116 58 0.07
117 5 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (114 bp):
AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
TGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTTTATCGCTAT
Done.