Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g00153.C2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4843
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.21, T:0.32
Found at i:2181 original size:147 final size:145
Alignment explanation
Indices: 1895--2340 Score: 520
Period size: 147 Copynumber: 3.0 Consensus size: 145
1885 AACATGGATC
* * * * *
1895 AACTTTGGAATGAAGATGATGATATGAACCTTACTAATTTAAGGGAAATTGACGTTTCATATTGC
1 AACTTTGGAATGAAGATGATCATATG-ACCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCAGAATGC
* * * * ** *
1960 AAGAATTTAAAGAAGATCCATAATCTTTCAGGAGCCATCAACCTTGAGCTCCTTCGTTGCAT-TG
65 AATAATTTAAGGAAGATACATAATCTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTT-GTTGC-TCTA
* *
2024 GCTGTGAAAGTTTGGTTG
128 ACTGTAAAAGTTTGGTTG
*
2042 AACTTTGGAATGAAGATGATCATATAGAGCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCAGAATGC
1 AACTTTGGAATGAAGATGATCATAT-GACCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCAGAATGC
* ** *
2107 AATAATATAAGGAAGATATGTAATCTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTTGATTGCTCTTA
65 AATAATTTAAGGAAGATACATAATCTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTTG-TTGCTCTAA
*
2172 CTGTAAAAGTTTGGCTG
129 CTGTAAAAGTTTGGTTG
* * * * * **
2189 AACTTTGGAACGAAGATGATCATATGGACCTTGTTCATTTAAGGAAAATTTAC-TTTGATGGGTG
1 AACTTTGGAATGAAGATGATCATAT-GACCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCA-GAATG
* *
2253 C-GTGAATTTAAGGAAGATACCTAATCTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTTGGTTGCTCT
64 CAAT-AATTTAAGGAAGATACATAATCTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTT-GTTGCTCT
*
2317 AATTGTAAAAGTTTGGTTG
127 AACTGTAAAAGTTTGGTTG
2336 AACTT
1 AACTT
2341 CCTTGCCTCA
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 35, Indels: 12
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
146 7 0.03
147 249 0.97
148 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (145 bp):
AACTTTGGAATGAAGATGATCATATGACCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCAGAATGCA
ATAATTTAAGGAAGATACATAATCTTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTTGTTGCTCTAACT
GTAAAAGTTTGGTTG
Found at i:2921 original size:189 final size:189
Alignment explanation
Indices: 2601--3119 Score: 833
Period size: 189 Copynumber: 2.7 Consensus size: 189
2591 GCGGTTGCCC
* *
2601 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCCCTATGTAATCTTCAGCACTTAAAAATGAGTGGCT
1 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCTCTATGTAATCTTCAGCACTTAAATATGAGTGGCT
2666 CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
66 CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
* *
2731 ATGGTCAAATTTCCAGAAATCCCAGGAAGCTTAATAAAATTAAACTTATCTGGCACTCA
131 ATGGTCGAATTTCCAGAAATCCCAGAAAGCTTAATAAAATTAAACTTATCTGGCACTCA
* * **
2790 AATTGAAAAAGTGTCGTTGCCTTTCGACTCTCTATGTAATCTTCAGCTTTTAAATATGAGTGGCT
1 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCTCTATGTAATCTTCAGCACTTAAATATGAGTGGCT
*
2855 CAGCAGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
66 CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
* **
2920 ATGGTCGAATTTCCAGAAATCCCAGAAAGTTTAATGGAATTAAACTTATCTGGCACTCA
131 ATGGTCGAATTTCCAGAAATCCCAGAAAGCTTAATAAAATTAAACTTATCTGGCACTCA
* * *
2979 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTTGACGCTCTATGTAATCTTCAACACTTAAATATGAGTGGCT
1 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCTCTATGTAATCTTCAGCACTTAAATATGAGTGGCT
* * * * *
3044 CAGTGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCTCTTCACT-ATCTGGATCTTAGTGGTTGCCC
66 CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTC-GTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCC
*
3108 AAAGGTCGAATT
130 AATGGTCGAATT
3120 ACTCTCAGAG
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 25, Indels: 2
0.92 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
189 303 1.00
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (189 bp):
AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCTCTATGTAATCTTCAGCACTTAAATATGAGTGGCT
CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
ATGGTCGAATTTCCAGAAATCCCAGAAAGCTTAATAAAATTAAACTTATCTGGCACTCA
Done.