Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga10g02699.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2667
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.22, T:0.31
Found at i:701 original size:142 final size:143
Alignment explanation
Indices: 440--730 Score: 460
Period size: 142 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
430 CCAGATAAAT
* * *
440 TAATTATAACTAATAGTTAATTGTTGTGGCTTGCTTGTATATGGAACCTAATGAACTTGGTTACG
1 TAATAATAACTAATAGTTAATTATTGTGGCTTGATTGTATATGGAACCTAATGAACTTGGTTACG
*
505 TGGTTTAATGTTTGTTTGAATACTGAAGTTTCATTAATGATTAATTGTTTGATCTC-TAAGGAGC
66 TGGTTTAATGTTTGTTTGAATACTGAACTTTCATTAATGATTAATTGTTTGATCTCTTAAGGAGC
*
569 TCTTTGAGTTCTC
131 TCTTTGAGTTCCC
* * *
582 TAATAATAACTAATAAG-TAATTATTGTGGTTTGATTGTATGTGGAACCTAATGAACTTGGTTAT
1 TAATAATAACTAAT-AGTTAATTATTGTGGCTTGATTGTATATGGAACCTAATGAACTTGGTTAC
* * *
646 GTGGTTTCATGTTTGTTTGAATACTTAACTTTCATTAGTGATTAATTGTTTGATCTCTTAAGGAG
65 GTGGTTTAATGTTTGTTTGAATACTGAACTTTCATTAATGATTAATTGTTTGATCTCTTAAGGAG
711 CTCTTTGAGTTCCC
130 CTCTTTGAGTTCCC
725 TAATAA
1 TAATAA
731 GTGTAGTTGA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 11, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
142 108 0.79
143 28 0.21
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.19, T:0.44
Consensus pattern (143 bp):
TAATAATAACTAATAGTTAATTATTGTGGCTTGATTGTATATGGAACCTAATGAACTTGGTTACG
TGGTTTAATGTTTGTTTGAATACTGAACTTTCATTAATGATTAATTGTTTGATCTCTTAAGGAGC
TCTTTGAGTTCCC
Done.