Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g01962.F2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2635
ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.19, T:0.33
Found at i:1905 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1895--2090 Score: 84
Period size: 6 Copynumber: 32.2 Consensus size: 6
1885 CTTCAACTCC
* * * * * *
1895 CTCCTT TTCCTT CTCC-- -TCCTT TTCCTC CTCTTT CTTCTC CTCCTT
1 CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT
* * * * *
1940 -TCC-T -TCCTC CTCCTT CTCCTT CCCCTC CTCCTC CTCTTT CTCCTCCT
1 CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCT--T
* * * * *
1987 CCTCCTT CTCCTC CTCCTC CTCC-T CTTTCTT CTTCTT CTCCTT CTCCTC
1 -CTCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT C-TCCTT CTCCTT CTCCTT CTCCTT
*
2036 CTCC-T CTTCCTT CTTCTTCTT CTCCTT CTCTATCTT CTCCTC CTCCTT
1 CTCCTT C-TCCTT C-TC--CTT CTCCTT CTC---CTT CTCCTT CTCCTT
2084 CTCCTT C
1 CTCCTT C
2091 AACATGGTGG
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 27, Indels: 34
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
3 3 0.02
4 4 0.03
5 5 0.03
6 108 0.74
7 8 0.05
8 3 0.02
9 15 0.10
ACGTcount: A:0.01, C:0.51, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (6 bp):
CTCCTT
Found at i:1922 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1894--2090 Score: 126
Period size: 24 Copynumber: 7.6 Consensus size: 26
1884 TCTTCAACTC
*
1894 CCTCCT-TT-TCCTTCTCCTCCTTTT
1 CCTCCTCTTCTCCTTCTCCTCCTTCT
1918 CCTCCTCTT-T-CTTCTCCTCCTTTCCTT
1 CCTCCTCTTCTCCTTCTCCTCC-TT-C-T
* *
1945 CCTCCTCCTTCTCCTTCCCCTCCTCCT
1 CCTCCT-CTTCTCCTTCTCCTCCTTCT
*
1972 CCT-CT-TTCTCCTCCTCCTCCTTCT
1 CCTCCTCTTCTCCTTCTCCTCCTTCT
* * *
1996 CCTCCTC--CTCCTCCTCTTTCTTCT
1 CCTCCTCTTCTCCTTCTCCTCCTTCT
* * *
2020 TCTTCTCCTTCTCCTCCTCCT-CTTCCTT
1 CCTCCT-CTTCTCCTTCTCCTCCTT-C-T
* * *
2048 CTTCTTCTTCTCCTTCT-CTATCTTCT
1 CCTCCTCTTCTCCTTCTCCT-CCTTCT
2074 CCTCCTCCTTCTCCTTC
1 CCTCCT-CTTCTCCTTC
2091 AACATGGTGG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 18, Indels: 31
0.74 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
24 54 0.39
25 8 0.06
26 12 0.09
27 43 0.31
28 10 0.07
29 2 0.01
30 9 0.07
ACGTcount: A:0.01, C:0.51, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (26 bp):
CCTCCTCTTCTCCTTCTCCTCCTTCT
Found at i:1923 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1902--2046 Score: 96
Period size: 3 Copynumber: 48.3 Consensus size: 3
1892 TCCCTCCTTT
* ** * * * *
1902 TCC TTC TCC TCC TTT TCC TCC TCT TTC TTC TCC TCC T-T TCC TTCC
1 TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC -TCC
* * *
1947 TCC TCC TTC TCC TTCC -CC TCC TCC TCC TCT TTC TCC TCC TCC TCC
1 TCC TCC TCC TCC -TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC
* * * * * * *
1992 TTC TCC TCC TCC TCC TCC TCT TTC TTC TTC TTC TCC TTC TCC TCC TCC
1 TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC
*
2040 TCT TCC T
1 TCC TCC T
2047 TCTTCTTCTT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 28, Indels: 8
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 3 0.03
3 101 0.92
4 6 0.05
ACGTcount: A:0.00, C:0.53, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (3 bp):
TCC
Found at i:1968 original size:33 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1906--2088 Score: 148
Period size: 36 Copynumber: 5.2 Consensus size: 35
1896 TCCTTTTCCT
*
1906 TCTCCTCCTTT-TCCTCC-TCT--TTCTTCTCCTCC
1 TCTCCT-CTTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTCC
* * *
1938 T-TTC-CTTCCTCCTCCTTCTCCTTCCCCTCCT-C
1 TCTCCTCTTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTCC
*
1970 -CTCCTCTTTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCC
1 TCTCCTCTTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTCC
* *
2004 TCCTCCTCTTTCTTCTTCTTCTCCTTCTCCTCCTCC
1 T-CTCCTCTTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTCC
*
2040 TCTTCCTTCTTCTTCTTCTCCTTCTCTATCTTCTCCTCCTCC
1 TC-TCC-TC-T-TTCTCCTCCTTCTC---CTTCTCCTCCTCC
2082 TTCTCCT
1 -TCTCCT
2089 TCAACATGGT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 12, Indels: 25
0.77 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
29 3 0.02
30 6 0.05
31 5 0.04
32 4 0.03
33 32 0.26
34 1 0.01
35 1 0.01
36 35 0.29
37 2 0.02
38 1 0.01
39 13 0.11
41 1 0.01
42 16 0.13
43 2 0.02
ACGTcount: A:0.01, C:0.51, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (35 bp):
TCTCCTCTTTCTCCTCCTTCTCCTTCTCCTCCTCC
Found at i:2012 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1894--2086 Score: 105
Period size: 33 Copynumber: 5.4 Consensus size: 36
1884 TCTTCAACTC
* * ** *
1894 CCTCCTTTTCCTTCTCCTCCTTTTCCTCCTCTTTCT
1 CCTCCTTCTCCTTCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTTCT
* * * *
1930 TCTCC-TC-CTTTC-CTTCCTCCTCCTTCTCCTTCC
1 CCTCCTTCTCCTTCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTTCT
*
1963 CCTCCTCCTCC-TCT-TT-CTCCTCCTCCTCCTTCT
1 CCTCCTTCTCCTTCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTTCT
* * * * * *
1996 CCTCCTCCTCCTCCTCTTTCTTCTTCTTCTCCTTCT
1 CCTCCTTCTCCTTCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTTCT
* *
2032 CCTCCTCCTCTTCCTTCTTCTT-CTTCTCCTTCT-CTATCT
1 CCTCCT--TC-TCCTTC-TCTTCCTCCTCCTCCTCCT-TCT
* *
2071 TCTCCTCCTCCTTCTC
1 CCTCCTTCTCCTTCTC
2087 CTTCAACATG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 23, Indels: 23
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
33 45 0.37
34 11 0.09
35 6 0.05
36 30 0.24
37 1 0.01
38 3 0.02
39 23 0.19
40 4 0.03
ACGTcount: A:0.01, C:0.51, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (36 bp):
CCTCCTTCTCCTTCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTTCT
Done.