Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga09g00354.M2

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6581
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.21, T:0.34


Found at i:3703 original size:49 final size:49

Alignment explanation


    Indices: 3631--3898  Score: 473
    Period size: 49  Copynumber: 5.5  Consensus size: 49

       3621 ATGAGATATA

                                      *                      
       3631 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAGGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                          *                  
       3680 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                          *                  
       3729 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                               *      *                      
       3778 TATATGTGATAAGGCCTAACGGCCGAGGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                               *                            *
       3827 TATATGTGATAAGGCCTAACGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                   
       3876 TATATGTGATAAGGCCTAATGGC
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGC

       3899 TAATGTAAAA


Statistics
Matches: 211,  Mismatches: 8, Indels: 0
        0.96            0.04        0.00

Matches are distributed among these distances:
  49  211  1.00

ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.32, T:0.29


Consensus pattern (49 bp):   
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

Found at i:3735 original size:27 final size:27

Alignment explanation


    Indices: 3705--3787  Score: 68
    Period size: 27  Copynumber: 3.3  Consensus size: 27

       3695 CTAATGGCCG

                                       
       3705 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                      * ***     ***    
       3732 ATGTGAT-AAGGCCTAA-TGGCCG-A-
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                                       
       3755 -TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                   
       3781 ATGTGAT
          1 ATGTGAT

       3788 AAGGCCTAAC


Statistics
Matches: 37,  Mismatches: 14, Indels: 10
        0.61            0.23        0.16

Matches are distributed among these distances:
  22    6  0.16
  23    5  0.14
  24    4  0.11
  25    4  0.11
  26    5  0.14
  27   13  0.35

ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.30, T:0.34


Consensus pattern (27 bp):   
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

Found at i:4053 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 4000--4085  Score: 136
    Period size: 37  Copynumber: 2.3  Consensus size: 37

       3990 GGAATATGTT

                  *    *                         
       4000 CCGGGTGAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA
          1 CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA

                   *                            *
       4037 CCGGGTAGGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGT
          1 CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA

                        
       4074 CCGGGTAAGACT
          1 CCGGGTAAGACT

       4086 TCGTAATAAG


Statistics
Matches: 44,  Mismatches: 5, Indels: 0
        0.90            0.10        0.00

Matches are distributed among these distances:
  37   44  1.00

ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.35, T:0.23


Consensus pattern (37 bp):   
CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA
Done.