Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g02019.C1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2717
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.19, T:0.37
Found at i:1851 original size:422 final size:423
Alignment explanation
Indices: 1037--1878 Score: 1517
Period size: 422 Copynumber: 2.0 Consensus size: 423
1027 ACATTTTAGG
*
1037 CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGAACCTTCCCTACTCTCTCTGCCGAAAGACTTCTTGTATTAA
1 CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGAACCTTCCCTACTCTCTCTGCAGAAAGACTTCTTGTATTAA
* *
1102 CTGTCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTACAAAAAAGTTGAT
66 CTGCCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTACAAAAAAGGTGAT
*
1167 GTTGAACTAGTTGAAATTGATGTTTCCATACCATGATCAAATGGTGTTTTATCTTCATTGTTGGT
131 GTTGAACTAGTTGAAATTGATGTTTCCATACCATGATCAAATGGTGTTTTAACTTCATTGTTGGT
1232 TTGCTTGATATTACGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
196 TTGCTTGATATTACGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
**
1297 ACCTGCCCATGAAAATTCTGTAAGAAAAATTCTTTCATTATGTACTATTATTTATTTTTCTTTTT
261 ACCTGCCCATGAAAATTCTGTAAGAAAAATTCTGGCATTATGTACTATTATTTATTTTTCTTTTT
1362 TTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTATGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGTA
326 TTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTATGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGTA
1427 CAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAACTGC
391 CAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAACTGC
* *
1460 CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGGACCTTCCCTACTCTCTCTGTAGAAAGACTTCTTGTATTAA
1 CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGAACCTTCCCTACTCTCTCTGCAGAAAGACTTCTTGTATTAA
* *
1525 CTGCCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTATAAACAAGGTG-T
66 CTGCCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTACAAAAAAGGTGAT
* * *
1589 GTTGAGCTAGTTGAAATTGATGTTTCCATGCCATGATCAAATGGTGTTTTAACTTCATTTTTGG-
131 GTTGAACTAGTTGAAATTGATGTTTCCATACCATGATCAAATGGTGTTTTAACTTCATTGTTGGT
*
1653 TTGCTTGATATTATGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
196 TTGCTTGATATTACGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
*
1718 ACCTGCCCATGAAAGTTCTGTAAGAAAAATTCTGGCATTATGTACTATTATTTATTTTTCTCTTT
261 ACCTGCCCATGAAAATTCTGTAAGAAAAATTCTGGCATTATGTACTATTATTTATTTTTCT-TTT
*
1783 TTTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTGTGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGT
325 TTTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTATGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGT
1848 ACAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAAC
390 ACAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAAC
1879 ATGTTCTTTC
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 16, Indels: 3
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
421 122 0.30
422 159 0.40
423 121 0.30
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (423 bp):
CTGCATAATTGATAAATTGCTCTGAACCTTCCCTACTCTCTCTGCAGAAAGACTTCTTGTATTAA
CTGCCTGAGTAGACAAGTTTAATTTGTTGCCTTAAGCTACATTCTAATTGTACAAAAAAGGTGAT
GTTGAACTAGTTGAAATTGATGTTTCCATACCATGATCAAATGGTGTTTTAACTTCATTGTTGGT
TTGCTTGATATTACGAGATGGGTATTTTTGAGCCCCTTCAAGCAACTCCCAGTTTGAAAATCATC
ACCTGCCCATGAAAATTCTGTAAGAAAAATTCTGGCATTATGTACTATTATTTATTTTTCTTTTT
TTATGGATTCTGTTTGAGAAAAGATCATTGTTATGTTTAACGGGTTGGTTTTCCCTGATTATGTA
CAGTGCATGAGAATCCATCATGCAGGTAACTGC
Done.