Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g02019.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4114
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.19, T:0.37
Found at i:2483 original size:422 final size:423
Alignment explanation
Indices: 1669--2510 Score: 1517
Period size: 422 Copynumber: 2.0 Consensus size: 423
1659 ACATTTTAGG
*
1669 CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGAACCTTCCCTACTCTCTCTGCCGAAAGACTTCTTGTATTAA
1 CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGAACCTTCCCTACTCTCTCTGCAGAAAGACTTCTTGTATTAA
* *
1734 CTGTCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTACAAAAAAGTTGAT
66 CTGCCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTACAAAAAAGGTGAT
*
1799 GTTGAACTAGTTGAAATTGATGTTTCCATACCATGATCAAATGGTGTTTTATCTTCATTGTTGGT
131 GTTGAACTAGTTGAAATTGATGTTTCCATACCATGATCAAATGGTGTTTTAACTTCATTGTTGGT
1864 TTGCTTGATATTACGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
196 TTGCTTGATATTACGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
**
1929 ACCTGCCCATGAAAATTCTGTAAGAAAAATTCTTTCATTATGTACTATTATTTATTTTTCTTTTT
261 ACCTGCCCATGAAAATTCTGTAAGAAAAATTCTGGCATTATGTACTATTATTTATTTTTCTTTTT
1994 TTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTATGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGTA
326 TTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTATGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGTA
2059 CAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAACTGC
391 CAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAACTGC
* *
2092 CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGGACCTTCCCTACTCTCTCTGTAGAAAGACTTCTTGTATTAA
1 CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGAACCTTCCCTACTCTCTCTGCAGAAAGACTTCTTGTATTAA
* *
2157 CTGCCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTATAAACAAGGTG-T
66 CTGCCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTACAAAAAAGGTGAT
* * *
2221 GTTGAGCTAGTTGAAATTGATGTTTCCATGCCATGATCAAATGGTGTTTTAACTTCATTTTTGG-
131 GTTGAACTAGTTGAAATTGATGTTTCCATACCATGATCAAATGGTGTTTTAACTTCATTGTTGGT
*
2285 TTGCTTGATATTATGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
196 TTGCTTGATATTACGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
*
2350 ACCTGCCCATGAAAGTTCTGTAAGAAAAATTCTGGCATTATGTACTATTATTTATTTTTCTCTTT
261 ACCTGCCCATGAAAATTCTGTAAGAAAAATTCTGGCATTATGTACTATTATTTATTTTTCT-TTT
*
2415 TTTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTGTGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGT
325 TTTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTATGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGT
2480 ACAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAAC
390 ACAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAAC
2511 ATGTTCTTTC
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 16, Indels: 3
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
421 122 0.30
422 159 0.40
423 121 0.30
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (423 bp):
CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGAACCTTCCCTACTCTCTCTGCAGAAAGACTTCTTGTATTAA
CTGCCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTACAAAAAAGGTGAT
GTTGAACTAGTTGAAATTGATGTTTCCATACCATGATCAAATGGTGTTTTAACTTCATTGTTGGT
TTGCTTGATATTACGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
ACCTGCCCATGAAAATTCTGTAAGAAAAATTCTGGCATTATGTACTATTATTTATTTTTCTTTTT
TTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTATGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGTA
CAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAACTGC
Done.