Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga08g02693.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 940
Length: 1567
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.27, T:0.28
Found at i:1008 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 814--1088 Score: 433
Period size: 150 Copynumber: 1.8 Consensus size: 150
804 CGGCTATGGC
* * * * *
814 AGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATTATATTAATTTGTGGAGCAAC
1 AGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGTGGTGATGATATTACATCAATTTGTGGAGCAAC
*
879 CACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGGTGTTGGCAACACTTGG
66 CACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGATGTTGGCAACACTTGG
944 ATTATGGCAGGGACGGCGGT
131 ATTATGGCAGGGACGGCGGT
* ** *
964 AGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGTGGTGGTGATATTACATCCGTTTGTGGAGCACC
1 AGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGTGGTGATGATATTACATCAATTTGTGGAGCAAC
* * *
1029 CACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGATGTTGGCAACA
66 CACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGATGTTGGCAACA
1089 TTCGAATTAT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 13, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
150 112 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.31, T:0.27
Consensus pattern (150 bp):
AGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGTGGTGATGATATTACATCAATTTGTGGAGCAAC
CACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGATGTTGGCAACACTTGG
ATTATGGCAGGGACGGCGGT
Found at i:1199 original size:339 final size:340
Alignment explanation
Indices: 599--1289 Score: 1231
Period size: 339 Copynumber: 2.0 Consensus size: 340
589 AGCCACTTAA
* *
599 ATTATGGCGGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACGATGGTTGGACCACGGTGGTGGTGGTGGT
1 ATTATGGCAGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCAC----G-GGTGGTGGT
* *
664 GATTTTACATCCATTTGTGGAGCACCCACTTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAATGG
61 GATATTACATCCATTTGTGGAGCACCCACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAATGG
*
729 AAATGGAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAGCT
126 AAATGGAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAACT
794 TAAATTATGGCGGCTATGGCAGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATT
191 TAAATTATGGCGGCTATGGCAGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATT
859 ATATTAATTTGTGGAGCAACCACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGG
256 ATATTAATTTGTGGAGCAACCACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGG
924 AAGGTGTTGGCAACACTTGG
321 AAGGTGTTGGCAACACTTGG
944 ATTATGGCAGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCAC-GGTGGTGGTGATAT
1 ATTATGGCAGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGGTGGTGGTGATAT
* *
1008 TACATCCGTTTGTGGAGCACCCACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAGTGGAAATG
66 TACATCCATTTGTGGAGCACCCACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAATGGAAATG
1073 GAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAACTTAAAT
131 GAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAACTTAAAT
* *
1138 TATGGCGGCTATGGTAGCAGTTTTACTCCGCGGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATTATATT
196 TATGGCGGCTATGGCAGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATTATATT
* *
1203 AATTTGTGGAGCAACCACCTGCAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTATTGGAAATGGAAGGT
261 AATTTGTGGAGCAACCACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGGT
1268 GTTGGCAACACTTGG
326 GTTGGCAACACTTGG
1283 ATTATGG
1 ATTATGG
1290 TTGCAGCAGC
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 11, Indels: 6
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 287 0.86
345 48 0.14
ACGTcount: A:0.23, C:0.17, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (340 bp):
ATTATGGCAGGGACGGCGGTAGCAGTTTTACTCCACAATGGTTGGACCACGGGTGGTGGTGATAT
TACATCCATTTGTGGAGCACCCACCTGCGATGGTGCTCCTTGTGAGAGACCGGTTAATGGAAATG
GAAGATGTTGGCAACATTCGAATTATGGTCGCAGTAGTAGTTGTTTTACTTCACGGAACTTAAAT
TATGGCGGCTATGGCAGCAGTTTTACTCCGCAGTGGTTGGACCATGGTGGTGATGATATTATATT
AATTTGTGGAGCAACCACCTACAATGGTGCTCCTTGCGAGAGACCGGTTAGTGGAAATGGAAGGT
GTTGGCAACACTTGG
Found at i:1300 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1292--1328 Score: 74
Period size: 3 Copynumber: 12.3 Consensus size: 3
1282 GATTATGGTT
1292 GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA G
1 GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA G
1329 TGGTAGATAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 34 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.32, G:0.35, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GCA
Done.