Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga09g00354.M5

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6966
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.21, T:0.34


Found at i:4088 original size:49 final size:49

Alignment explanation


    Indices: 4016--4283  Score: 473
    Period size: 49  Copynumber: 5.5  Consensus size: 49

       4006 ATGAGATATA

                                      *                      
       4016 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAGGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                          *                  
       4065 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                          *                  
       4114 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                               *      *                      
       4163 TATATGTGATAAGGCCTAACGGCCGAGGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                               *                            *
       4212 TATATGTGATAAGGCCTAACGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                   
       4261 TATATGTGATAAGGCCTAATGGC
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGC

       4284 TAATGTAAAA


Statistics
Matches: 211,  Mismatches: 8, Indels: 0
        0.96            0.04        0.00

Matches are distributed among these distances:
  49  211  1.00

ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.32, T:0.29


Consensus pattern (49 bp):   
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

Found at i:4120 original size:27 final size:27

Alignment explanation


    Indices: 4090--4172  Score: 68
    Period size: 27  Copynumber: 3.3  Consensus size: 27

       4080 CTAATGGCCG

                                       
       4090 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                      * ***     ***    
       4117 ATGTGAT-AAGGCCTAA-TGGCCG-A-
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                                       
       4140 -TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                   
       4166 ATGTGAT
          1 ATGTGAT

       4173 AAGGCCTAAC


Statistics
Matches: 37,  Mismatches: 14, Indels: 10
        0.61            0.23        0.16

Matches are distributed among these distances:
  22    6  0.16
  23    5  0.14
  24    4  0.11
  25    4  0.11
  26    5  0.14
  27   13  0.35

ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.30, T:0.34


Consensus pattern (27 bp):   
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

Found at i:4438 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 4385--4470  Score: 136
    Period size: 37  Copynumber: 2.3  Consensus size: 37

       4375 GGAATATGTT

                  *    *                         
       4385 CCGGGTGAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA
          1 CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA

                   *                            *
       4422 CCGGGTAGGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGT
          1 CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA

                        
       4459 CCGGGTAAGACT
          1 CCGGGTAAGACT

       4471 TCGTAATAAG


Statistics
Matches: 44,  Mismatches: 5, Indels: 0
        0.90            0.10        0.00

Matches are distributed among these distances:
  37   44  1.00

ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.35, T:0.23


Consensus pattern (37 bp):   
CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA
Done.