Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga10g00128.N3

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 541

Length: 902
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.19, T:0.37


Found at i:433 original size:147 final size:146

Alignment explanation


    Indices: 166--902  Score: 1251
    Period size: 147  Copynumber: 5.0  Consensus size: 146

        156 TTTCTATACA

                                                   *                         
        166 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTTCGTGGGTGTGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT
          1 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTTC-TGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT

                  * *                                                        
        231 TTTCAAGATCCATCAACCTTGAAGTCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGG
         65 TTTCAAAAGCCATCAACCTTGAAGTCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGG

                             
        296 AATGAAGATGATCATAT
        130 AATGAAGATGATCATAT

                                                                             
        313 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTTGCTGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT
          1 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTT-CTGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT

                                *                *                           
        378 TTTCAAAAGCCATCAACCTTAAAGTCCTTGATTGCTCAAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGG
         65 TTTCAAAAGCCATCAACCTTGAAGTCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGG

                     *    *  
        443 AATGAAGATAATCAGAT
        130 AATGAAGATGATCATAT

             **             *                                 **       *     
        460 GAACCTTGTTAATTTATGGCAAATTTGCTTTCGTGGGTGCGTGAATTTAAAAAAGATACATAATT
          1 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTTC-TGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT

                  *                * *                                       
        525 TTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTTCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGG
         65 TTTCAAAAGCCATCAACCTTGAAGTCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGG

                   *         
        590 AATGAAGGTGATCATAT
        130 AATGAAGATGATCATAT

                                                                             
        607 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTTACTGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT
          1 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTT-CTGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT

                                                                             
        672 TTTCAAAAGCCATCAACCTTGAAGTCCTAT-ATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTG
         65 TTTCAAAAGCCATCAACCTTGAAGTCCT-TGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTG

                              
        736 GAATGAAGATGATCATAT
        129 GAATGAAGATGATCATAT

                                                                             
        754 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTTGCTGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT
          1 GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTT-CTGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATT

                                *                                            
        819 TTTCAAAAGCCATCAACCTTAAAGTCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGG
         65 TTTCAAAAGCCATCAACCTTGAAGTCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGG

                             
        884 AATGAAGATGATCATAT
        130 AATGAAGATGATCATAT

              
        901 GG
          1 GG


Statistics
Matches: 552,  Mismatches: 33, Indels: 10
        0.93            0.06        0.02

Matches are distributed among these distances:
 146    2  0.00
 147  547  0.99
 148    3  0.01

ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.21, T:0.34


Consensus pattern (146 bp):   
GGGCCTTGTTAATTTAAGGCAAATTTGCTTTCTGGGTGCGTGAATTTAAGGAAGATACCTAATTT
TTCAAAAGCCATCAACCTTGAAGTCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGA
ATGAAGATGATCATAT

Done.