Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga09g02446.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 253

Length: 423
ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.30, T:0.32


Found at i:101 original size:9 final size:9

Alignment explanation


    Indices: 2--132  Score: 50
    Period size: 9  Copynumber: 14.2  Consensus size: 9

          1 G

                   * 
          2 GGTGGTGCA
          1 GGTGGTGGA

                     
         11 GGTGGTGGA
          1 GGTGGTGGA

             *   *   
         20 GTTGGAGGA
          1 GGTGGTGGA

              * *   *
         29 GGAGCTGGT
          1 GGTGGTGGA

              *  *   
         38 GGAGGAGGA
          1 GGTGGTGGA

              ***    
         47 GGAATTGGA
          1 GGTGGTGGA

                      
         56 GGTGGTGCG-
          1 GGTGGTG-GA

                     
         65 GGTGGTGGA
          1 GGTGGTGGA

             *   *   
         74 GTTGGAGGA
          1 GGTGGTGGA

                        
         83 GGTGTAGGTGGA
          1 -G-GT-GGTGGA

                     
         95 GGTGGTGGA
          1 GGTGGTGGA

             *       *
        104 -TTCGGTGGT
          1 GGT-GGTGGA

                    *
        113 GGTGGTGGT
          1 GGTGGTGGA

             *       
        122 GCTGGTGGA
          1 GGTGGTGGA

              
        131 GG
          1 GG

        133 AATTGGAGGA


Statistics
Matches: 88,  Mismatches: 27, Indels: 14
        0.68            0.21        0.11

Matches are distributed among these distances:
   8    2  0.02
   9   74  0.84
  10    5  0.06
  11    2  0.02
  12    5  0.06

ACGTcount: A:0.14, C:0.04, G:0.60, T:0.23


Consensus pattern (9 bp):   
GGTGGTGGA
Done.