Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g01199.F2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5033
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.23, T:0.38
Found at i:1041 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1013--4667 Score: 2520
Period size: 23 Copynumber: 159.7 Consensus size: 23
1003 AAATATTGTT
* *
1013 AATTGAGGTG-TTAAAGTGCTACA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
1036 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1059 AATTGAAATGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1082 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1105 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** * *
1128 AATTGAAGTGTTTAGTTGTTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* ** *
1151 TATTG-AGATGTTT-TCTCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
1173 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
1196 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
1219 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1242 AATTGAAGTG-TTAAAGAGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
1265 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1288 AATTGAAGTGTTTAAATGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1311 AATTGAAGT-CTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* ** *
1333 AATTGAAGTGTTTAAGTATTGAA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
1356 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * * *
1379 CA-TGGAGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
1401 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
1424 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
1447 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1470 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1493 AATTGAAGTGTTTAAATACTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
1516 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGAA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
1539 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * * *
1562 CATTG-AGATGTTTTAACGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAATGCTGCA
* * * **
1584 AATTGACGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
1607 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* * *
1630 AATTGAAGTGCTTAAATGATGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
1653 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
1676 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
1699 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1722 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
1745 AATTTAAGTGTTTAAGTACTG-A
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
1767 AATTTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AA-TTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * * *
1791 CA-TGGAGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
1813 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
1836 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
1859 AATTGAAGTGATTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
1882 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* **
1905 AATTGAAGTGTTTGAATGCTATA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1928 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
1951 AATTGATGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
1974 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* ** *
1997 AATTGAAATGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
2020 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * * **
2042 AACTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
2065 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* * *
2088 AATTGACGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
2111 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
*
2134 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
2157 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
2180 AATTGAAGGGTTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
2203 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* ** *
2226 AATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
2249 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
** * * **
2271 AATTGGGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
2294 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
2317 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGAA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
2340 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
2363 AACTGAAGTGTTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
2386 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * ** *
2409 AATTGTAGTGTTCAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
2432 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
** * * **
2454 AATTGGGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
2477 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
2500 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGAA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
2523 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
2546 AACTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
**
2569 AATTGAAGTGTTTAAATGCTATA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
2592 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
2615 AATAGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
2638 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
2661 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
2683 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
2706 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
2729 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
2752 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
*
2775 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
2798 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
2821 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
2844 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
2867 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
2890 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
2912 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
2935 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTACA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* * *
2958 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
2981 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
*
3004 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
**
3027 AATTGAAGTGTTTAAATGCTATA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
3050 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
3073 AATAGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* ** *
3096 AATTAAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
3119 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
3141 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
3164 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGAA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
3187 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
3210 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
*
3233 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
3256 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
3279 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
3302 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
3325 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
3348 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
3370 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
3393 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
3416 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
3439 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
*
3462 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
3485 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
3508 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * **
3531 AATTGAAGTGTTTAAGTACTATA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* ** *
3554 AATTAAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
3577 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * * *
3599 AATTCAGGTGTATAAATGTTGTTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTG-CA
* * *
3623 ATTTTG-A-TG-TAAAAGTGCTACA
1 A-ATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
3645 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
3668 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
3691 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
3714 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
3737 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** * *
3760 AATTGAAGTGTTTAGGTACTGAA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* ** *
3783 AATTTAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * * *
3806 CA-TGGAGATGTTT-TATCGCT-CT
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
3828 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
3851 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* *
3874 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGAA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
3897 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* **
3920 AATTGAAGTGTTTGAATGCTATA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
3943 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
3966 AATTGATGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
3989 AATTGAAGTGTTTAGGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
4012 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
4035 CATTG-AGATGTTT-TATCGCTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
4057 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
4080 AATTGAAATGTATAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
4103 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
4126 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
4149 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
4172 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
4195 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
4218 AATTGAAGTGTTTAAGTACTACA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
** *
4241 AATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * * *
4264 CATTG-AGATGTTT-TATCACTG-T
1 AATTGAAG-TGTTTAAAT-GCTGCA
* * * **
4286 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
4309 AATTG-AGATG-TAAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
* **
4332 AATTGAAGTGCTTAAATGCTGTG
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
4355 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
*
4378 AATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
4401 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
4424 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* * *
4447 AATTGAAGTATTTAAGTACTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* **
4470 AATTGCAGTGTTTAGTTGCTAG-A
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCT-GCA
* *
4493 CATTG-AGATGTTT-TAT-C-GCTA
1 AATTGAAG-TGTTTAAATGCTGC-A
* * **
4514 TAATTGAGGTGTTTAAATGTTGTT
1 -AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
4538 AATTG-AGATG-TTAAAGTGCTGCA
1 AATTGAAG-TGTTTAAA-TGCTGCA
*
4561 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGGA
1 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGCA
* *
4584 AATTGAAGTGTTTGAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
*
4607 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
* *
4630 AATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
1 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
4653 AATTGAAGTGTTTAA
1 AATTGAAGTGTTTAA
4668 GTACTTATTT
Statistics
Matches: 2870, Mismatches: 586, Indels: 352
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.00
21 5 0.00
22 376 0.13
23 2328 0.81
24 157 0.05
25 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (23 bp):
AATTGAAGTGTTTAAATGCTGCA
Found at i:1224 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 1053--1940 Score: 562
Period size: 114 Copynumber: 7.8 Consensus size: 114
1043 GTGTTTGAAT
* * * * *
1053 GCTGTAAATTGAAATGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTT
1 GCTGTAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTT
* * * *
1118 AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGTTGGATATTGAGATGTTTTCTC
65 AAATACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGTTGGAAATTGAGATGTTTTATC
* *
1168 GCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
1 GCTGTAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGCT
* * * * *
1231 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAG-AGTTGCAAATTGA-AGTGTTTGAAT-
64 TAAATACTGTAAATTGAAGTGTT-TAGTTGTTGGAAATTGAGA-TGTTT-TATC
* * * *
1282 GCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA
1 GCTGTAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTTA
* * * * * *
1347 AGTATTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATC
66 AATACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGTTGGAAATTGAGATGTTTTATC
* *
1396 GCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
1 GCTGTAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAG-TGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGCT
* * * * *
1459 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTT-GAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTTAAAT-
64 TAAATACTGTAAATTGAAGTGTTTAG-TTGTTGGAAATTGAGA-TGTTT-TATC
* * ** * * *
1510 ACTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGT
1 GCTGTAAATTGAAGTG-TATAAATGTTGTAAATTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGC
* ** * * ** ** **
1573 TTTAACGCTGT-AATTGACGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGT-
63 TTAAATACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGTTGGAAATTGAGATGTTTTA-TC
* * *
1624 GCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAATGATGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
1 GCTGTAAATTGAAGTG-TATAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGCT
* * ** * * **
1688 TGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-AGTGCTTAAAT-
64 TAAATACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGTTGGAAATTGAGA-TG-TTTTATC
* * * * * ** ** * * *
1739 GTTGCAAATTTAAGTGTTTAAGTACTG-AAATTTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACA-TGGAGATG-
1 GCTGTAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAA-TTGAAGTG-TTAAATGCTGCAAATTGAAG-TGC
** * * * ** ** **
1801 TTTTATCGCTGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGT-
63 TTAAAT-ACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGTTGGAAATTGAGATGTTTTA-TC
* * *
1853 GCTGCAAATTGAAGTG-ATTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
1 GCTGTAAATTGAAGTGTA-TAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAA-TGCTGCAAATTGAAGTGCT
* * *
1917 TGAATGCTATAAATTGAAGTGTTT
64 TAAATACTGTAAATTGAAGTGTTT
1941 GAATGCTGTA
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 110, Indels: 82
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
112 2 0.00
113 58 0.09
114 362 0.58
115 184 0.30
116 16 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (114 bp):
GCTGTAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGCTTA
AATACTGTAAATTGAAGTGTTTAGTTGTTGGAAATTGAGATGTTTTATC
Found at i:1418 original size:228 final size:229
Alignment explanation
Indices: 1013--1759 Score: 913
Period size: 228 Copynumber: 3.3 Consensus size: 229
1003 AAATATTGTT
* * * *
1013 AATTGAGGTGTTAAAGTGCTACAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAATGTTTAAATGC
1 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGT
*
1078 TGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAG
66 TGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGAAGTGTTTAG
* * * *
1143 TTGTTGGATATTGAGATGTTTTCTCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTT
131 TTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTT
1208 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
196 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
* *
1242 AATTGAAGTGTTAAAGAGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGT
1 AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGT
*
1307 TGTAAATTGAAGT-CTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTATTGAAAATTGAAGTGTTTAG
66 TGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGAAGTGTTTAG
1371 TTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTT
131 TTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTT
1436 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
196 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
* * * * *
1470 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATACTGTAAATTGAAGTGCTTAAATG
1 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATG
* * ** * * * * *
1534 TTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTAACG--CTG-TAATTGACGTGT
65 TTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAG-TG-TTTAA-GTACTGAAAATTGAAGTGT
* ** * * * ** * * * *
1595 ATAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGCT-TAAATGATGTAAATT
127 TTAGTTGCTG-GACATGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTAATT
* *
1657 GA-AGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
188 GAGA-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
* * * * * *
1699 AATTGAAGTGTTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTTAAGTGTTTAA
1 AATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAA
1760 GTACTGAAAT
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 50, Indels: 20
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
228 243 0.53
229 208 0.45
230 6 0.01
231 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (229 bp):
AATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGT
TGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGAAAATTGAAGTGTTTAG
TTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTT
AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
Found at i:1722 original size:229 final size:229
Alignment explanation
Indices: 1013--4667 Score: 3630
Period size: 229 Copynumber: 16.0 Consensus size: 229
1003 AAATATTGTT
* * * * * * *
1013 AATTGAGGTGTTAAAGTGCTACAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAATGTTTAAAT-G
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATG-TTAAATCG
** ** * *
1077 CTGTAAATTGAAGTGCT-TAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTT
65 CTG-AAATTGAAGTG-TATAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
** * * * *** * * * * **
1140 TAGTTGTTGGATATTG-AGATGTT-TTCTCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG-
127 TAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGA
* *
1201 AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
190 AG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * * *
1242 AATTGAAGTGTTAAAG-AGTTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGA-AGTGTTTAAAT
1 AATTGAAGTGTTTAAGTA-CTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TG-TTAAAT
* * ** ** ** * *
1305 -GTTGTAAATTGAAGTCT-TAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGTATTGAAAATTGAAGTGT
63 CGCTG-AAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGA-TGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGC
** * * * ** * * * * **
1367 TTAGTTGCTGGACA-TGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTG
126 TTAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTG
* *
1429 -AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTA
189 AAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * * *
1470 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATACTGTAAATTGA-AGTGCTTAAAT
1 AATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TG-TTAAAT
* * ** * * ** * * *
1533 -GTTGAAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTAA-CGCTG-TAATTGACGTG
63 CGCTG-AAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTA-ATTGAGATG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG
* * * * *
1594 -TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGATGTAAATT
125 CT-TAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATT
* * * *
1657 GAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTA
188 GAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * * * * * * *
1699 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTTA-AGTGTTTAAGT-
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TG-TTAAATC
* * ** * * * *** * *
1762 ACTGAAATTTGAAGTGTTTAGTTGCTG-GACATGGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGAGGTG-
64 GCTGAAA-TTGAAGTGTATAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGC
* * * *
1823 TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGATTAAATGCTGTAAATTG
126 T-TAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTG
* * * **
1887 AAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATA
189 AAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * * * * * *
1928 AATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGT
1 AATTGAAGTGTTT-AAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TG-TTAAAT
* * * ** * * *** * * *
1991 -ACTGCAAATTGAAATGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAACTGAGGTG
63 CGCTG-AAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTG
* * * * * *
2052 -TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGACGTGCTTAAATGCTGTAAATT
125 CT-TAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATT
* * *
2115 GAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCA
188 GAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * * * * * *
2157 AATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGGGTTTAAATGTTGCAAATTGA-AGTGTTTAAGT-
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGA-TG-TTAAATC
* * * ** * * *** * **
2220 ACTGCAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTG-GACATTGAGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTGGGGTG-
64 GCTG-AAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTA-ATTGAGATGTAAAAGT-GCTGCAAATTGAAGTGC
* * * * *
2281 TATAAATGTTGTTAATTG-AGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGAAAATTG
126 T-TAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTG
* *
2345 AAGTGTTAAAGTGCTGCAAACTGAAGTGTTTAAATGTTGCA
189 AAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * ** * **
2386 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGTAGTGTTCAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* **
2451 TGTAATTGGGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
* * *
2516 TGCTGAAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAACTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
**
2581 TAAA-TGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* ** * **
2615 AATAGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* *
2680 TGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
*
2745 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
*
2810 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
** * **
2844 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* * *
2909 TGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTACAAATTGAAGTGCTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
* *
2974 TGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
**
3039 TAAA-TGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * ** * **
3073 AATAGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* * *
3138 TGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGAAAATTGAAGTGCTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
*
3203 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
*
3268 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
** * **
3302 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* *
3367 TGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
*
3432 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
*
3497 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
** * ** * **
3531 AATTGAAGTGTTTAAGTACTATAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* * * ** *
3596 TGTAATTCAGGTGTATAAATGTTGTTAATTTTGATGTAAAAGTGCTACAAATTGAAGTGCTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
* *
3661 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
*
3726 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * * ** * * **
3760 AATTGAAGTGTTTAGGTACTGAAAATTTAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
** * *
3825 TCTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
* * **
3890 TGCTGAAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
* *
3955 TAAA-TGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* ** * **
3989 AATTGAAGTGTTTAGGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* * * * *
4054 TGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATGTATAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
* * *
4119 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGGAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGGAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
*
4184 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* ** * ** *
4218 AATTGAAGTGTTTAAGTACTACAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCAC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* *
4283 TGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
66 TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
* *
4348 TGCTGTGAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
131 TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTG-T
*
4413 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
195 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
* * ** * * **
4447 AATTGAAGTATTTAAGTACTGCAAATTGCAGTGTTTAGTTGCTAGACATTGAGATGTTTTATCGC
1 AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
* * *
4512 T-ATAATTGAGGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTG-TTAA
66 TGA-AATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAA
* * * *
4575 AGTGCTGGAAATTGAAGTGTTTGAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGT
130 A-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGT
* *
4639 GCTTAAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAA
193 G-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAA
4668 GTACTTATTT
Statistics
Matches: 3188, Mismatches: 206, Indels: 64
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
227 3 0.00
228 285 0.09
229 2874 0.90
230 26 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (229 bp):
AATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGGAAATTGAGATGTTAAATCGC
TGAAATTGAAGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA
TGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGCAAATTGAAGTGTT
AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCA
Found at i:2060 original size:458 final size:458
Alignment explanation
Indices: 1413--4667 Score: 4064
Period size: 458 Copynumber: 7.2 Consensus size: 458
1403 TTGAGGTGTA
* * *
1413 TAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAA
1 TAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA
* * ** * * * ** *
1477 GTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATACTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGAAAAT
65 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAAT
* *
1542 TGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTAACGCTGTAATTGACGTGTATAAATGTTGTT
130 TGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
* *
1607 AATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGATGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
195 AATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
*
1672 TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAA
260 TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAA
* *
1737 ATGTTGCAAATTTAAGTGTTTAAGTACTG-AAATTTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATG
325 ATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAA-TTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATG
1801 TTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAA
389 TTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAA
*
1866 GTGAT
454 GTGCT
* *
1871 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* *
1936 TGTTTGAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
* *
2001 GAAATGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
131 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
*
2066 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGACGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
196 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
* *
2131 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGGGTTTAAA
261 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
*
2196 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGTAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
326 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
* *
2261 TTATCGCTGTAATTGGGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
391 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
2326 GCT
456 GCT
* * * *
2329 TAAATGCTGAAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAACTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* * * * *
2394 TGTTTAAGTACTGCAAATTGTAGTG-TT-CA-GTTGC----T---G-G---ACA-T--TG---A-
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTA-AGTACTGCAAAT
* * * * * ** * * *
2438 -GATGT-TTTA-TCGCTGTA-ATTGGGGTGTATAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCT
130 TGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTT
** * * * *
2497 GCAAATTGA-AGTGCTTAAA-TGCTGAAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAACTGAAGTGTTT
192 GTTAATTGAGA-TG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TT
* * ** * * * *
2559 GAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATAGAAG
253 AAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* * ** * * * * *
2623 TGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGTA-
318 TGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGGAC
* ** * * * **
2684 ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAA-
380 ATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TTAAAG
*
2745 TGCTGTAAATTGAAGTG-T
440 TGCTGCAAATTGAAGTGCT
* *
2763 TAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA
1 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA
* * * * * ** * * *
2827 AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT-AGTTGCTGGAC
64 AGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAA
* * * ** * *
2891 ATTG-AGATGTTTTA-TCGCTGTA-ATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAATTGAGATGTA-AAAG
128 ATTGAAG-TG-TTTAGTTGCTGGACATTGAGATGT-TTTATCGCTG-TAATTGAGGTGTATAAA-
* *** * * * *
2951 TGCTACAAATTGA-AGTGCTTAAA-TGTTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
188 TGTTGTTAATTGAGA-TG-TAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGT
* * ** * * * *
3013 GTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATA
250 G-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATT
* * ** * * * *
3077 GAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTAAAGTGTTT-AGTTGCTGGACATTG-AGATGTTT--TAT-C-
314 GAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-TACTGCAAATTGAAG-TGTTTAGT-TGCT
* *
3136 -G-C--TGT----------------AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGT
376 GGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGT
*
3181 GCTGAAAATTGAAGTGCT
441 GCTGCAAATTGAAGTGCT
* *
3199 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
3264 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
3329 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
131 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
3394 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
196 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
3459 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
261 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
** *
3524 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTATAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
326 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
* ** * *
3589 TTATCGCTGTAATTCAGGTGTATAAATGTTGTTAATTTTGATGTAAAAGTGCTACAAATTGAAGT
391 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
3654 GCT
456 GCT
*
3657 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
* *
3722 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGGTACTGAAAATT
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
* * *
3787 TAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTTTTATCGCTCTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
131 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
* *
3852 ATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGAAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
196 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
** *
3917 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAA
261 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
*
3982 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
326 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
*
4047 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAAATG-TATAAGTGCTGCAAATTGAAG
391 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTA-AAGTGCTGCAAATTGAAG
*
4111 TGTT
455 TGCT
* * *
4115 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGGAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGGAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
*
4180 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTACAAATT
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
*
4245 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCACTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
131 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
*
4310 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTGAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
196 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
4375 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
261 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
* * *
4440 TGTTGCAAATTGAAGTATTTAAGTACTGCAAATTGCAGTGTTTAGTTGCTAGACATTGAGATGTT
326 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
* *
4505 TTATCGCTATAATTGAGGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
391 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
4570 G-T
456 GCT
* * *
4572 TAAAGTGCTGGAAATTGAAGTGTTTGAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA
1 TAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA
* * * *
4636 AGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAA
64 AGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAA
4668 GTACTTATTT
Statistics
Matches: 2476, Mismatches: 228, Indels: 186
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
434 65 0.03
435 568 0.23
436 65 0.03
437 5 0.00
438 3 0.00
439 2 0.00
440 1 0.00
442 5 0.00
444 2 0.00
445 2 0.00
446 1 0.00
447 2 0.00
448 1 0.00
449 1 0.00
451 3 0.00
452 2 0.00
454 1 0.00
455 6 0.00
456 5 0.00
457 11 0.00
458 1714 0.69
459 11 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (458 bp):
TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAG
TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
GCT
Found at i:2347 original size:687 final size:686
Alignment explanation
Indices: 1413--4667 Score: 4880
Period size: 687 Copynumber: 4.8 Consensus size: 686
1403 TTGAGGTGTA
* * * * *
1413 TAAATGTTGTTAATTG-AGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAA
1 TAAATGCTGTAAATTGAAG-TGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAA
* * ** * * * ** *
1477 GTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATACTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGAAAAT
65 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAAT
* *
1542 TGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTAACGCTGTAATTGACGTGTATAAATGTTGTT
130 TGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTT
* *
1607 AATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGATGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
195 AATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
*
1672 TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAA
260 TGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAA
*
1737 ATGTTGCAAATTTAAGTGTTTAAGTACTG-AAATTTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATG
325 ATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAA-TTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATG
1801 TTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAA
389 TTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAA
1866 GTGATTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAAT
454 GTG-TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAAT
* *
1931 TGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGC
518 TGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGC
*
1996 AAATTGAAATGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAACTGAGGTGTATAAATGT
583 AAATTGAAATGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGT
*
2061 TGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGACGTGCT
648 TGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
2100 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
* *
2165 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGGGTTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
* *
2230 GTAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGGGGTGTATAAATGTTGTTA
131 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
*
2295 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGAAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
196 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
* * * * * * * *
2360 GCAAACTGAAGTGTTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGTAGTG-TTCAG
261 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTT-AA
* * * * * * * *
2424 TTGCTGGACATTG-AGATGTTTTA-TCGCTG-TAATTG--G-G----G-TG-T----AT--AAAT
325 ATGTTGCAAATTGAAG-TGTTTAAGT-ACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGAT
* * ** *
2471 G---T-T-G-T-TAATTGAGATGTA-AAAGTGCTGCAAATTGA-AGTGCTTAAA-TGCTGAAAAT
388 GTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAA-TGTTGTTAATTGAGA-TG-TTAAAGTGCTGCAAAT
* * * *
2526 TGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAACTGAAGTGTTTGAA-TGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTA
450 TGAAGTGTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTA
* * * * * * **
2590 TAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATAGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTT-AGT
513 TAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAG-
* * * * * *
2654 TGCTGGACATTGAGATGTTTTA-TCGCT-G----T-A-A-----T-T-G-AG--------GTGTA
577 TACTGCAAATTGAAATG-TTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTA
2695 TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
641 TAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
2741 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
2806 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
2871 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
131 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
* *
2936 ATTGAGATGTAAAAGTGCTACAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
196 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
*
3001 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGCTTAAA
261 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
* * *
3066 TGTTGCAAATAGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTT
326 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTT
* *
3131 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGAAAATTGAAGT
391 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
**
3196 GCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTG
456 G-TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTG
3261 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAA
520 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAA
*
3326 ATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG
585 ATTGAAATGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG
3391 TTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
650 TTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
3428 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
**
3493 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTATAAATT
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
* *
3558 AAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTCAGGTGTATAAATGTTGTTA
131 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
** *
3623 ATTTTGATGTAAAAGTGCTACAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
196 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
*
3688 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
261 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
* * *
3753 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGGTACTGAAAATTTAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTT
326 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTT
*
3818 TTATCGCTCTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
391 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
*
3883 GCTTAAATGCTGAAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTG
456 G-TTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTG
* *
3948 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGATGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAGGTACTGCAA
520 AAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAA
*
4013 ATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG
585 ATTGAAATGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTG
* * *
4078 TTAATTGAAATGTATAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTT
650 TTAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
* *
4115 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGGAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGGAAATTGAAG
1 TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
*
4180 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTACAAATT
66 TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
*
4245 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCACTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
131 GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
*
4310 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTGAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
196 ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
4375 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
261 GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
* * * *
4440 TGTTGCAAATTGAAGTATTTAAGTACTGCAAATTGCAGTGTTTAGTTGCTAGACATTGAGATGTT
326 TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTT
* *
4505 TTATCGCTATAATTGAGGTGTTTAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
391 TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
* * * * *
4570 GTTAAAGTGCTGGAAATTGAAGTGTTTGAA-TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATT
456 GTTAAA-TGCTGTAAATTGAAGTG-TTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATT
* * * *
4634 GAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAA
519 GAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAA
4668 GTACTTATTT
Statistics
Matches: 2326, Mismatches: 173, Indels: 138
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
641 372 0.16
642 9 0.00
644 1 0.00
645 1 0.00
649 2 0.00
650 3 0.00
651 2 0.00
652 1 0.00
655 2 0.00
657 5 0.00
658 1 0.00
659 1 0.00
660 1 0.00
661 1 0.00
662 1 0.00
663 25 0.01
664 300 0.13
665 26 0.01
666 1 0.00
667 1 0.00
668 1 0.00
669 1 0.00
670 1 0.00
671 5 0.00
673 2 0.00
676 1 0.00
677 2 0.00
678 3 0.00
679 2 0.00
683 1 0.00
684 1 0.00
686 13 0.01
687 1531 0.66
688 6 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (686 bp):
TAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAG
TGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATT
GAAGTGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA
ATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCT
GCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAA
TGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGACATGGAGATGTT
TTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGT
GTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTGAATGCTATAAATTGA
AGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGCTTAAATGTTGCAAATTGAAGTGTTTAAGTACTGCAAA
TTGAAATGTTTAGTTGCTGGACATTGAGATGTTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGT
TAATTGAGATGTAAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGCT
Done.