Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga08g00068.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4674
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.20, T:0.32


Found at i:947 original size:342 final size:349

Alignment explanation


    Indices: 526--1332  Score: 1085
    Period size: 342  Copynumber: 2.3  Consensus size: 349

        516 ATTCATATTT

                     *                         *                             
        526 ATACAAATGGTTCGATTTTGAGATGTTTATGCCTTTGTTTTTGCTCATGTGAAGTTCTATTGGAT
          1 ATACAAATGATTCGATTTTGAGATGTTTATGCCTTCGTTTTTGCTCATGTGAAGTTCTATTGGAT

                                               *                         *   
        591 CTTGTTTTACACATTGTGTGAAGTAGTTCTCTTTTCTTTCGTTGCATCTCCCCCTTTCCACTAGA
         66 CTTGTTTTACACATTGTGTGAAGTAGTTCTCTTTTATTTCGTTGCATCTCCCCCTTTCCACAAGA

                                             *    *         **              *
        656 TTTTGAGATGGTTGTCTGAAAA-TCGTTAATCTTGAGAGCGCTAAAACTGACTTATTCTATGAAT
        131 TTTTGAGATGGTTGTCTGAAAACT-GTTAATCTCGAGAACGCTAAAACCAACTTATTCTATGAAC

                    *                       **                               
        720 GT-AG-AATACGGTTTT-A-ATG-T-A-A-AATTTATGTCCTTAGTGATTATGTTTTGTTGGTGC
        195 GTAAGAAAAACGGTTTTAAGATGATGAGATAAAAT-TGTCCTTAGTGATTATGTTTTGTTGGTGC

                                **    *                     *          *     
        777 CTATGTAGCTAGGAATGACTGGATGACGAATTCTATTTGCTGATTTGCCCTCTTATGTGTTTCAT
        259 CTATGTAGCTAGGAATGAC-CAATGAAGAATTCTATTTGCTGATTTGCACTCTTATGTGATTCAT

                                       
        842 ATTTATAGACTTGCATC-TATATGTTA
        323 ATTTATAGACTTGCATCATATATGTTA

               **       *                   *         *             *        
        868 ATATGAATGATTTGATTTTGAGATGTTTATGCATTCGTTTTTACTCATGTGAAGTTTTATTGGAT
          1 ATACAAATGATTCGATTTTGAGATGTTTATGCCTTCGTTTTTGCTCATGTGAAGTTCTATTGGAT

                                                   *          *  *   *       
        933 CTTGTTTTACACATTGTGTGAAGTAGTTCTCTTTTATTTTGTTGCATCTCGCCTTTTTCACAAGA
         66 CTTGTTTTACACATTGTGTGAAGTAGTTCTCTTTTATTTCGTTGCATCTCCCCCTTTCCACAAGA

                                       *      *   *                          
        998 TTTTGAGATGGTTGTCTGAAAACTGTTGATCTCGGGAATGCTAAAACCAACTTATTCTATGAACG
        131 TTTTGAGATGGTTGTCTGAAAACTGTTAATCTCGAGAACGCTAAAACCAACTTATTCTATGAACG

                                                                             
       1063 TAAGAAAAACGGTTTTAGCAAAAGATGATTGATGGATAAAATTGTCCTTAGTGATTATGTTTTGT
        196 TAAGAAAAACGGTTTT-----AAGATGA-TGA--GATAAAATTGTCCTTAGTGATTATGTTTTGT

                  *         *                    *      *                    
       1128 TGGTGCTTATGTAGCTGGGAATGACCAATGAAGAATTTTATTTGTTGATTTGCACTCTTATGTGA
        253 TGGTGCCTATGTAGCTAGGAATGACCAATGAAGAATTCTATTTGCTGATTTGCACTCTTATGTGA

                                             
       1193 TTCATATTTATAGACTTGCATCTATATATGTTA
        318 TTCATATTTATAGACTTGCATC-ATATATGTTA

                                       *        *  *     *       *           
       1226 ATACAAATGATTCGATTTTGAGATGTTCATGCCTTCATTATTGCTTATGTGAAATTCTATTGGAT
          1 ATACAAATGATTCGATTTTGAGATGTTTATGCCTTCGTTTTTGCTCATGTGAAGTTCTATTGGAT

                                                      
       1291 CTTGTTTTACACATTGTGTGAAGTAGTTCTCTTTTATTTCGT
         66 CTTGTTTTACACATTGTGTGAAGTAGTTCTCTTTTATTTCGT

       1333 CGTGTTTATG


Statistics
Matches: 400,  Mismatches: 46, Indels: 22
        0.85            0.10        0.05

Matches are distributed among these distances:
 342  172  0.43
 343    3  0.01
 344   10  0.03
 350    1  0.00
 351    3  0.01
 353    1  0.00
 354    1  0.00
 356   55  0.14
 357   47  0.12
 358  107  0.27

ACGTcount: A:0.25, C:0.13, G:0.19, T:0.43


Consensus pattern (349 bp):   
ATACAAATGATTCGATTTTGAGATGTTTATGCCTTCGTTTTTGCTCATGTGAAGTTCTATTGGAT
CTTGTTTTACACATTGTGTGAAGTAGTTCTCTTTTATTTCGTTGCATCTCCCCCTTTCCACAAGA
TTTTGAGATGGTTGTCTGAAAACTGTTAATCTCGAGAACGCTAAAACCAACTTATTCTATGAACG
TAAGAAAAACGGTTTTAAGATGATGAGATAAAATTGTCCTTAGTGATTATGTTTTGTTGGTGCCT
ATGTAGCTAGGAATGACCAATGAAGAATTCTATTTGCTGATTTGCACTCTTATGTGATTCATATT
TATAGACTTGCATCATATATGTTA
Done.