Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga08g00752.F4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3363
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.21, T:0.34
Found at i:1513 original size:204 final size:204
Alignment explanation
Indices: 1163--1571 Score: 791
Period size: 204 Copynumber: 2.0 Consensus size: 204
1153 TCATATGTAT
* *
1163 GGTAATTGTTGTTTCGTTCTTTGTGGTTTTGAATAATGACTTGGTGATTGTTCTTCACCTGACAT
1 GGTAATTGTTGTTTCGTTCTTTGAGGTTGTGAATAATGACTTGGTGATTGTTCTTCACCTGACAT
1228 GTTAATGCTTGGTCCTAGTCCTGATTTAGCTTAATGATTTATTCTAAAGTATTAATCAGCTCTGT
66 GTTAATGCTTGGTCCTAGTCCTGATTTAGCTTAATGATTTATTCTAAAGTATTAATCAGCTCTGT
1293 CATGCTTAATGGATCTCAGTATGAAGGAAATATGGAGCTTTAATGTTGCATGTATCACTAGTTCT
131 CATGCTTAATGGATCTCAGTATGAAGGAAATATGGAGCTTTAATGTTGCATGTATCACTAGTTCT
1358 GAAGTTTTA
196 GAAGTTTTA
*
1367 GGTAATTGTTGTTTGGTTCTTTGAGGTTGTGAATAATGACTTGGTGATTGTTCTTCACCTGACAT
1 GGTAATTGTTGTTTCGTTCTTTGAGGTTGTGAATAATGACTTGGTGATTGTTCTTCACCTGACAT
1432 GTTAATGCTTGGTCCTAGTCCTGATTTAGCTTAATGATTTATTCTAAAGTATTAATCAGCTCTGT
66 GTTAATGCTTGGTCCTAGTCCTGATTTAGCTTAATGATTTATTCTAAAGTATTAATCAGCTCTGT
1497 CATGCTTAATGGATCTCAGTATGAAGGAAATATGGAGCTTTAATGTTGCATGTATCACTAGTTCT
131 CATGCTTAATGGATCTCAGTATGAAGGAAATATGGAGCTTTAATGTTGCATGTATCACTAGTTCT
1562 GAAGTTTTA
196 GAAGTTTTA
1571 G
1 G
1572 CTACTTTACT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 3, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
204 202 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.21, T:0.42
Consensus pattern (204 bp):
GGTAATTGTTGTTTCGTTCTTTGAGGTTGTGAATAATGACTTGGTGATTGTTCTTCACCTGACAT
GTTAATGCTTGGTCCTAGTCCTGATTTAGCTTAATGATTTATTCTAAAGTATTAATCAGCTCTGT
CATGCTTAATGGATCTCAGTATGAAGGAAATATGGAGCTTTAATGTTGCATGTATCACTAGTTCT
GAAGTTTTA
Done.