Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga10g00172.M1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1735
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.16, T:0.36


Found at i:1177 original size:148 final size:150

Alignment explanation


    Indices: 950--1238  Score: 440
    Period size: 148  Copynumber: 1.9  Consensus size: 150

        940 ATGGATGGAT

                                                        *                    
        950 ATGCAATCTCCAAATTAGAATTTGTAAAAAAAACCCTTGCTTTGTTTGCATGATACTACATGTTG
          1 ATGCAATCTCCAAATTAGAATTTGTAAAAAAAACCCTTGCTTTGCTTGCATGATACTACATGTTG

                    **                            *                         *
       1015 ATGTACTTTTGATGTTTGCCTTGCTTTAAAGTTCCTCTCATCTTCATTTTCATGTACATGAATGT
         66 ATGTACTTCAGATGTTTGCCTTGCTTTAAAGTTCCTCTAATCTTCATTTTCATGTACATGAATGG

                                
       1080 ATATATGTATGCATGTATGC
        131 ATATATGTATGCATGTATGC

                 *                        * *                           *    
       1100 ATGCATTCTCCAAATTAGAATTTGT-AAAACATCCCTTGC-TTGCTTGCATGATAC-ATCGTGTT
          1 ATGCAATCTCCAAATTAGAATTTGTAAAAAAAACCCTTGCTTTGCTTGCATGATACTA-CATGTT

                                                                     *   *   
       1162 GATGTACTTCAGATGTTTGCCTTGCTTTAAAGTTCCTCTAATCTTCATTTTCATGTATATGTATG
         65 GATGTACTTCAGATGTTTGCCTTGCTTTAAAGTTCCTCTAATCTTCATTTTCATGTACATGAATG

               *        
       1227 GATCTATGTATG
        130 GATATATGTATG

       1239 TATGCATGTG


Statistics
Matches: 126,  Mismatches: 12, Indels: 4
        0.89            0.08        0.03

Matches are distributed among these distances:
 147    1  0.01
 148   89  0.71
 149   12  0.10
 150   24  0.19

ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.15, T:0.42


Consensus pattern (150 bp):   
ATGCAATCTCCAAATTAGAATTTGTAAAAAAAACCCTTGCTTTGCTTGCATGATACTACATGTTG
ATGTACTTCAGATGTTTGCCTTGCTTTAAAGTTCCTCTAATCTTCATTTTCATGTACATGAATGG
ATATATGTATGCATGTATGC
Done.