Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g00153.F4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4448
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.21, T:0.31
Found at i:1887 original size:147 final size:146
Alignment explanation
Indices: 1613--2031 Score: 493
Period size: 147 Copynumber: 2.8 Consensus size: 146
1603 TATGATAAAA
* * * * * * *
1613 ACCTTACTAATTTAAGGGAAATTGACGTTTCATATTGCAAGAATTTAAAGAAGATCCATAATCTT
1 ACCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCAGAATGCAATAATTTAAGGAAGATACATAATCTT
* ** ** *
1678 TCAGGAGCCATCAACCTTGAGCTCCTTCGTTGCAT-TGGCTGTGAAAGTTTGGTTGAACTTTGGA
66 TCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTT-GTTGC-TCTAACTGTAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGA
*
1742 ATGAAGATGATCATATAG
129 ACGAAGATGATCATATAG
* * **
1760 AGCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCAGAATGCAATAATATAAGGAAGATATGTAATCTT
1 ACCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCAGAATGCAATAATTTAAGGAAGATACATAATCTT
* *
1825 TCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTTGATTGCTCTTACTGTAAAAGTTTGGCTGAACTTTGGAA
66 TCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTTG-TTGCTCTAACTGTAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAA
*
1890 CGAAGATGATCATATGG
130 CGAAGATGATCATATAG
* * * * ** * *
1907 ACCTTGTTCATTTAAGGAAAATTTAC-TTTGATGGGTGC-GTGAATTTAAGGAAGATACCTAATC
1 ACCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCA-GAATGCAAT-AATTTAAGGAAGATACATAATC
*
1970 TTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTTGGTTGCTCTAATTGTAAAAGTTTGGTTGAACTT
64 TTTCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTT-GTTGCTCTAACTGTAAAAGTTTGGTTGAACTT
2032 CCTTGCCTCA
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 34, Indels: 10
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
146 7 0.03
147 225 0.97
148 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (146 bp):
ACCTTATTAATTTAAGGGAAATTTACGTTTCAGAATGCAATAATTTAAGGAAGATACATAATCTT
TCAAGAGCCATCAACCTTGAATTCCTTGTTGCTCTAACTGTAAAAGTTTGGTTGAACTTTGGAAC
GAAGATGATCATATAG
Found at i:2612 original size:189 final size:189
Alignment explanation
Indices: 2292--2810 Score: 833
Period size: 189 Copynumber: 2.7 Consensus size: 189
2282 GCGGTTGCCC
* *
2292 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCCCTATGTAATCTTCAGCACTTAAAAATGAGTGGCT
1 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCTCTATGTAATCTTCAGCACTTAAATATGAGTGGCT
2357 CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
66 CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
* *
2422 ATGGTCAAATTTCCAGAAATCCCAGGAAGCTTAATAAAATTAAACTTATCTGGCACTCA
131 ATGGTCGAATTTCCAGAAATCCCAGAAAGCTTAATAAAATTAAACTTATCTGGCACTCA
* * **
2481 AATTGAAAAAGTGTCGTTGCCTTTCGACTCTCTATGTAATCTTCAGCTTTTAAATATGAGTGGCT
1 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCTCTATGTAATCTTCAGCACTTAAATATGAGTGGCT
*
2546 CAGCAGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
66 CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
* **
2611 ATGGTCGAATTTCCAGAAATCCCAGAAAGTTTAATGGAATTAAACTTATCTGGCACTCA
131 ATGGTCGAATTTCCAGAAATCCCAGAAAGCTTAATAAAATTAAACTTATCTGGCACTCA
* * *
2670 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTTGACGCTCTATGTAATCTTCAACACTTAAATATGAGTGGCT
1 AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCTCTATGTAATCTTCAGCACTTAAATATGAGTGGCT
* * * * *
2735 CAGTGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCTCTTCACT-ATCTGGATCTTAGTGGTTGCCC
66 CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTC-GTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCC
*
2799 AAAGGTCGAATT
130 AATGGTCGAATT
2811 ACTCTCAGAG
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 25, Indels: 2
0.92 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
189 303 1.00
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (189 bp):
AATTGAAGAAGTGTCGTTGCCTTTCGACCCTCTATGTAATCTTCAGCACTTAAATATGAGTGGCT
CAGCGGTCAAAAATGTATCGATCAAGTTGGAATCCCTTCGTAAACTGAATCTTAGTGGTTGCCCA
ATGGTCGAATTTCCAGAAATCCCAGAAAGCTTAATAAAATTAAACTTATCTGGCACTCA
Done.