Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga08g01292.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4061
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.17, T:0.40
Found at i:3301 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 3275--3716 Score: 278
Period size: 23 Copynumber: 19.3 Consensus size: 23
3265 TGGTTGCTGC
*
3275 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAC
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* *
3298 TGTTTAAATGTTGTAACTTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* ** *
3321 TGTTTTAAGTATTGCAAATTGAAG
1 TG-TTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* ** * *
3345 TGGTTAGTTGCTGGAATTTG-AG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* *
3367 ATGTTT-TATCGCTGT-AATTGAGG
1 -TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAG
* * *
3390 TGTATAAATGTTGTTAATTG-AG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* *
3412 ATG-TTAAAGTGCAGCAAATTGAAG
1 -TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG
*
3436 TGTTTAAATGCTATAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* *
3459 TG-TTAAAGTGCTGCAAATTGGAG
1 TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG
* *
3482 TGTTTGAATGTTGTAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
*
3505 TGTTTAAATGTTGTAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* * *
3528 TGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
** *
3551 TGTTTAGTTGCTGGAAATTG-AG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* * *
3573 ATGTTT-TATCACTGT-AATTGAGG
1 -TGTTTAAAT-GCTGTAAATTGAAG
* * * *
3596 AGTATAAATGTTGTTAATTG-AG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
*
3618 ATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAG
1 -TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG
* * *
3642 TGTTGAAGTGCTGCAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
*
3665 TGTTTAAATGTTGTAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* * * *
3688 T-TTTCAAGTACTGCAAATTGAAT
1 TGTTT-AAATGCTGTAAATTGAAG
3711 TGTTTA
1 TGTTTA
3717 GTTGCTGAAA
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 75, Indels: 46
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 47 0.15
23 236 0.74
24 38 0.12
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (23 bp):
TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
Found at i:3641 original size:206 final size:207
Alignment explanation
Indices: 3275--3716 Score: 656
Period size: 206 Copynumber: 2.1 Consensus size: 207
3265 TGGTTGCTGC
* *
3275 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAACTGTTTAAATGTTGTAACTTGAAGTGTTTTAAGTATTGCAAAT
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAACTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTTAAGTACTGCAAAT
* * *
3340 TGAAGTGGTTAGTTGCTGGAATTTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
66 TGAAGTGGTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTTATCACTGTAATTGAGGAGTATAAATGTTGTT
* *
3405 AATTGAGATGTTAAAGTGCAGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
131 AATTGAGATGTTAAAGTGCAGCAAATTGAAGTGTTGAAATGCTACAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
3470 TGCAAATTGGAG
196 TGCAAATTGGAG
* * *
3482 TGTTTGAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTG-TTTAAGTACTGCAAAT
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAACTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTTAAGTACTGCAAAT
*
3546 TGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTTATCACTGTAATTGAGGAGTATAAATGTTGTT
66 TGAAGTGGTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTTATCACTGTAATTGAGGAGTATAAATGTTGTT
* * *
3611 AATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTGAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA-TG
131 AATTGAGATGTTAAAGTGCAGCAAATTGAAGTGTTGAAATGCTACAAATTGAAGTG-TTAAAGTG
* * *
3675 TTGTAAATTGAAG
195 CTGCAAATTGGAG
* * * *
3688 T-TTTCAAGTACTGCAAATTGAATTGTTTA
1 TGTTT-AAATGCTGTAAATTGAACTGTTTA
3717 GTTGCTGAAA
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 23, Indels: 5
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
205 3 0.01
206 158 0.75
207 49 0.23
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.24, T:0.39
Consensus pattern (207 bp):
TGTTTAAATGCTGTAAATTGAACTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTTAAGTACTGCAAAT
TGAAGTGGTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTTATCACTGTAATTGAGGAGTATAAATGTTGTT
AATTGAGATGTTAAAGTGCAGCAAATTGAAGTGTTGAAATGCTACAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
TGCAAATTGGAG
Found at i:3669 original size:91 final size:90
Alignment explanation
Indices: 3427--3687 Score: 260
Period size: 91 Copynumber: 2.8 Consensus size: 90
3417 AAAGTGCAGC
* **
3427 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTATAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGGAGTGTTTGAAT
1 AAATTGAAGTG-TTAAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT-AAGTGCTGCAAATT-GAGTGTTTGAAT
** * *
3491 GTTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
63 ACTGTAAATTGAAGAGTATAAATGTTGT
* * * *
3519 AAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTT-TATC
1 AAATTGAAGTGTTAAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTAAG-TGCTGCAAATTGAG-TGTTTGAAT-
*
3583 ACTGT-AATTGAGGAGTATAAATGTTGT
63 ACTGTAAATTGAAGAGTATAAATGTTGT
* * *
3610 TAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTGAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAAT
1 AAATTGAAG-TGTTAAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT-AAGTGCTGCAAATTG-AGTGTTTGAAT
**
3674 GTTGTAAATTGAAG
63 ACTGTAAATTGAAG
3688 TTTTCAAGTA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 21, Indels: 18
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
90 2 0.01
91 79 0.57
92 58 0.42
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (90 bp):
AAATTGAAGTGTTAAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTAAGTGCTGCAAATTGAGTGTTTGAATACT
GTAAATTGAAGAGTATAAATGTTGT
Done.