Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga09g00826.P2

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 5180
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.14, T:0.33


Found at i:5089 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 5081--5127  Score: 85
    Period size: 3  Copynumber: 15.7  Consensus size: 3

       5071 GCCATGAGAA

                                                                    *     
       5081 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT TTT AT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT

       5128 ATAAGAAATG


Statistics
Matches: 42,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.95            0.05        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   42  1.00

ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.