Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga08g01169.F4

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3127
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.22, T:0.34


Found at i:2110 original size:258 final size:258

Alignment explanation


    Indices: 1653--2166  Score: 992
    Period size: 258  Copynumber: 2.0  Consensus size: 258

       1643 TTGAAACCAC

                                                                             
       1653 GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGCCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG
          1 GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGCCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG

                                                                       *     
       1718 CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTTTTTCT
         66 CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTATTTCT

                                                                             
       1783 CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCCATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA
        131 CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCCATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA

                                                                           
       1848 TTTACGAGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCCAA
        196 TTTACGAGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCCAA

                                                 *                           
       1911 GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGTCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG
          1 GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGCCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG

                                                                             
       1976 CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTATTTCT
         66 CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTATTTCT

                                                   *                         
       2041 CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCTATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA
        131 CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCCATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA

                  *                                                      
       2106 TTTACGTGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCC
        196 TTTACGAGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCC

       2167 CAAGCATTTC


Statistics
Matches: 252,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.98            0.02        0.00

Matches are distributed among these distances:
 258  252  1.00

ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.20, T:0.41


Consensus pattern (258 bp):   
GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGCCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG
CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTATTTCT
CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCCATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA
TTTACGAGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCCAA
Done.