Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g02402.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4519
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Found at i:1743 original size:745 final size:751
Alignment explanation
Indices: 324--1786 Score: 2241
Period size: 745 Copynumber: 2.0 Consensus size: 751
314 GTTTTTTTGA
324 GAAAAAAAGGGGAAAATGATGATAGTTATTGTCGCCCCAGTCTTACTTTGCATATATTAATGTCT
1 GAAAAAAAGGGGAAAATGATGATAGTTATTGTCGCCCCAGTCTTACTTTGCATATATTAATGTCT
389 TCATATGCAAAATTGGTGATTGACATTTTTATCTGATTTCCACTTGTAATTATTGTCTGCAGCTT
66 TCATATGCAAAATTGGTGATTGACATTTTTATCTGATTTCCACTTGTAATTATTGTCTGCAGCTT
* *
454 CACTTGTTTGCAAAATTTTGTTTAAAAATCTTATTTTTTTTTAAAATTTGATTGAATGTGGATAT
131 CACTTGTTTGCAAAATTTTGTCTAAAAATCTTA-TTTTTTTTAAAATTTGATAGAATGTGGATAT
519 GAAGAAAGATATTTGACACCCAGTCTGAGTTGCAATATGCCGAGACATTAGCGATCGACTATCTG
195 GAAGAAAGATATTTGACACCCAGTCTGAGTTGCAATATGCCGAGACATTAGCGATCGACTATCTG
*
584 ATCCATTTACCATTACTCCAATGAGGGGTGTAAACTGTAAAATATTCACTTTTATTGACTATATT
260 ATCCATTTACCATTACCCCAAT-AGGGGTGTAAACTGTAAAATATTCACTTTTATTGACTATATT
*
649 TTATTCCTTAATTTGCAAAAAATAAAAAATAAAATCAATAAGCTCTAGTTTTTTTATTCCTTAAT
324 TTATTCCTTAATTTGCAAAAAATAAAAAATAAAATCAATAAGCTCTAG-TTTTTTATTCCTTAAG
*
714 AAGATTTGATTTTTTCAAAAGATATGCAAGGAGGTGTGATGAAACTTATCCATCATTTCTGCATT
388 AAGATCTGATTTTTT-AAAAGATATGCAAGGAGGTGTGATGAAACTTATCCATCATTTCTGCATT
* * *
779 TGAATGATGAATACAAACATGTACTACCATCTGATCTCTTTTGCATATTTTCTTTACTTTTTTGG
452 TGAATGATGAATACAAACATGCACTACCATCTGATCTCTTTTGCATATTTTCTTTAATTTTCTGG
* * *
844 GAATTGGGGGTCAAATTTTAATTGATTTAATTGTTTCTTGCCTCGTTTTTCCGTCAGTTGCTGCA
517 GAATTGGGGGTCAAATTCTAATTGATTTAACTGTTTCTTGCCTCCTTTTTCCGTCAGTTGCTGCA
* *
909 ATCTATGATGAAAATGAATAATCAAACCTGATTTATGTTATGATGATTATATAAATAATCACCAT
582 ATCTATGATGAAAATGAATAATCAAACCTGATGTATCTTATGATGATTATATAAATAATCACCAT
* * * * *
974 CTTTCGGCTGAGATTGCTGATCTTTAATCAAACATTTTATTGTAGCTCAGTCCTGAAATTAATGA
647 CTTTCAGCTGAGATTGCTGATCTTTAATAAAAAATTATACTGTAGCTCAGTCCTGAAATTAATGA
1039 TATGGGTCAAATGTTTTTGTTTGAGCTATGTTTTTCAAAG
712 TATGGGTCAAATGTTTTTGTTTGAGCTATGTTTTTCAAAG
* *
1079 GAAAAGAA-GGGAACATGATGATAGTTATTGTCGCCCCAGTCTTACTTTGCATATATTAATGTCT
1 GAAAAAAAGGGGAAAATGATGATAGTTATTGTCGCCCCAGTCTTACTTTGCATATATTAATGTCT
1143 TCATATGCAAAATTGGTGATTGACATTTTTATCTGATTTCCACTTGTAATTATTGTCTGCAGCTT
66 TCATATGCAAAATTGGTGATTGACATTTTTATCTGATTTCCACTTGTAATTATTGTCTGCAGCTT
1208 CACTTGTTTGCAAAATTTTGTCTAAAAATCTTA-TTTTTTTAAAATTTGATAGAATGTGGATATG
131 CACTTGTTTGCAAAATTTTGTCTAAAAATCTTATTTTTTTTAAAATTTGATAGAATGTGGATATG
* * *
1272 AAGATAGATATTTGACACCCAGTCTGAGTTGCAATATGCTGAGACATTAGCGATCGACTATCTTA
196 AAGAAAGATATTTGACACCCAGTCTGAGTTGCAATATGCCGAGACATTAGCGATCGACTATCTGA
* * **
1337 TTCATTTACCATTACCCCAAT-GGGTTGTAAACTGTAAAATATTCTTTTTTA-TGA-T-TATTTT
261 TCCATTTACCATTACCCCAATAGGGGTGTAAACTGTAAAATATTCACTTTTATTGACTATATTTT
** *** * * * *
1398 CAATTTTTTAATTTGCCTAACAGAAAT-TGCAAT-AAGTTAAT-AGTTCTA-TTTTTTA-TGCTT
326 --ATTCCTTAATTTG-C-AA-A-AAATAAAAAATAAAATCAATAAGCTCTAGTTTTTTATTCCTT
* * * * *
1458 CAGAGGATCTGATTTTTT-TAAGATATGCAAGTAGGTGTGATGATACTTATCCATCATTTCTGCA
385 AAGAAGATCTGATTTTTTAAAAGATATGCAAGGAGGTGTGATGAAACTTATCCATCATTTCTGCA
* *
1522 TTTGAATGATGAATACGAACATGCACTACCATCTGATCTCTTTTGCATATTTTGTTTAATTTTCT
450 TTTGAATGATGAATACAAACATGCACTACCATCTGATCTCTTTTGCATATTTTCTTTAATTTTCT
* * **
1587 GGGAATTTGGGGTCAAATTCTAATTGATTTAACTGTTGT-TTTCCTCCTTTTTTTGTCAGTTGCT
515 GGGAATTGGGGGTCAAATTCTAATTGATTTAACTGTT-TCTTGCCTCCTTTTTCCGTCAGTTGCT
* * *
1651 GCAATCTATGATGAAAATGAATCATCAAACCTGATGTGTCTTATGATGATTATATAAATATTCAC
579 GCAATCTATGATGAAAATGAATAATCAAACCTGATGTATCTTATGATGATTATATAAATAATCAC
* * * * *
1716 CATCTTTCAGCTGAGATTGCTGATCTTTATTAAAAAATTATACTGTAGCTTAGTCTTGAAGTTAC
644 CATCTTTCAGCTGAGATTGCTGATCTTTAATAAAAAATTATACTGTAGCTCAGTCCTGAAATTAA
1781 TGATAT
709 TGATAT
1787 AGGTAAAAAG
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 55, Indels: 24
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
745 279 0.43
746 1 0.00
747 24 0.04
748 8 0.01
749 14 0.02
750 34 0.05
751 8 0.01
752 115 0.18
753 4 0.01
754 152 0.24
755 7 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (751 bp):
GAAAAAAAGGGGAAAATGATGATAGTTATTGTCGCCCCAGTCTTACTTTGCATATATTAATGTCT
TCATATGCAAAATTGGTGATTGACATTTTTATCTGATTTCCACTTGTAATTATTGTCTGCAGCTT
CACTTGTTTGCAAAATTTTGTCTAAAAATCTTATTTTTTTTAAAATTTGATAGAATGTGGATATG
AAGAAAGATATTTGACACCCAGTCTGAGTTGCAATATGCCGAGACATTAGCGATCGACTATCTGA
TCCATTTACCATTACCCCAATAGGGGTGTAAACTGTAAAATATTCACTTTTATTGACTATATTTT
ATTCCTTAATTTGCAAAAAATAAAAAATAAAATCAATAAGCTCTAGTTTTTTATTCCTTAAGAAG
ATCTGATTTTTTAAAAGATATGCAAGGAGGTGTGATGAAACTTATCCATCATTTCTGCATTTGAA
TGATGAATACAAACATGCACTACCATCTGATCTCTTTTGCATATTTTCTTTAATTTTCTGGGAAT
TGGGGGTCAAATTCTAATTGATTTAACTGTTTCTTGCCTCCTTTTTCCGTCAGTTGCTGCAATCT
ATGATGAAAATGAATAATCAAACCTGATGTATCTTATGATGATTATATAAATAATCACCATCTTT
CAGCTGAGATTGCTGATCTTTAATAAAAAATTATACTGTAGCTCAGTCCTGAAATTAATGATATG
GGTCAAATGTTTTTGTTTGAGCTATGTTTTTCAAAG
Found at i:2784 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 2747--2811 Score: 130
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
2737 ACAATGATCT
2747 TTGTTTTACAGCTTTCTGATACCTAGTTTTGA
1 TTGTTTTACAGCTTTCTGATACCTAGTTTTGA
2779 TTGTTTTACAGCTTTCTGATACCTAGTTTTGA
1 TTGTTTTACAGCTTTCTGATACCTAGTTTTGA
2811 T
1 T
2812 CTTTTTTGCT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 33 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.15, T:0.51
Consensus pattern (32 bp):
TTGTTTTACAGCTTTCTGATACCTAGTTTTGA
Done.