Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga09g00206.P1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3826
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.17, T:0.32
Found at i:2247 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 837--2245 Score: 2590
Period size: 144 Copynumber: 9.8 Consensus size: 144
827 AACCAACTTC
**
837 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTTCATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
* * *
902 AAATTGACTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGTAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAATCCTTGG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
967 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
* * **
981 AAGGTCCTATTCTCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTCACTTCATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
* *
1046 AAATTGACTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGTAG-TTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
1110 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
1124 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
* *
1189 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGTCCTTAACCCTTGG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
1254 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
1268 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
1333 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
1398 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
1412 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTA-C-CTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
1475 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
1540 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
1554 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
* * *
1619 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGTCCTTAACCCTTAG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
1684 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
1698 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
*
1763 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATAGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
1828 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
**
1842 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTTCATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
* * *
1907 AAATTGACTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGTCCTTAACCCTTGG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
1972 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
1986 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
*
2051 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGTCCTTAAGCCTTGG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
2116 TTCTAATCTATTAA
131 TTCTAATCTATTAA
2130 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
1 AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
2195 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAG
66 AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAG
2246 TCATTCCCCA
Statistics
Matches: 1232, Mismatches: 30, Indels: 6
0.97 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
142 141 0.11
143 138 0.11
144 953 0.77
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (144 bp):
AAGGTCCTATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAAC
AAATTGAGTGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGACCTTAAGCCTTGG
TTCTAATCTATTAA
Found at i:2331 original size:110 final size:110
Alignment explanation
Indices: 2138--2356 Score: 429
Period size: 110 Copynumber: 2.0 Consensus size: 110
2128 AAAAGGTCCT
2138 ATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAACAAATTGAG
1 ATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAACAAATTGAG
2203 TGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGTC
66 TGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGTC
2248 ATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAACAAATTGAG
1 ATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAACAAATTGAG
*
2313 TGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGTAGTTTATCAAAGATGCAGT
66 TGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGT
2357 ACTTAAGCCT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
110 108 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (110 bp):
ATTCCCCAAGAAATTTGTAATCTAGCAAATTTAACTGGATTGTACCTCTCCCAAAACAAATTGAG
TGGTTCAATCCCTTCTTGTATTGGCAGTTTATCAAAGATGCAGTC
Done.