Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga08g01868.N7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2316
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Found at i:1879 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1852--2100 Score: 283
Period size: 23 Copynumber: 10.9 Consensus size: 23
1842 TGGATGCTGT
*
1852 TGTTTAAATGCTGCAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
1875 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
1898 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
*
1921 TGTTTAAATGTTGTAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* * *
1944 TGTTTAAGTACTGCAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
** *
1967 TGTTTAGTTGCTGGAAATTG-AG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* *
1989 ATGTTTTATTGCTGT-AATTG-AG
1 -TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* * *
2011 TTGTATAAATGTTGTTAATTG-AG
1 -TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
*
2034 ATG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAG
1 -TGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAG
2058 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* *
2081 TGCTTAAATGTTGTAAATTG
1 TGTTTAAATGCTGTAAATTG
2101 GCATCTGTTT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 26, Indels: 10
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 23 0.12
23 165 0.85
24 7 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.23, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
Done.