Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga09g00686.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 509

Length: 849
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.20, T:0.30


Found at i:817 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 809--849  Score: 73
    Period size: 3  Copynumber: 13.7  Consensus size: 3

        799 TTCTTGATCC

                        *                                         
        809 ATT ATT ATT CTT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT


Statistics
Matches: 36,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.95            0.05        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   36  1.00

ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.00, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.