Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g00919.N1
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Indices: 5--251 Score: 224
Period size: 36 Copynumber: 6.7 Consensus size: 36
1 TGGA
*
5 GGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGT
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGAGCTGGT
41 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGAGCTGGT
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGAGCTGGT
**** *
77 GGTGGTGCTGGTGGAGGTATAGGAGGTGGAGCTGGT
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGAGCTGGT
* * **
113 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGGTGCC
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATA-G-G-AGGTGGAGCTGGT
**** * * * * * *** *
152 GGTGGTGGCGCTGGAGGCGGTGCTGGTGTTGGTTTTGGA
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGC-AT--AGGAGGTGGAGCTGGT
*
191 GGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGT
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGAGCTGGT
227 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAG
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAG
252 CAGGTGGTGG
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 43, Indels: 12
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
36 115 0.71
37 1 0.01
38 2 0.01
39 41 0.25
40 2 0.01
41 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.06, G:0.54, T:0.19
Consensus pattern (36 bp):
GGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGAGCTGGT
Found at i:213 original size:114 final size:113
Alignment explanation
Indices: 86--441 Score: 467
Period size: 114 Copynumber: 3.3 Consensus size: 113
76 TGGTGGTGCT
*
86 GGTGGAGGTATAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGGTGC
1 GGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGGTGC
*
151 CGGTGGTGGCGCTGGAGGCGGTGCTGGTGTTGGTTTTGGAGGTGGAAAA
66 CGGTGGTGG-GCTGGAGGCGGTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAA
200 GGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGGTGC
1 GGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGGTGC
** *
265 CGGTGGTAGAACTGGAGGCAGTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAA
66 CGGTGGT-GGGCTGGAGGCGGTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAA
**
314 GGTGGAGGGATAGGAGGT-G-G-T-GT--TGG---AGGTGGAGG--T-GGAGTTGGTGGTGGT--
1 GGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGGTGC
* * * *
365 -GGT-G-GCGTTGGAGGGGGTGCTGGTGGTGGCTTTGGAGGTGGAAAA
66 CGGTGGTGGGCTGGAGGCGGTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAA
*
410 GGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGAGGTGG
1 GGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGG
442 TGCTGGTGGT
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 14, Indels: 26
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
96 53 0.24
97 1 0.00
98 2 0.01
99 4 0.02
100 1 0.00
102 16 0.07
103 1 0.00
105 9 0.04
108 3 0.01
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111 1 0.00
112 1 0.00
113 1 0.00
114 125 0.57
115 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.06, G:0.55, T:0.22
Consensus pattern (113 bp):
GGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGGTGC
CGGTGGTGGGCTGGAGGCGGTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAA
Found at i:330 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 278--441 Score: 141
Period size: 48 Copynumber: 3.4 Consensus size: 48
268 TGGTAGAACT
* *
278 GGAGGCAGTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATA
1 GGAGGCGGTGCTGGTGGTGGATTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATA
* * * ** * **** * *
326 GGAGGTGGTGTTGGAGGTGGAGGTGGAGTTGGTGGTGGTGGTGGCG-TT
1 GGAGGCGGTGCTGGTGGTGGATTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGG-GATA
* *
374 GGAGGGGGTGCTGGTGGTGGCTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATA
1 GGAGGCGGTGCTGGTGGTGGATTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATA
* * *
422 GGAGGTGGAGCTGGAGGTGG
1 GGAGGCGGTGCTGGTGGTGG
442 TGCTGGTGGT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 30, Indels: 4
0.71 0.25 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 1 0.01
48 82 0.98
49 1 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.04, G:0.57, T:0.23
Consensus pattern (48 bp):
GGAGGCGGTGCTGGTGGTGGATTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATA
Found at i:333 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1--346 Score: 208
Period size: 36 Copynumber: 9.3 Consensus size: 36
* *
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGC
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGTGC
* *
37 TGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGAGC
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGTGC
* **** * *
73 TGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGTATAGGAGGTGGAGC
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGTGC
* *
109 TGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGG
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGCATA-G-G-AGGTGGTGC
** **** * * * * * **
148 TGCCGGTGGTGGCGCTGGAGGCGGTGCTGGTGTTGGTTT
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGC-AT--AGGAGGTGGTGC
* *
187 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGGAGC
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGTGC
* *
223 TGGTGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGCAGGTGGTGG
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGCATA-G-G-AGGTGGTGC
** * * * * **
262 TGCCGGTGGTAGAA-CTGGAGGCAGTGCTGGTGGTGGTTT
1 TGGAGGTGG-AAAAGGTGGAGGCA-T--AGGAGGTGGTGC
* *
301 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGGTGT
1 TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGTGC
337 TGGAGGTGGA
1 TGGAGGTGGA
347 GGTGGAGTTG
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 62, Indels: 28
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
36 133 0.57
37 2 0.01
38 7 0.03
39 83 0.35
40 7 0.03
41 2 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.06, G:0.53, T:0.21
Consensus pattern (36 bp):
TGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGCATAGGAGGTGGTGC
Found at i:343 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 326--489 Score: 80
Period size: 12 Copynumber: 13.7 Consensus size: 12
316 TGGAGGGATA
326 GGAGGTGGTGTT
1 GGAGGTGGTGTT
* *
338 GGAGGTGGAGGT
1 GGAGGTGGTGTT
* *
350 GGAGTTGGTGGT
1 GGAGGTGGTGTT
* *
362 GGTGGTGGCGTT
1 GGAGGTGGTGTT
* *
374 GGAGGGGGTGCT
1 GGAGGTGGTGTT
*
386 GGTGGTGGCT-TT
1 GGAGGTGG-TGTT
****
398 GGAGGTGGAAAA
1 GGAGGTGGTGTT
* * *
410 GGTGGAGG-GATA
1 GGAGGTGGTG-TT
* *
422 GGAGGTGGAGCT
1 GGAGGTGGTGTT
*
434 GGAGGTGGTGCT
1 GGAGGTGGTGTT
*
446 GGTGGTGGTGTT
1 GGAGGTGGTGTT
*
458 GGAGGTGGTGCT
1 GGAGGTGGTGTT
* *
470 GGCGGTGGTTTT
1 GGAGGTGGTGTT
*
482 GGCGGTGG
1 GGAGGTGG
490 AAAAGGCGGA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 35, Indels: 8
0.72 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
12 111 0.98
13 2 0.02
ACGTcount: A:0.10, C:0.05, G:0.59, T:0.26
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GGAGGTGGTGTT
Found at i:347 original size:18 final size:18
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Indices: 326--378 Score: 70
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316 TGGAGGGATA
*
326 GGAGGTGGTGTTGGAGGT
1 GGAGGTGGAGTTGGAGGT
*
344 GGAGGTGGAGTTGGTGGT
1 GGAGGTGGAGTTGGAGGT
* *
362 GGTGGTGGCGTTGGAGG
1 GGAGGTGGAGTTGGAGG
379 GGGTGCTGGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 30 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.02, G:0.62, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
GGAGGTGGAGTTGGAGGT
Found at i:403 original size:96 final size:93
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Indices: 285--571 Score: 322
Period size: 96 Copynumber: 3.1 Consensus size: 93
275 ACTGGAGGCA
285 GTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGGTGTTGGAGGTGGAGGT
1 GTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGG-GTTGGAGGTGGAGGT
*
350 GGAGTTGGTGGTGGTGGTGGCGTTGGAGGGG
65 GG-GTTGGTGGTGGTGGT-GCGTTGGAGGTG
* *
381 GTGCTGGTGGTGGCTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGA----GG-TGGAGCTGGAGGT-
1 GTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGGGTTGGAGGTGGAGGTG
*
440 GG-TGCTGGTGGTGGT--GTTGGAGGTG
66 GGTTGGTGGTGGTGGTGCGTTGGAGGTG
* * * * *
465 GTGCTGGCGGTGGTTTTGGCGGTGGAAAAGGCGGAGGTATAGGAGGTGGAGTTGGCGGTGGTGGA
1 GTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGG-GTT---GGAGGTGGA
* * *
530 GGAGGTGTTGGTGGTGGCGGTAGCTTTGGAGGTG
62 GGTGG-GTTGGTGGTGGTGGT-GCGTTGGAGGTG
564 GTGCTGGT
1 GTGCTGGT
572 AGAGGAATTG
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 16, Indels: 27
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
84 48 0.30
87 12 0.08
88 2 0.01
89 2 0.01
90 13 0.08
91 1 0.01
92 1 0.01
93 9 0.06
94 1 0.01
95 1 0.01
96 54 0.34
99 16 0.10
ACGTcount: A:0.13, C:0.05, G:0.56, T:0.26
Consensus pattern (93 bp):
GTGCTGGTGGTGGTTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGAGGGATAGGAGGTGGGTTGGAGGTGGAGGTG
GGTTGGTGGTGGTGGTGCGTTGGAGGTG
Found at i:437 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 338--527 Score: 272
Period size: 84 Copynumber: 2.3 Consensus size: 84
328 AGGTGGTGTT
* * * *
338 GGAGGTGGAGGTGGAGTTGGTGGTGGTGGTGGCGTTGGAGGGGGTGCTGGTGGTGGCTTTGGAGG
1 GGAGGTGGAGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCGTTGGAGGGGGTGCTGGCGGTGGCTTTGGAGG
*
403 TGGAAAAGGTGGAGGGATA
66 TGGAAAAGGCGGAGGGATA
* * * *
422 GGAGGTGGAGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGTGTTGGAGGTGGTGCTGGCGGTGGTTTTGGCGG
1 GGAGGTGGAGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCGTTGGAGGGGGTGCTGGCGGTGGCTTTGGAGG
*
487 TGGAAAAGGCGGAGGTATA
66 TGGAAAAGGCGGAGGGATA
* *
506 GGAGGTGGAGTTGGCGGTGGTG
1 GGAGGTGGAGCTGGAGGTGGTG
528 GAGGAGGTGT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 12, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
84 94 1.00
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TGGAAAAGGCGGAGGGATA
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Indices: 506--546 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
496 CGGAGGTATA
*
506 GGAGGTGGAGTTGGCGGTGGT
1 GGAGGAGGAGTTGGCGGTGGT
* *
527 GGAGGAGGTGTTGGTGGTGG
1 GGAGGAGGAGTTGGCGGTGG
547 CGGTAGCTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
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Consensus pattern (21 bp):
GGAGGAGGAGTTGGCGGTGGT
Done.