Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga09g00354.F6

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3572
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.21, T:0.34


Found at i:2609 original size:49 final size:49

Alignment explanation


    Indices: 2537--2804  Score: 473
    Period size: 49  Copynumber: 5.5  Consensus size: 49

       2527 ATGAGATATA

                                      *                      
       2537 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGAGGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                          *                  
       2586 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                          *                  
       2635 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGATGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                               *      *                      
       2684 TATATGTGATAAGGCCTAACGGCCGAGGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                               *                            *
       2733 TATATGTGATAAGGCCTAACGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATA
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

                                   
       2782 TATATGTGATAAGGCCTAATGGC
          1 TATATGTGATAAGGCCTAATGGC

       2805 TAATGTAAAA


Statistics
Matches: 211,  Mismatches: 8, Indels: 0
        0.96            0.04        0.00

Matches are distributed among these distances:
  49  211  1.00

ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.32, T:0.29


Consensus pattern (49 bp):   
TATATGTGATAAGGCCTAATGGCCGATGTGGTGAATGTGAAAGTGTATG

Found at i:2641 original size:27 final size:27

Alignment explanation


    Indices: 2611--2693  Score: 68
    Period size: 27  Copynumber: 3.3  Consensus size: 27

       2601 CTAATGGCCG

                                       
       2611 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                      * ***     ***    
       2638 ATGTGAT-AAGGCCTAA-TGGCCG-A-
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                                       
       2661 -TGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT
          1 ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

                   
       2687 ATGTGAT
          1 ATGTGAT

       2694 AAGGCCTAAC


Statistics
Matches: 37,  Mismatches: 14, Indels: 10
        0.61            0.23        0.16

Matches are distributed among these distances:
  22    6  0.16
  23    5  0.14
  24    4  0.11
  25    4  0.11
  26    5  0.14
  27   13  0.35

ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.30, T:0.34


Consensus pattern (27 bp):   
ATGTGATGAATGTGAAAGTGTATGTAT

Found at i:2959 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 2906--2991  Score: 136
    Period size: 37  Copynumber: 2.3  Consensus size: 37

       2896 GGAATATGTT

                  *    *                         
       2906 CCGGGTGAGACCCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA
          1 CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA

                   *                            *
       2943 CCGGGTAGGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGT
          1 CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA

                        
       2980 CCGGGTAAGACT
          1 CCGGGTAAGACT

       2992 TCGTAATAAG


Statistics
Matches: 44,  Mismatches: 5, Indels: 0
        0.90            0.10        0.00

Matches are distributed among these distances:
  37   44  1.00

ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.35, T:0.23


Consensus pattern (37 bp):   
CCGGGTAAGACTCGATGACTACGTGTGGAGATTATGA
Done.