Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga09g00343.N6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2525
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.19, T:0.35
Found at i:415 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 407--463 Score: 105
Period size: 3 Copynumber: 19.0 Consensus size: 3
397 TTGTTAGGAG
*
407 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TAA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
455 TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA
464 ATATAATTAG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 52 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:468 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 409--472 Score: 101
Period size: 15 Copynumber: 4.3 Consensus size: 15
399 GTTAGGAGTT
*
409 ATTATTATTATTATT
1 ATTATTATTATTATA
*
424 ATTATTATTATTATT
1 ATTATTATTATTATA
439 ATTATTATTATTATA
1 ATTATTATTATTATA
*
454 ATTATTATTAATATA
1 ATTATTATTATTATA
469 ATTA
1 ATTA
473 GTAATAAATA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 47 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.00, T:0.61
Consensus pattern (15 bp):
ATTATTATTATTATA
Found at i:472 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 407--478 Score: 83
Period size: 12 Copynumber: 6.0 Consensus size: 12
397 TTGTTAGGAG
*
407 TTATTATTATTA
1 TTATTATTAATA
*
419 TTATTATTATTA
1 TTATTATTAATA
*
431 TTATTATTATTA
1 TTATTATTAATA
443 TTATTATT-ATAA
1 TTATTATTAAT-A
455 TTATTATTAATA
1 TTATTATTAATA
* *
467 TAATTAGTAATA
1 TTATTATTAATA
479 AATAATTTCA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 3, Indels: 4
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
11 1 0.02
12 52 0.95
13 2 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.01, T:0.60
Consensus pattern (12 bp):
TTATTATTAATA
Found at i:1433 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1406--2160 Score: 560
Period size: 23 Copynumber: 32.9 Consensus size: 23
1396 GTTGTAATGT
*
1406 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTAC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
*
1429 TGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTAC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TGC
* * *
1452 TGGAAATTG-AGATGTTTTA-TCAC
1 TGCAAATTGAAG-TGTTTAAGT-GC
* * * * *
1475 TG-TAATTGACGTGTATAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
** * *
1497 TGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
*
1520 TGCAAATTGAAGTCTTTTAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGT-GTTTAAGTGC
* *
1543 T-CTAAATTGAAGTGTTAAAGTGA
1 TGC-AAATTGAAGTGTTTAAGTGC
*
1566 TGCAAATTGAAATGTTTGAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTGC
** * *
1589 TATAAATTGAAGTGTTTAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
** * *
1612 TGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1635 TGCAAATTGAAGTGTTTTAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTG-TTTAAGTGC
* *
1658 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG-
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
* *
1680 TCGCAAGTTAAAGTGTTTGAA-TGC
1 T-GCAAATTGAAGTGTTT-AAGTGC
* * *
1704 TGTAAATTGAAGTGTTTAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
** * *
1727 TGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1750 TGCAAATTGAAGTGTTTTAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTG-TTTAAGTGC
* *
1773 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1796 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTGC
* *
1819 TGTAAATTGAAGTGTTTAAATGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
* *
1842 TGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
*
1865 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTGC
* *
1888 TGTAAATTGAAGTGTTTAAATGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
* * * * *
1911 TGTAAATTGAACTGCTTAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
* *
1934 TGCACATTGAAGTGTTTAAGTAC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1957 -GACAAATTGAAGTGTTT-AGTTGC
1 TG-CAAATTGAAGTGTTTAAG-TGC
* * * *
1980 TGGACATTG-AGATGTTTTA-TCTC
1 TGCAAATTGAAG-TGTTTAAGT-GC
* * * * *
2003 TG-TAATTGAGGTGTATAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
** *
2025 TGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAG-TGTTTAAGTGC
*
2048 TGCAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
2071 TGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGC
1 TGCAAATTGAAGTGTTT-AAGTGC
* *
2094 TGCAAATTGAAGTGTTTAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
* * * *
2117 TGTAAATTGAAGTGCTTAAATGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
2140 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTAAGT
2161 ACTTATTTTG
Statistics
Matches: 589, Mismatches: 105, Indels: 76
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 59 0.10
23 501 0.85
24 29 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
TGCAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
Found at i:1632 original size:115 final size:115
Alignment explanation
Indices: 1406--2156 Score: 764
Period size: 115 Copynumber: 6.5 Consensus size: 115
1396 GTTGTAATGT
* * * * * *
1406 TGCAAATTGAAGTG-TTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT-TAGTTACTGGAAATTGAGATGTTT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTTAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-TGCTGCAAATTGAAATGTTT
* * * *
1469 -TATCACTGT-AATTGACGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
64 GAAT-GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
* * *
1520 TGCAAATTGAAGTCTTTTAATGCTCTAAATTGAAGTGTTAAAGTGATGCAAATTGAAATGTTTGA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAATGTTTGA
*
1585 ATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
66 ATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
*
1635 TGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTG-TCGCAAGTT-AAAGTGTTT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT-GCAAATTGAAA-TGTTT
1698 GAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
64 GAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
*
1750 TGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAATGTTTGA
* * *
1815 ATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
66 ATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
* * * * * *
1865 TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAACTGCTTA
1 TGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAATGTTTG
* * * * ** * *
1929 AATGTTGCACATTGAAGTGTTT-AA-GTACGACAAATTGAAGTGTT-TAGTTGC
65 AATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGT-TG-TTAATTGAAATGTTAAAG-TGC
* * * * * ** *
1980 TGGACATTG-AGATGTTTT-ATCTCTGT-AATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTGAGATG-T
1 TGCAAATTGAAG-TGTTTTAAT-GCTGTAAATTGAAGTGT-TAAAGTGCTGCAAATTGAAATGTT
* * * ** * *
2040 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGC
63 TGAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGTTAATTGAAATG-TTAAAGTGC
* * * *
2094 TGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 TGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAATGTTT
2157 AAGTACTTAT
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 61, Indels: 50
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
113 9 0.02
114 134 0.24
115 394 0.72
116 13 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (115 bp):
TGCAAATTGAAGTGTTTTAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAATGTTTGA
ATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAAATGTTAAAGTGC
Done.