Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga01g01775.M1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 9491
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.20, T:0.31
Found at i:3578 original size:32 final size:33
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Indices: 3502--3599 Score: 135
Period size: 33 Copynumber: 3.0 Consensus size: 33
3492 CTTCTTCTTG
* *
3502 ACATTTCAGCTCCTGTCCAGCAACAAAACACCC
1 ACATTCCAGCTCCTGTCCAGCAACAAAACACTC
* *
3535 ACATTCCAGCTCCTGTCTAGCAGCAAAACACTC
1 ACATTCCAGCTCCTGTCCAGCAACAAAACACTC
* *
3568 A-ATTCCAGCTCTTGTCCAGCAACCAAACACTC
1 ACATTCCAGCTCCTGTCCAGCAACAAAACACTC
3600 CCACTCAATC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 1
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
32 27 0.47
33 30 0.53
ACGTcount: A:0.32, C:0.38, G:0.10, T:0.20
Consensus pattern (33 bp):
ACATTCCAGCTCCTGTCCAGCAACAAAACACTC
Found at i:7998 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 7938--8014 Score: 100
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
7928 TTGGTTTGCG
** * *
7938 ATATGTTCTTACTTATATAATGATTTGCTACTGTTTTTC
1 ATATGTTCTTAAATATATAATGATTTACTACTATTTTTC
* *
7977 ATATGTTCTTAAATATCTAATGTTTTACTACTATTTTT
1 ATATGTTCTTAAATATATAATGATTTACTACTATTTTT
8015 AAGTGTAGTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 32 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.08, T:0.55
Consensus pattern (39 bp):
ATATGTTCTTAAATATATAATGATTTACTACTATTTTTC
Found at i:8062 original size:108 final size:109
Alignment explanation
Indices: 7872--8076 Score: 279
Period size: 108 Copynumber: 1.9 Consensus size: 109
7862 CTCATTTTAA
* * * * *
7872 GTTCTTAAATAAATACTGTTTGGCTAGTATTTTATAAGTGTTGTTTTGGTTAAGTTTTGGTTTGC
1 GTTCTTAAATAAATAATGTTTGACTACTATTTTATAAGTGTAGTTTTGGTTAAGTGTTGGTTTGC
* **
7937 GATATGTTCTTACTTATATAATGATTTGCTACTGTTTTTCATAT
66 CATATGCCCTTACTTATATAATGATTTGCTACTGTTTTTCATAT
** * *
7981 GTTCTTAAATATCTAATGTTTTACTACTATTTT-TAAGTGTAGTTTTGGTTATA-TGTTGGTTTT
1 GTTCTTAAATAAATAATGTTTGACTACTATTTTATAAGTGTAGTTTTGGTTA-AGTGTTGGTTTG
8044 CCATATGCCCTTACTTATATAATGATTTGCTAC
65 CCATATGCCCTTACTTATATAATGATTTGCTAC
8077 CATTTTAAAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 12, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
108 55 0.66
109 28 0.34
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.16, T:0.51
Consensus pattern (109 bp):
GTTCTTAAATAAATAATGTTTGACTACTATTTTATAAGTGTAGTTTTGGTTAAGTGTTGGTTTGC
CATATGCCCTTACTTATATAATGATTTGCTACTGTTTTTCATAT
Found at i:8201 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 8122--8440 Score: 287
Period size: 69 Copynumber: 4.5 Consensus size: 70
8112 AAATTTTCAC
*
8122 ATGTTCTTAAATATCTAATATTTTGCTATTGTTTTTAAGTCTTGTTTTGA-TTAAGTGTTAGTTT
1 ATGTTCTTAAATATCTAATATTTTGCTACTGTTTTTAAGTCTTGTTTTGAGTTAAGTGTTAGTTT
8186 GTCAT
66 GTCAT
* * * * * *
8191 ATGTTCTTAAATATCTACT-TTTTGGCTACTGTTTGTAAACTGTTGTTTTG-GGTAAGTGTTGGT
1 ATGTTCTTAAATATCTAATATTTT-GCTACTGTTT-TTAAGTCTTGTTTTGAGTTAAGTGTTAGT
8254 TTG-CTAT
64 TTGTC-AT
** * * * *
8261 ATGTTCTTACTTATATAATGA-TTTGCTACTGTTTTTAA-T-ATGTTTTAAAGTGTAACATATGT
1 ATGTTCTTAAATATCTAAT-ATTTTGCTACTGTTTTTAAGTCTTGTTTT-GAGT-T-A-A-GTGT
* * *
8323 CAAAATTT-TCTT
60 --TAGTTTGTCAT
* * *
8335 ATGTTCTCAAATATCTAATGTTTTGCTACTGTTTTTAAGTCTTGTTTT-AGTTAAGTGTTGGTTT
1 ATGTTCTTAAATATCTAATATTTTGCTACTGTTTTTAAGTCTTGTTTTGAGTTAAGTGTTAGTTT
*
8399 GCCAT
66 GTCAT
*
8404 ATGTTCTTAAATATCTAAGATTTTGCTACTGTTTTTA
1 ATGTTCTTAAATATCTAATATTTTGCTACTGTTTTTA
8441 GGTGTAACAT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 35, Indels: 38
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
67 6 0.03
68 8 0.04
69 68 0.35
70 56 0.29
71 5 0.03
72 2 0.01
73 4 0.02
74 36 0.18
75 5 0.03
76 6 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.15, T:0.51
Consensus pattern (70 bp):
ATGTTCTTAAATATCTAATATTTTGCTACTGTTTTTAAGTCTTGTTTTGAGTTAAGTGTTAGTTT
GTCAT
Found at i:8276 original size:213 final size:211
Alignment explanation
Indices: 7970--8438 Score: 654
Period size: 213 Copynumber: 2.2 Consensus size: 211
7960 ATTTGCTACT
* * * * * *
7970 GTTTTTCATATGTTCTTAAATATCTAATGTTTTACTACTATTTTTAAGTGTAGTTTTGGTTATAT
1 GTTTGTCATATGTTCTTAAATATCTAAT-TTTTGCTACTGTTTTAAACTGTAGTTTTGGGTATAT
*
8035 GTTGGTTTTCCATATGCCCTTACTTATATAATGATTTGCTACCATTTTAAATATGTTTTAAAGTG
65 GTTGGTTTGCCATATGCCCTTACTTATATAATGATTTGCTACCATTTTAAATATGTTTTAAAGTG
* *
8100 TAACATATGCCAAAATTTTCACATGTTCTTAAATATCTAATATTTTGCTATTGTTTTTAAGTCTT
130 TAACATATGCCAAAATTTTCACATGTTCTCAAATATCTAATATTTTGCTACTGTTTTTAAGTCTT
8165 GTTTT-GATTAAGTGTTA
195 GTTTTAG-TTAAGTGTTA
* *
8182 GTTTGTCATATGTTCTTAAATATCTACTTTTTGGCTACTGTTTGTAAACTGTTGTTTTGGGTA-A
1 GTTTGTCATATGTTCTTAAATATCTAATTTTT-GCTACTGTTT-TAAACTGTAGTTTTGGGTATA
* ** ** *
8246 GTGTTGGTTTGCTATATGTTCTTACTTATATAATGATTTGCTACTGTTTTTAATATGTTTTAAAG
64 -TGTTGGTTTGCCATATGCCCTTACTTATATAATGATTTGCTACCATTTTAAATATGTTTTAAAG
* ** *
8311 TGTAACATATGTCAAAATTTTCTTATGTTCTCAAATATCTAATGTTTTGCTACTGTTTTTAAGTC
128 TGTAACATATGCCAAAATTTTCACATGTTCTCAAATATCTAATATTTTGCTACTGTTTTTAAGTC
*
8376 TTGTTTTAGTTAAGTGTTG
193 TTGTTTTAGTTAAGTGTTA
* *
8395 GTTTGCCATATGTTCTTAAATATCTAAGATTTTGCTACTGTTTT
1 GTTTGTCATATGTTCTTAAATATCTAA-TTTTTGCTACTGTTTT
8439 TAGGTGTAAC
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 25, Indels: 10
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
211 4 0.02
212 36 0.16
213 182 0.80
214 5 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.14, T:0.50
Consensus pattern (211 bp):
GTTTGTCATATGTTCTTAAATATCTAATTTTTGCTACTGTTTTAAACTGTAGTTTTGGGTATATG
TTGGTTTGCCATATGCCCTTACTTATATAATGATTTGCTACCATTTTAAATATGTTTTAAAGTGT
AACATATGCCAAAATTTTCACATGTTCTCAAATATCTAATATTTTGCTACTGTTTTTAAGTCTTG
TTTTAGTTAAGTGTTA
Done.