Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga08g01169.F6

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3408
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.22, T:0.35


Found at i:2269 original size:258 final size:258

Alignment explanation


    Indices: 1812--2325  Score: 992
    Period size: 258  Copynumber: 2.0  Consensus size: 258

       1802 TTGAAACCAC

                                                                             
       1812 GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGCCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG
          1 GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGCCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG

                                                                       *     
       1877 CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTTTTTCT
         66 CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTATTTCT

                                                                             
       1942 CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCCATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA
        131 CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCCATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA

                                                                           
       2007 TTTACGAGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCCAA
        196 TTTACGAGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCCAA

                                                 *                           
       2070 GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGTCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG
          1 GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGCCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG

                                                                             
       2135 CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTATTTCT
         66 CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTATTTCT

                                                   *                         
       2200 CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCTATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA
        131 CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCCATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA

                  *                                                      
       2265 TTTACGTGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCC
        196 TTTACGAGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCC

       2326 CAAGCATTTC


Statistics
Matches: 252,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.98            0.02        0.00

Matches are distributed among these distances:
 258  252  1.00

ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.20, T:0.41


Consensus pattern (258 bp):   
GTGTATAACACATTATTGTCTTCTAGGGAAATTTGTGCCTGTATAATCCTATTTTGCGTAGATAG
CAGTGACCCTCCTTTCTTTGAATCTTTCTTGTGCTCAAAGATGGCATGCTGTGCTTCCTATTTCT
CTAATGCAATGATGCAAAGTGGCCGGATTAATTGTTTCCCATGATGTATGTTCCTTTTAAGTTGA
TTTACGAGTGATGTTAGGGTAATGTTTGTGTAGCTTCATTTCTGCATGTCCTATATACTCCAA
Done.