Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga09g02446.F2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:202 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 175--408 Score: 133
Period size: 24 Copynumber: 9.5 Consensus size: 24
165 GTTTTGGTGG
*
175 TGGTGCTGGTGCTGGAGGAGGGCT
1 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
* *
199 TGGTGGTGGT-TTAGGAGGTGGAGC-
1 TGGTGGTGGTGCT-GGAGGAGG-GCT
* *
223 TGGTGGGGGTGCAGGAGGAGGGCT
1 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
* * * * *
247 TGGAGGCGGCGGTGG-GG-GTGGAT
1 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAG-GGCT
270 TAGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
1 T-GGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
* * *
295 TGGCGGGGGTGCCGGTTTAGGA-GG--
1 TGGTGGTGGTGCTGG---AGGAGGGCT
319 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
1 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
*
343 TGGTGGTGGT-TTAGGAGGAGGAGCCGGT
1 TGGTGGTGGTGCT-GGAGGAGG-G-C--T
* *
371 GGAGGTGGGGGTGCTGGAGGAGGGCT
1 --TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
*
397 TGGTGGCGGTGC
1 TGGTGGTGGTGC
409 CGGTTTAGGA
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 30, Indels: 44
0.68 0.13 0.19
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.03
22 3 0.02
23 10 0.06
24 103 0.65
25 9 0.06
26 5 0.03
27 4 0.03
28 2 0.01
29 1 0.01
30 16 0.10
31 1 0.01
ACGTcount: A:0.10, C:0.09, G:0.59, T:0.22
Consensus pattern (24 bp):
TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
Found at i:242 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 175--443 Score: 211
Period size: 48 Copynumber: 5.4 Consensus size: 48
165 GTTTTGGTGG
*
175 TGGTGCTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGTTTAGGAGGTGGAGC
1 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGTTTAGGAGGTGGAGC
* * * * ** * *
223 TGGTGGGGGTGCAGGAGGAGGGCTTGGAGGCGGCGGT-GGGGGTGGA-T
1 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGG-TTTAGGAGGTGGAGC
* * *** ** *
270 TAGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGCGGGGGTGCCGG-TTTAGGAGG
1 T-GGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGTTTAGGAGGT-GGAGC
*
319 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGTTTAGGAGGAGGAGCC
1 TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGTTTAGGAGGTGGAG-C
*
368 GGTGGAGGTGGGGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGC
1 --T---GGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGT---GGT---GGTTTAGGAGGTGGAGC
427 TGGTGGTGGTGCTGGAG
1 TGGTGGTGGTGCTGGAG
444 CAGGTGGCGG
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 30, Indels: 30
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
47 3 0.02
48 106 0.61
49 2 0.01
51 1 0.01
54 41 0.24
57 4 0.02
59 1 0.01
60 15 0.09
ACGTcount: A:0.10, C:0.09, G:0.58, T:0.23
Consensus pattern (48 bp):
TGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGTTTAGGAGGTGGAGC
Found at i:319 original size:102 final size:104
Alignment explanation
Indices: 170--443 Score: 272
Period size: 102 Copynumber: 2.7 Consensus size: 104
160 TGGTGGTTTT
* * *
170 GGTGGTGGTGCTGGTGCTGGAGGAGGGCTT--GGTGGT---GGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGGG
1 GGTGGAGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGGGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGT-GG
* * * *
230 GGTGCAGGAGGAGGGCTTGGAGGCGG-CGGTGG-GG-G-T
65 GGTGCTGGAGGAGGGCTTGGAGGCGGTAGGAGGAGGAGCC
* *
266 GGAT-TAGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGCGGGGGTGCCGGTTTAGGAGGT-G-G-TGGT-
1 GG-TGGAGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGG-GGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTG
* *
326 -GGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGTTTAGGAGGAGGAGCC
64 GGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGAGGCGG--TAGGAGGAGGAGCC
*
368 GGTGGAGGTGGGGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGG
1 GGTGGAGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGG-GGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGG
433 TGGTGCTGGAG
65 -GGTGCTGGAG
444 CAGGTGGCGG
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 14, Indels: 28
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
96 48 0.33
97 1 0.01
99 13 0.09
100 3 0.02
101 3 0.02
102 60 0.42
103 1 0.01
104 1 0.01
105 4 0.03
108 10 0.07
ACGTcount: A:0.10, C:0.09, G:0.58, T:0.23
Consensus pattern (104 bp):
GGTGGAGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGGGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGGG
GTGCTGGAGGAGGGCTTGGAGGCGGTAGGAGGAGGAGCC
Found at i:358 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 308--360 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
298 CGGGGGTGCC
308 GGTTTAGGAGGTGGTGGTGGT
1 GGTTTAGGAGGTGGTGGTGGT
* ** *
329 GCTGGAGGAGG-GCTTGGTGGT
1 GGTTTAGGAGGTG-GTGGTGGT
350 GGTTTAGGAGG
1 GGTTTAGGAGG
361 AGGAGCCGGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 7, Indels: 2
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.04
21 23 0.96
ACGTcount: A:0.11, C:0.04, G:0.57, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
GGTTTAGGAGGTGGTGGTGGT
Found at i:378 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 344--437 Score: 84
Period size: 30 Copynumber: 3.1 Consensus size: 30
334 AGGAGGGCTT
* *
344 GGTGGTGGTTTAGGAGGAGGAGCCGGTGGA
1 GGTGGCGGTTTAGGAGGAGGAGCTGGTGGA
* * *
374 GGTGGGGGTGCT-GGAGGAGG-GCTTGGTGGC
1 GGTGGCGGT-TTAGGAGGAGGAGC-TGGTGGA
* * *
404 GGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGGT
1 GGTGGCGGTTTAGGAGGAGGAGCTGGTGGA
434 GGTG
1 GGTG
438 CTGGAGCAGG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 9, Indels: 8
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
29 3 0.06
30 45 0.88
31 3 0.06
ACGTcount: A:0.11, C:0.09, G:0.59, T:0.22
Consensus pattern (30 bp):
GGTGGCGGTTTAGGAGGAGGAGCTGGTGGA
Found at i:462 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 416--516 Score: 123
Period size: 42 Copynumber: 2.4 Consensus size: 42
406 TGCCGGTTTA
* * *
416 GGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTGCTGGAGCAGGTGGCGGTCTT
1 GGAGGAGGAGCTGGTGGTGGGGCTGGAGCAGGTGGCGGACTT
* * * *
458 GGAGGAGG-GCTTGGTGGTGGGGGTGGTGCAGGTGGTGGAGTT
1 GGAGGAGGAGC-TGGTGGTGGGGCTGGAGCAGGTGGCGGACTT
500 GGAGGAGGAGCTGGTGG
1 GGAGGAGGAGCTGGTGG
517 AGGAGGAGGA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 4
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.04
42 46 0.92
43 2 0.04
ACGTcount: A:0.11, C:0.08, G:0.59, T:0.22
Consensus pattern (42 bp):
GGAGGAGGAGCTGGTGGTGGGGCTGGAGCAGGTGGCGGACTT
Found at i:474 original size:102 final size:102
Alignment explanation
Indices: 271--465 Score: 259
Period size: 102 Copynumber: 1.9 Consensus size: 102
261 GGGGTGGATT
* * * *
271 AGGTGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGCGGGGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGTGGTGGTGCTGGAG
1 AGGTGGGGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGCGGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGCTGGAG
* * *
336 GAGGGCTTGGTGGTGGTTTAGGAGGAGGAGCCGGTGG
66 CAGGGCTAGGTGGCGGTTTAGGAGGAGGAGCCGGTGG
* * *
373 AGGTGGGGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTG
1 AGGTGGGGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGCGGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGCTGGAG
*
438 CTGGAGC-AGGTGGCGGTCTT-GGAGGAGG
66 CAGG-GCTAGGTGGCGGT-TTAGGAGGAGG
466 GCTTGGTGGT
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 11, Indels: 4
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
102 76 0.95
103 4 0.05
ACGTcount: A:0.11, C:0.10, G:0.57, T:0.22
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AGGTGGGGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGCGGCGGTGCCGGTTTAGGAGGTGGAGCTGGTGCTGGAG
CAGGGCTAGGTGGCGGTTTAGGAGGAGGAGCCGGTGG
Found at i:484 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 470--609 Score: 59
Period size: 9 Copynumber: 15.2 Consensus size: 9
460 AGGAGGGCTT
*
470 GGTGGTGGG
1 GGTGGTGGA
*
479 GGTGGTGCA
1 GGTGGTGGA
488 GGTGGTGGA
1 GGTGGTGGA
* *
497 GTTGGAGGA
1 GGTGGTGGA
* * *
506 GGAGCTGGT
1 GGTGGTGGA
* *
515 GGAGGAGGA
1 GGTGGTGGA
***
524 GGAATTGGA
1 GGTGGTGGA
533 GGTGGTGCG-
1 GGTGGTG-GA
542 GGTGGTGGA
1 GGTGGTGGA
* *
551 GTTGGAGGA
1 GGTGGTGGA
560 GGTGTAGGTGGA
1 -G-GT-GGTGGA
572 GGTGGTGGA
1 GGTGGTGGA
* *
581 -TTCGGTGGT
1 GGT-GGTGGA
*
590 GGTGGTGGT
1 GGTGGTGGA
*
599 GCTGGTGGA
1 GGTGGTGGA
608 GG
1 GG
610 AATTGGAGGA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 29, Indels: 14
0.69 0.21 0.10
Matches are distributed among these distances:
8 2 0.02
9 81 0.85
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ACGTcount: A:0.13, C:0.04, G:0.61, T:0.23
Consensus pattern (9 bp):
GGTGGTGGA
Done.