Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g00954.F15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4505
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.21, T:0.31
Found at i:2058 original size:204 final size:204
Alignment explanation
Indices: 1708--2120 Score: 817
Period size: 204 Copynumber: 2.0 Consensus size: 204
1698 AAACTAAGAT
1708 TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
1 TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
1773 TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
66 TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
1838 TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
131 TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
1903 ATCTATACA
196 ATCTATACA
1912 TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
1 TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
1977 TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
66 TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
2042 TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
131 TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
2107 ATCTATACA
196 ATCTATACA
*
2116 AAAAT
1 TAAAT
2121 TCGCTTAAGT
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 1, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
204 208 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (204 bp):
TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
ATCTATACA
Done.