Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g00134.N1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4820
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.21, T:0.31
Found at i:2060 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2033--2106 Score: 139
Period size: 24 Copynumber: 3.1 Consensus size: 24
2023 TCTACTTATA
2033 ATGAAGGTATAATATCTATGCATG
1 ATGAAGGTATAATATCTATGCATG
2057 ATGAAGGTATAATATCTATGCATG
1 ATGAAGGTATAATATCTATGCATG
*
2081 ATGAAGATATAATATCTATGCATG
1 ATGAAGGTATAATATCTATGCATG
2105 AT
1 AT
2107 ATGCTTGAAG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 49 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (24 bp):
ATGAAGGTATAATATCTATGCATG
Found at i:2805 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 2571--3243 Score: 933
Period size: 147 Copynumber: 4.6 Consensus size: 147
2561 CATATTGCAA
* * * * ** **
2571 GAATTTAAGGAAGATGCCTGATCTTTCAGGAGCCATCAACCTTGAGCTCCTTCG-TTGCAT-TGG
1 GAATTTAAGGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTT-GATTGC-TCTAA
** * * *
2634 CTGTGAAAGTTTGGTTGAATTTTGGGATGAAGATGATCATATGGGCCTAGTTAATTTAAAGA-AA
64 CTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTTGTTAATTT-AAGACAA
2698 ATTCACTTTGGTGGGTGCGT
128 ATTCACTTTGGTGGGTGCGT
*
2718 GAATTTAAAGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTTGATTGCTCTAACT
1 GAATTTAAGGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTTGATTGCTCTAACT
*
2783 GCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTTGTTAATTTAAGAGAAATT
66 GCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTTGTTAATTTAAGACAAATT
* * * *
2848 CGCTTTGGTTGCTGCCT
131 CACTTTGGTGGGTGCGT
* *
2865 GAATTTAAGGAAAATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTTGATTGCTCTGACT
1 GAATTTAAGGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTTGATTGCTCTAACT
*
2930 GCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAAAGAAGATGATCATATGGGCCTTGTTAATTTAAAGA-AAAT
66 GCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTTGTTAATTT-AAGACAAAT
2994 TCACTTTGGTGGGTGCGT
130 TCACTTTGGTGGGTGCGT
*
3012 GAATTTAAAGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTTGATTGCTCTAACT
1 GAATTTAAGGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTTGATTGCTCTAACT
*
3077 GCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCTTTGTTAATTTAAGACAAATT
66 GCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTTGTTAATTTAAGACAAATT
** *
3142 CGTTTTAGTGGGTGCGT
131 CACTTTGGTGGGTGCGT
* ** * * * * *
3159 AAATTTAAGGAAGATAATTAATCTTTCAGGAGCCATCAAACTT-ACACTCCTTGATTGCTATAAC
1 GAATTTAAGGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGA-AATCCTTGATTGCTCTAAC
**
3223 TGTGAAAGTTTGGTTGAACTT
65 TGCAAAAGTTTGGTTGAACTT
3244 CCTTGCCTCA
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 45, Indels: 12
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
146 11 0.02
147 460 0.97
148 4 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (147 bp):
GAATTTAAGGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTTGATTGCTCTAACT
GCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTTGTTAATTTAAGACAAATT
CACTTTGGTGGGTGCGT
Found at i:3067 original size:294 final size:293
Alignment explanation
Indices: 2571--3243 Score: 1053
Period size: 294 Copynumber: 2.3 Consensus size: 293
2561 CATATTGCAA
* * * *
2571 GAATTTAAGGAAGATGCCTGATCTTTCAGGAGCCATCAACCTTGAGCTCCTTCG-TTGCATTGGC
1 GAATTTAAGGAAGATACCTAATCTTTCAGGAGCCATCAACCTTGAACTCCTT-GATTGC-TTGAC
* * *
2635 TGTGAAAGTTTGGTTGAATTTTGGGATGAAGATGATCATATGGGCCTAGTTAATTTAAAGAAAAT
64 TGTGAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAAAGAAGATGATCATATGGGCCTAGTTAATTTAAAGAAAAT
2700 TCACTTTGGTGGGTGCGTGAATTTAAAGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAA
129 TCACTTTGGTGGGTGCGTGAATTTAAAGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAA
2765 TCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTT
194 TCCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTT
* * *
2830 GTTAATTTAAGAGAAATTCGCTTTGGTTGCTGCCT
259 GTTAATTTAAGACAAATTCGCTTTAGTGGCTGCCT
* * * *
2865 GAATTTAAGGAAAATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATCCTTGATTGCTCTGACT
1 GAATTTAAGGAAGATACCTAATCTTTCAGGAGCCATCAACCTTGAACTCCTTGATTGCT-TGACT
** *
2930 GCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAAAGAAGATGATCATATGGGCCTTGTTAATTTAAAGAAAATT
65 GTGAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAAAGAAGATGATCATATGGGCCTAGTTAATTTAAAGAAAATT
2995 CACTTTGGTGGGTGCGTGAATTTAAAGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAAT
130 CACTTTGGTGGGTGCGTGAATTTAAAGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAAT
*
3060 CCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCTTTG
195 CCTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTTG
* * *
3125 TTAATTTAAGACAAATTCGTTTTAGTGGGTGCGT
260 TTAATTTAAGACAAATTCGCTTTAGTGGCTGCCT
* ** * *
3159 AAATTTAAGGAAGATAATTAATCTTTCAGGAGCCATCAAACTT-ACACTCCTTGATTGCTATAAC
1 GAATTTAAGGAAGATACCTAATCTTTCAGGAGCCATCAACCTTGA-ACTCCTTGATTGCT-TGAC
3223 TGTGAAAGTTTGGTTGAACTT
64 TGTGAAAGTTTGGTTGAACTT
3244 CCTTGCCTCA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 33, Indels: 6
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
293 3 0.01
294 340 0.99
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (293 bp):
GAATTTAAGGAAGATACCTAATCTTTCAGGAGCCATCAACCTTGAACTCCTTGATTGCTTGACTG
TGAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAAAGAAGATGATCATATGGGCCTAGTTAATTTAAAGAAAATTC
ACTTTGGTGGGTGCGTGAATTTAAAGAAGATACCTAATTTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAAATC
CTTGATTGCTCTAACTGCAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAATGAAGATGATCATATGGGCCTTGT
TAATTTAAGACAAATTCGCTTTAGTGGCTGCCT
Done.